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- PDB-1w3m: Crystal structure of tsushimycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w3m
タイトルCrystal structure of tsushimycin
要素TSUSHIMYCIN
キーワードANTIBIOTIC / AMPHOMYCIN / DAPTOMYCIN / LIPOPETIDE / ANTIBACTERIAL
機能・相同性Tsushimycin / ETHANOL / Delta-3isotetradecenoic acid / :
機能・相同性情報
生物種ACTINOPLANES FRIULIENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2005
タイトル: Structure of the lipopeptide antibiotic tsushimycin.
著者: Bunkoczi, G. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2004年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32018年10月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / refine
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _refine.pdbx_starting_model
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / struct_conn
Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TSUSHIMYCIN
B: TSUSHIMYCIN
C: TSUSHIMYCIN
D: TSUSHIMYCIN
E: TSUSHIMYCIN
F: TSUSHIMYCIN
G: TSUSHIMYCIN
H: TSUSHIMYCIN
I: TSUSHIMYCIN
J: TSUSHIMYCIN
K: TSUSHIMYCIN
L: TSUSHIMYCIN
A: Delta-3isotetradecenoic acid
B: Delta-3isotetradecenoic acid
C: Delta-3isotetradecenoic acid
D: Delta-3isotetradecenoic acid
E: Delta-3isotetradecenoic acid
F: Delta-3isotetradecenoic acid
G: Delta-3isotetradecenoic acid
H: Delta-3isotetradecenoic acid
I: Delta-3isotetradecenoic acid
J: Delta-3isotetradecenoic acid
K: Delta-3isotetradecenoic acid
L: Delta-3isotetradecenoic acid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,22576
ポリマ－13,36912
非ポリマー4,85664
水3,441191
1
A: TSUSHIMYCIN
K: TSUSHIMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,00012
ポリマ－2,2282
非ポリマー77110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TSUSHIMYCIN
G: TSUSHIMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,27918
ポリマ－2,2282
非ポリマー1,05116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TSUSHIMYCIN
E: TSUSHIMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,04413
ポリマ－2,2282
非ポリマー81611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TSUSHIMYCIN
L: TSUSHIMYCIN
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 2.92 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,91810
ポリマ－2,2282
非ポリマー6908
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
F: TSUSHIMYCIN
J: TSUSHIMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,00412
ポリマ－2,2282
非ポリマー77610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
H: TSUSHIMYCIN
I: TSUSHIMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,97911
ポリマ－2,2282
非ポリマー7519
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.488, 36.386, 37.511
Angle α, β, γ (deg.)65.64, 68.35, 69.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.3552, -0.75065, -0.5571), (-0.77579, -0.09577, 0.62368), (-0.52152, 0.65373, -0.54833)82.05582, 35.98845, 59.05227
2given(-0.81266, -0.5135, 0.27549), (-0.49858, 0.36799, -0.78486), (0.30165, -0.77518, -0.55507)69.89073, 58.21224, 57.79856
3given(-0.84322, 0.17118, -0.50959), (0.01711, -0.93892, -0.34371), (-0.5373, -0.29854, 0.78879)78.82603, 74.39417, 5.95721
4given(-0.50836, -0.2611, -0.82061), (-0.27743, -0.85246, 0.4431), (-0.81523, 0.45292, 0.36092)85.248, 52.608, 26.074
5given(0.80673, -0.04182, 0.58944), (0.46947, 0.65113, -0.59634), (-0.35887, 0.75781, 0.54492)-22.00171, 31.17325, 0.99058
6given(-0.99432, -0.06728, 0.08244), (-0.05047, -0.38392, -0.92198), (0.09368, -0.92091, 0.37835)65.2345, 79.23154, 29.58139
7given(0.84496, 0.45038, -0.28845), (-0.06506, 0.62188, 0.78041), (0.53086, -0.64065, 0.55476)26.45153, -0.72958, 18.52659
8given(0.50195, 0.3628, 0.78513), (0.86124, -0.12632, -0.49224), (-0.07941, 0.92326, -0.37587)-2.4707, 41.46967, 28.98703
9given(0.45405, 0.88434, -0.10857), (0.38389, -0.0842, 0.91953), (0.80404, -0.45919, -0.37772)-17.956, 8.812, 33.255
10given(0.26426, 0.81621, 0.51378), (0.80946, -0.47733, 0.34195), (0.52435, 0.32552, -0.78683)-17.874, 11.285, 27.106
11given(-0.40685, -0.91349, 0.00258), (-0.91324, 0.4068, 0.02229), (-0.02141, 0.00671, -0.99975)64.96851, 44.05581, 88.93584

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質・ペプチド
TSUSHIMYCIN / FRIULIMICIN / AMPHOMYCIN / A1437 B


タイプ: Lipopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1114.121 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
詳細: TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) ASP1 N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE RING. RESIDUE 2 AND 11 FORM A PEPTIDE BOND. A TETRADECENOIC FATTY ACID ...詳細: TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) ASP1 N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE RING. RESIDUE 2 AND 11 FORM A PEPTIDE BOND. A TETRADECENOIC FATTY ACID IS LINKED TO THE RESIDUE 1
由来: (天然) ACTINOPLANES FRIULIENSIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00763, Tsushimycin

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非ポリマー , 5種, 255分子 ABCDEFGHIJKL

#2: 化合物
ChemComp-LNG / Delta-3isotetradecenoic acid


タイプ: Lipopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 226.355 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26O2
詳細: TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) ASP1 N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE RING. RESIDUE 2 AND 11 FORM A PEPTIDE BOND. A TETRADECENOIC FATTY ACID ...詳細: TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) ASP1 N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE RING. RESIDUE 2 AND 11 FORM A PEPTIDE BOND. A TETRADECENOIC FATTY ACID IS LINKED TO THE RESIDUE 1
参照: Tsushimycin
#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC DODEDECAMER LIPOPETIDE. HERE, TSUSHIMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING ...TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC DODEDECAMER LIPOPETIDE. HERE, TSUSHIMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND ONE LIGAND (HET) LNG. GROUP: 1 NAME: TSUSHIMYCIN CHAIN: A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 11 COMPONENT_2: FATTY ACID RESIDUE 0 DESCRIPTION: TSUSHIMYCIN IS A CYCLIC LIPOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS MADE OF TWO PARTS: (1) ASP1 N-TERM EXOCYCLIC PART (2) A DECAPEPTIDE RING. RESIDUE 2 AND 11 FORM A PEPTIDE BOND. A TETRADECENOIC FATTY ACID IS LINKED TO THE RESIDUE 1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M NAAC/HAC PH=4.0 0.12 M HAC 38% ETOH 0.80 M CACL2 0.40 M 1,6-HEXANEDIOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月12日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→26.02 Å / Num. obs: 355145 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.49
反射 シェル解像度: 1→1.1 Å / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1→99 Å / Num. parameters: 11896 / Num. restraintsaints: 14162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER GENERATED USING CCDC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1711 3848 5 %THIN SHELLS
all0.1385 75901 --
obs0.1374 -96.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 26 / Occupancy sum hydrogen: 829 / Occupancy sum non hydrogen: 1259.82
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数924 0 161 191 1276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.428
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.117
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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