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万見
- PDB-7joz: Crystal structure of dopamine D1 receptor in complex with G prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7joz
タイトルCrystal structure of dopamine D1 receptor in complex with G protein and a non-catechol agonist
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Endolysin,D(1A) dopamine receptor
  • Nanobody 35
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Dopamine receptor / D1 / non-catechol agonist / G protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / operant conditioning / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine binding / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / modification of postsynaptic structure / heterotrimeric G-protein binding / regulation of dopamine metabolic process ...dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / operant conditioning / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine binding / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / modification of postsynaptic structure / heterotrimeric G-protein binding / regulation of dopamine metabolic process / sensitization / peristalsis / G protein-coupled receptor complex / dopamine transport / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / grooming behavior / positive regulation of neuron migration / habituation / astrocyte development / conditioned taste aversion / positive regulation of potassium ion transport / striatum development / dentate gyrus development / maternal behavior / arrestin family protein binding / non-motile cilium / adult walking behavior / mating behavior / long-term synaptic depression / ciliary membrane / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / temperature homeostasis / dopamine metabolic process / transmission of nerve impulse / glucose import / PKA activation in glucagon signalling / behavioral response to cocaine / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hair follicle placode formation / mu-type opioid receptor binding / developmental growth / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / G-protein alpha-subunit binding / intracellular transport / GABA-ergic synapse / D1 dopamine receptor binding / neuronal action potential / behavioral fear response / Hedgehog 'off' state / prepulse inhibition / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / synapse assembly / response to amphetamine / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / peptidoglycan catabolic process / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / trans-Golgi network membrane / synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity / long-term synaptic potentiation / regulation of protein phosphorylation / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / visual learning / Olfactory Signaling Pathway / bone development / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / memory / cognition / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / cilium / platelet aggregation / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production
類似検索 - 分子機能
Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / G-protein alpha subunit, group S / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. ...Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / G-protein alpha subunit, group S / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VFP / Endolysin / D(1A) dopamine receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Sun, B. / Feng, D. / Chu, M.L. / Fish, I. / Kelm, S. / Lebon, F. / Lovera, S. / Valade, A. / Wood, M. / Ceska, T. ...Sun, B. / Feng, D. / Chu, M.L. / Fish, I. / Kelm, S. / Lebon, F. / Lovera, S. / Valade, A. / Wood, M. / Ceska, T. / Kobilka, T.S. / Sands, Z. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of dopamine D1 receptor in complex with G protein and a non-catechol agonist.
著者: Sun, B. / Feng, D. / Chu, M.L. / Fish, I. / Lovera, S. / Sands, Z.A. / Kelm, S. / Valade, A. / Wood, M. / Ceska, T. / Kobilka, T.S. / Lebon, F. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2020年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Nanobody 35
R: Endolysin,D(1A) dopamine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,5327
ポリマ－167,9315
非ポリマー6022
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13100 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area61350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.194, 144.305, 147.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 44326.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63092
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38534.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

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抗体 / タンパク質 , 2種, 2分子 NR

#4: 抗体 Nanobody 35


分子量: 17352.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 Endolysin,D(1A) dopamine receptor / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / Dopamine D1 receptor


分子量: 59856.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: e, T4Tp126, DRD1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: P21728, lysozyme

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-VFP / 6-{4-[(furo[3,2-c]pyridin-4-yl)oxy]-2-methylphenyl}-1,5-dimethylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 363.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 0.1M Ammonium Dibasic Citrate, 18-25% (w/w) PEG400, 1mM TCEP, 10uM UCB1575401

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.79→49 Å / Num. obs: 20110 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 127.32 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 3.79→4.16 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.904 / Num. unique obs: 4783 / CC1/2: 0.468 / Rpim(I) all: 0.555 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SN6

3sn6


解像度: 3.8→47 Å / SU ML: 0.5539 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.3177
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 1057 5.3 %
Rwork0.2537 18897 -
obs0.2559 19954 93.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 139.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9116 0 43 0 9159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00219333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.524712769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.38862967
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-3.970.34791290.32442329X-RAY DIFFRACTION94
3.97-4.180.34081450.3032334X-RAY DIFFRACTION94.55
4.18-4.440.34281340.26622347X-RAY DIFFRACTION94.19
4.44-4.790.29081070.23632406X-RAY DIFFRACTION94.54
4.79-5.270.26951190.23622394X-RAY DIFFRACTION94.58
5.27-6.030.35311320.27412347X-RAY DIFFRACTION92.81
6.03-7.590.30211510.27842359X-RAY DIFFRACTION92.65
7.59-470.25211400.22022381X-RAY DIFFRACTION88.67
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.32450069099 Å / Origin y: -38.0969843562 Å / Origin z: -40.5635125984 Å
111213212223313233
T0.665202171343 Å20.114221737637 Å20.027946723026 Å2-0.651552186511 Å20.107713312246 Å2--0.724362929799 Å2
L0.912552607484 °20.274074023268 °2-0.203773108359 °2-1.88053293054 °20.0571804696697 °2--0.710501460958 °2
S-0.124245629681 Å °-0.177174773653 Å °-0.295800033191 Å °0.11267166012 Å °-0.0746735832733 Å °-0.156304559488 Å °0.211308636198 Å °0.0746893203339 Å °0.183907265702 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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