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- PDB-7jrm: The structure of CBM51-2 and INT domains from Clostridium perfrin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jrm
タイトルThe structure of CBM51-2 and INT domains from Clostridium perfringens ZmpB
要素F5/8 type C domain protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate binding module
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 98, putative carbohydrate-binding module / NPCBM domain superfamily / NPCBM/NEW2 domain / NPCBM / Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / Peptidase family M60 domain / Peptidase M60, enhancin-like domain 3 / Peptidase M60, enhancin and enhancin-like / Peptidase family M60 domain profile. ...Glycosyl hydrolase family 98, putative carbohydrate-binding module / NPCBM domain superfamily / NPCBM/NEW2 domain / NPCBM / Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / Peptidase family M60 domain / Peptidase M60, enhancin-like domain 3 / Peptidase M60, enhancin and enhancin-like / Peptidase family M60 domain profile. / Peptidase M60-like family / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
F5/8 type C domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Canadian Glycomics Network (GLYCONET) カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Architecturally complex O -glycopeptidases are customized for mucin recognition and hydrolysis.
著者: Pluvinage, B. / Ficko-Blean, E. / Noach, I. / Stuart, C. / Thompson, N. / McClure, H. / Buenbrazo, N. / Wakarchuk, W. / Boraston, A.B.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F5/8 type C domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2432
ポリマ－51,2031
非ポリマー401
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.050, 49.160, 78.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2246-

HOH

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要素

#1: タンパク質 F5/8 type C domain protein


分子量: 51203.168 Da / 分子数: 1
断片: Carbohydrate binding module (UNP residues 1227-1687)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A
遺伝子: CPF_1489 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2YN38
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15 M sodium phosphate monobasic, 18% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91966 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.38 Å / Num. obs: 36287 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.944 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 5210 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.206 / % possible all: 98.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.18_3845精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2VMG

2vmg


解像度: 2→41.52 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2717 1743 4.86 %RANDOM
Rwork0.2481 34101 --
obs0.2493 35844 98.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.8 Å2 / Biso mean: 28.402 Å2 / Biso min: 7.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3500 0 1 496 3997
Biso mean--19.53 29.76 -
残基数----455
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.060.31541500.35612821297199
2.06-2.130.43841530.39612761291497
2.13-2.20.29841540.289828583012100
2.2-2.290.43881280.41652461258986
2.29-2.390.27841410.273528703011100
2.39-2.520.35551290.269128933022100
2.52-2.680.26791470.276428723019100
2.68-2.880.30241540.266929013055100
2.88-3.170.26471310.23928903021100
3.17-3.630.23191530.215329023055100
3.63-4.580.23081470.194329143061100
4.58-41.520.19851560.18242958311499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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