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- PDB-7k4z: Crystal structure of Kemp Eliminase HG3.17 in complex with the tr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k4z | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Kemp Eliminase HG3.17 in complex with the transition state analog 6-nitrobenzotriazole | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Endo-1,4-beta-xylanase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / kemp elimination / directed evolution / transition state analog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Padua, R.A.P. / Otten, R. / Bunzel, A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: How directed evolution reshapes the energy landscape in an enzyme to boost catalysis. Authors: Otten, R. / Padua, R.A.P. / Bunzel, H.A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 232.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 152.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 446.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 446.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7k4pC ![]() 7k4qC ![]() 7k4rC ![]() 7k4sC ![]() 7k4tC ![]() 7k4uC ![]() 7k4vC ![]() 7k4wC ![]() 7k4xC ![]() 7k4yC ![]() 4bs0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33176.434 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-1PE / |
#3: Chemical | ChemComp-6NT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.77 Å3/Da / Density % sol: 30.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM sodium acetate, pH 4.6, and 2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 0.999→35.84 Å / Num. obs: 127672 / % possible obs: 97.22 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 8.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.94 |
Reflection shell | Resolution: 0.999→1.035 Å / Num. unique obs: 12643 / CC1/2: 0.0668 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4bs0 Resolution: 1.08→35.84 Å / SU ML: 0.116 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.8348 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.08→35.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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