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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jvf | ||||||||||||
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タイトル | Solution NMR structure of Prochlorosin 2.10 produced by Prochlorococcus MIT 9313 | ||||||||||||
要素 | Prochlorosin 2.10 | ||||||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / lanthipeptide / cyclic peptide / posttranslational modification / RiPP | ||||||||||||
機能・相同性 | Nif11 domain / Nif11-like leader peptide / Nif11 domain / Nif11 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||||||||
データ登録者 | Bobeica, S.C. / van der Donk, W.A. / Zhu, L. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: Structural determinants of macrocyclization in substrate-controlled lanthipeptide biosynthetic pathways. 著者: Bobeica, S.C. / Zhu, L. / Acedo, J.Z. / Tang, W. / van der Donk, W.A. #1: ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: Correction: Structural determinants of macrocyclization in substrate-controlled lanthipeptide biosynthetic pathways. 著者: Bobeica, S.C. / Zhu, L. / Acedo, J.Z. / Tang, W. / van der Donk, W.A. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Catalytic promiscuity in the biosynthesis of cyclic peptide secondary metabolites in planktonic marine cyanobacteria. 著者: Li, B. / Sher, D. / Kelly, L. / Shi, Y. / Huang, K. / Knerr, P.J. / Joewono, I. / Rusch, D. / Chisholm, S.W. / van der Donk, W.A. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2017 タイトル: Evolutionary radiation of lanthipeptides in marine cyanobacteria. 著者: Cubillos-Ruiz, A. / Berta-Thompson, J.W. / Becker, J.W. / van der Donk, W.A. / Chisholm, S.W. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Structural characterization of four prochlorosins: a novel class of lantipeptides produced by planktonic marine cyanobacteria. 著者: Tang, W. / van der Donk, W.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jvf.cif.gz | 104 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jvf.ent.gz | 71.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jvf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jvf_validation.pdf.gz | 444.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jvf_full_validation.pdf.gz | 611.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jvf_validation.xml.gz | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jvf_validation.cif.gz | 38.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jvf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2026.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7V449*PLUS |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Ionic strength err: _ / pH: 6 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: _ / 温度: 313 K / Temperature err: 0.1
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Agilent VNMRS / 製造業者: Agilent / モデル: VNMRS / 磁場強度: 750 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: medoid | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |