[日本語] English
万見
- PDB-6f6n: CRYSTAL STRUCTURE OF EBOLAVIRUS GLYCOPROTEIN IN COMPLEX WITH SERT... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f6n
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF EBOLAVIRUS GLYCOPROTEIN IN COMPLEX WITH SERTRALINE
要素
  • Envelope glycoprotein
  • Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1
キーワードVIRAL PROTEIN / EBOLA VIRUS / FILOVIRIDAE / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / IBUPROFEN / benztropine / bepridil / paroxetine / sertraline / TOREMIFENE
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SRE / Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
Ebola virus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ren, J. / Zhao, Y. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UKMR/N00065X/1 英国
引用
ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Target Identification and Mode of Action of Four Chemically Divergent Drugs against Ebolavirus Infection.
著者: Ren, J. / Zhao, Y. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Toremifene interacts with and destabilizes the Ebola virus glycoprotein.
著者: Zhao, Y. / Ren, J. / Harlos, K. / Jones, D.M. / Zeltina, A. / Bowden, T.A. / Padilla-Parra, S. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
履歴
登録2017年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,86614
ポリマ－55,2252
非ポリマー2,64012
水2,342130
1
A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,59742
ポリマ－165,6756
非ポリマー7,92136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area41340 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area51780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.250, 114.250, 306.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,GP1 / GP1 / 2 / GP


分子量: 36302.719 Da / 分子数: 1 / 変異: T42A,T42A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス), (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein


分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutation, H613A / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス)
遺伝子: GP, DF49_53415gpGP, DF49_53416gpGP, DF49_53417gpGP, DF49_53418gpGP, DF49_53419gpGP, DF49_53420gpGP, DF49_53421gpGP, DF49_53422gpGP, DF49_53423gpGP, DF49_53424gpGP, DF49_53425gpGP, DF49_53426gpGP
細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0U3BWW0, UniProt: Q05320*PLUS

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 137分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SRE / (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine / Sertraline / セルトラリン


分子量: 306.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17Cl2N / コメント: 薬剤, 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 9% (W/V) PEG 6000 AND 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→60.54 Å / Num. obs: 42259 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 66 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2065 / CC1/2: 0.708 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2940: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5jq3

5jq3


解像度: 2.15→60.54 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 1997 4.73 %
Rwork0.1839 --
obs0.1849 42255 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→60.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3001 0 171 130 3302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6894444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.011890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20380.25881190.27332870X-RAY DIFFRACTION100
2.2038-2.26340.24021440.23112816X-RAY DIFFRACTION100
2.2634-2.330.21251510.20412846X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.40520.24891260.20032848X-RAY DIFFRACTION100
2.4052-2.49110.2091690.21072831X-RAY DIFFRACTION100
2.4911-2.59090.23981270.21172859X-RAY DIFFRACTION100
2.5909-2.70880.23561630.20032821X-RAY DIFFRACTION100
2.7088-2.85160.24621410.20312876X-RAY DIFFRACTION100
2.8516-3.03030.21341500.19012848X-RAY DIFFRACTION100
3.0303-3.26420.21671520.19352872X-RAY DIFFRACTION100
3.2642-3.59270.19811160.17822902X-RAY DIFFRACTION100
3.5927-4.11240.17941400.1582894X-RAY DIFFRACTION100
4.1124-5.18080.16211470.15032932X-RAY DIFFRACTION100
5.1808-60.56790.22351520.20213043X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3143-0.67281.56842.4577-1.02953.4303-0.3182-0.7483-0.42351.03250.43220.29870.4661-0.6697-0.14410.71070.01530.05270.4580.05310.4146-58.73813.20811.3016
21.2535-0.16060.31833.71522.22832.7917-0.1418-0.17550.0260.62280.3686-0.28490.64410.5464-0.16940.56840.02980.02180.42450.03280.4775-52.259116.3571-3.2734
31.9125-0.542-0.75192.02870.08662.0658-0.02860.2455-0.1031-0.3025-0.12190.10030.2565-0.12450.13320.4933-0.02450.03260.3622-0.02830.4077-56.212212.44-29.0378
40.8572-0.3383-0.75732.34180.94483.4091-0.12940.1393-0.117-0.0390.0365-0.24130.40270.4230.02210.46420.0670.02830.41030.00650.5213-48.65629.5427-22.124
54.3917-3.6799-1.30353.17450.60224.2256-0.1643-0.1057-0.1383-0.610.15120.1820.6376-0.29810.07591.0407-0.13060.07470.6774-0.09230.6031-56.970.6151-40.67
62.0918-0.0836-1.57841.8767-0.70614.9745-0.4099-0.0605-0.4273-0.22620.04940.07540.99520.10380.36331.0150.05560.1720.5499-0.06220.6404-45.0785-5.3546-38.883
74.17341.1067-0.52094.1492-1.27542.2782-0.23340.4943-1.2263-1.0622-0.0602-0.79480.9529-0.29190.22391.4391-0.00620.23110.6625-0.16070.7907-46.0605-9.164-46.4973
80.14840.1461-0.02330.7891.22342.3207-0.03210.1373-0.1363-0.03040.04690.37180.55750.36620.13411.42510.15250.12230.8145-0.10341.018-45.6816-11.6011-35.2639
92.18920.93160.46133.2273-0.09822.10870.0788-0.1408-0.02880.822-0.17440.21570.4468-0.00870.0160.65120.00960.09670.40160.0060.5201-51.48614.15-10.148
106.17074.2686-0.57654.23171.73123.61520.2008-1.7911-0.06540.7720.00510.49141.22830.53310.01430.44930.1294-0.00120.92590.48431.4322-34.031326.1417-12.785
111.12860.8332-0.47820.82190.15650.83240.0368-0.0261-0.01540.115-0.1309-0.05270.20750.03460.08880.45080.02350.01290.41310.02960.479-50.888916.9908-14.3297
123.0303-0.56620.15713.30241.59575.9206-0.2099-0.8802-0.45990.9166-0.13380.60410.7582-0.7270.45410.5898-0.00410.06560.56790.080.4659-60.594627.24968.5565
131.58850.45180.88730.7719-0.31150.99260.20840.65550.94-0.3561-1.43640.36090.1552-0.19211.33722.1675-0.0812-0.09041.96140.0621.2794-49.955332.090738.687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 73 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 176 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 177 through 223 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 224 through 237 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 238 through 262 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 263 through 282 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 283 through 477 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 502 through 519 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 520 through 529 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 530 through 583 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 584 through 612 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 613 through 632 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る