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万見
- PDB-6vgt: Solution NMR structure of enterococcal cytolysin L (CylLL") produ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vgt
タイトルSolution NMR structure of enterococcal cytolysin L (CylLL") produced by Enterococcus faecalis
要素cytolysin L
キーワードTOXIN / lanthipeptide / cytolysin / cyclic peptide / posttranslational modification
機能・相同性Type 2 lantibiotic, SP_1948 family / Two-component Enterococcus faecalis cytolysin (EFC) / defense response to Gram-positive bacterium / CylL-L protein
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bobeica, S.C. / van der Donk, W.A. / Zhu, L. / Tang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37GM058822 米国
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Structural determinants of macrocyclization in substrate-controlled lanthipeptide biosynthetic pathways.
著者: Bobeica, S.C. / Zhu, L. / Acedo, J.Z. / Tang, W. / van der Donk, W.A.
#1: ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Correction: Structural determinants of macrocyclization in substrate-controlled lanthipeptide biosynthetic pathways.
著者: Bobeica, S.C. / Zhu, L. / Acedo, J.Z. / Tang, W. / van der Donk, W.A.
#2: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: The sequence of the enterococcal cytolysin imparts unusual lanthionine stereochemistry.
著者: Tang, W. / van der Donk, W.A.
#3: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: The sequence of the enterococcal cytolysin imparts unusual lanthionine stereochemistry.
著者: Tang, W. / van der Donk, W.A.
履歴
登録2020年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年9月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity_name_com ...atom_site / entity_name_com / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_representative / pdbx_struct_assembly / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Chirality error
詳細: Residue ABA 1 should have been (R) configuration at CB. An additional improper angle was defined in the XPLOR patch command to ensure (R) configuration at CB of ABA in LL (methyl) lanthionine ...詳細: Residue ABA 1 should have been (R) configuration at CB. An additional improper angle was defined in the XPLOR patch command to ensure (R) configuration at CB of ABA in LL (methyl) lanthionine linkages is maintained.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytolysin L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4461
ポリマ－3,4461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cytolysin L


分子量: 3446.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H7C7B0*PLUS
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 2.0 mM cytolysin L, methanol / 詳細: CD3-OH with DSS standard / Label: CylLL" / 溶媒系: methanol
試料濃度: 2.0 mM / 構成要素: cytolysin L / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Ionic strength err: 0 / Label: CylLL"_details / pH: 6 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0 / 温度: 296 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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