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- PDB-7k4u: Crystal structure of Kemp Eliminase HG3 K50Q in complex with the ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k4u | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Kemp Eliminase HG3 K50Q in complex with the transition state analog 6-nitrobenzotriazole | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Endo-1,4-beta-xylanase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / kemp elimination / directed evolution / transition state analog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Padua, R.A.P. / Otten, R. / Bunzel, A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: How directed evolution reshapes the energy landscape in an enzyme to boost catalysis. Authors: Otten, R. / Padua, R.A.P. / Bunzel, H.A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 235.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 155.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 436.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 437.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7k4pC ![]() 7k4qC ![]() 7k4rC ![]() 7k4sC ![]() 7k4tC ![]() 7k4vC ![]() 7k4wC ![]() 7k4xC ![]() 7k4yC ![]() 7k4zC ![]() 4bs0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33071.172 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-6NT / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.74 Å3/Da / Density % sol: 29.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2 M ammonium sulfate and 5% isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 19, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→33.39 Å / Num. obs: 57674 / % possible obs: 99.57 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 13.28 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.33 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.346 Å / Num. unique obs: 5663 / CC1/2: 0.222 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4bs0 Resolution: 1.3→33.39 Å / SU ML: 0.2414 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.7029 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→33.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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