[日本語] English
万見
- PDB-7jph: Crystal structure of EBOV glycoprotein with modified HR1c and HR2... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jph
タイトルCrystal structure of EBOV glycoprotein with modified HR1c and HR2 stalk at 3.2 A resolution
要素(Envelope glycoprotein) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Ebola glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス)
Zaire (エボラウイルス)
1976
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.195 Å
データ登録者Chaudhary, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Zhu, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI129698 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI140844 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Single-component multilayered self-assembling nanoparticles presenting rationally designed glycoprotein trimers as Ebola virus vaccines.
著者: He, L. / Chaudhary, A. / Lin, X. / Sou, C. / Alkutkar, T. / Kumar, S. / Ngo, T. / Kosviner, E. / Ozorowski, G. / Stanfield, R.L. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Zhu, J.
履歴
登録2020年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0947
ポリマ－51,0602
非ポリマー2,0355
水00
1
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,28321
ポリマ－153,1796
非ポリマー6,10415
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area39460 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area57490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.061, 114.061, 136.216
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein


分子量: 31591.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 19467.996 Da / 分子数: 1 / Mutation: T577P,W615L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320

-
糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY
配列の詳細The complete sequence of chain A is IPLGVIHNSALQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSG ...The complete sequence of chain A is IPLGVIHNSALQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSG VPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGD FAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDP SSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYTSGKRSN TTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFTVVSTHHQDTGEESASSGK LGLITNTIAGVAGLITGGRRTRR

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Sodium citrate, 10% PEG w/v 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月22日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.195→49.439 Å / Num. obs: 17343 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.776 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 864 / CC1/2: 0.313 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JQ3

5jq3


解像度: 3.195→49.439 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / WRfactor Rfree: 0.274 / WRfactor Rwork: 0.214 / SU B: 35.246 / SU ML: 0.507 / Average fsc free: 0.7129 / Average fsc work: 0.7231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.911 / ESU R Free: 0.471 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3216 837 4.9 %
Rwork0.2766 16245 -
all0.279 --
obs-17082 97.65 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 93.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.131 Å2-0.565 Å2-0 Å2
2---1.131 Å20 Å2
3---3.668 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.195→49.439 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3165 0 91 0 3256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133344
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.0172981
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.1240.014063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7991.7054564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5891.6246939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7535392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.87122.619168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.69915507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3461518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2170.22882
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21581
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0940.21653
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0580.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1960.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1330.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.7779.9141586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.7669.9041585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.40814.8361972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.40714.8471973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.84910.4891758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.84910.4891758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.70215.5792592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.715.582593
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it16.706176.8376238
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other16.704176.8386239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.195-3.2780.371770.361084X-RAY DIFFRACTION90.774
3.278-3.3680.346460.3611188X-RAY DIFFRACTION99.6769
3.368-3.4660.498530.5061139X-RAY DIFFRACTION99.1681
3.466-3.5720.297610.3931099X-RAY DIFFRACTION98.8075
3.572-3.6890.589480.521093X-RAY DIFFRACTION99.7378
3.689-3.8190.371460.3871038X-RAY DIFFRACTION98.9051
3.819-3.9630.531400.512900X-RAY DIFFRACTION89.0152
3.963-4.1240.369370.358907X-RAY DIFFRACTION91.4729
4.124-4.3080.339420.227910X-RAY DIFFRACTION97.7413
4.308-4.5180.246760.168870X-RAY DIFFRACTION99.5789
4.518-4.7620.244360.152865X-RAY DIFFRACTION99.7785
4.762-5.050.171320.17817X-RAY DIFFRACTION100
5.05-5.3980.257470.171766X-RAY DIFFRACTION100
5.398-5.830.228460.183703X-RAY DIFFRACTION100
5.83-6.3850.286490.191647X-RAY DIFFRACTION100
6.385-7.1370.291320.196609X-RAY DIFFRACTION99.226
7.137-8.2370.297170.192547X-RAY DIFFRACTION100
8.237-10.0790.2220.177466X-RAY DIFFRACTION100
10.079-14.2150.265220.188374X-RAY DIFFRACTION99.7481
14.215-49.4390.4680.38223X-RAY DIFFRACTION95.8506

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る