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- PDB-4jbw: Crystal structure of E. coli maltose transporter MalFGK2 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jbw
タイトルCrystal structure of E. coli maltose transporter MalFGK2 in complex with its regulatory protein EIIAglc
要素
  • Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
  • Maltose transport system permease protein MalF
  • Maltose transport system permease protein MalG
  • Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter ATPase inducer exclusion carbon catabolite repression
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of carbohydrate metabolic process / regulation of carbohydrate utilization / ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / maltose transport complex ...negative regulation of carbohydrate metabolic process / regulation of carbohydrate utilization / ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / kinase activity / DNA-binding transcription factor binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / : / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. ...MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / : / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / MetI-like fold / MetI-like / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / : / MalK OB fold domain / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / Duplicated hybrid motif / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Nucleic acid-binding proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / Distorted Sandwich / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PGV / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG / Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK / PTS system glucose-specific EIIA component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.913 Å
データ登録者Chen, S. / Oldham, M.L. / Davidson, A.L. / Chen, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Carbon catabolite repression of the maltose transporter revealed by X-ray crystallography.
著者: Chen, S. / Oldham, M.L. / Davidson, A.L. / Chen, J.
履歴
登録2013年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Maltose transport system permease protein MalF
G: Maltose transport system permease protein MalG
A: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
B: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
M: Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
N: Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
H: Maltose transport system permease protein MalF
I: Maltose transport system permease protein MalG
C: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
D: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
O: Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
P: Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)423,01614
ポリマ－421,51812
非ポリマー1,4982
水00
1
F: Maltose transport system permease protein MalF
G: Maltose transport system permease protein MalG
A: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
B: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
M: Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
N: Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,5087
ポリマ－210,7596
非ポリマー7491
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Maltose transport system permease protein MalF
I: Maltose transport system permease protein MalG
C: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
D: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
O: Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
P: Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,5087
ポリマ－210,7596
非ポリマー7491
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.529, 208.448, 347.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological unit: chains H,I,C,D,O, and P (2nd equivalent NCS mate)

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要素

#1: タンパク質 Maltose transport system permease protein MalF


分子量: 57052.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malF, b4033, JW3993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02916
#2: タンパク質 Maltose transport system permease protein MalG


分子量: 32246.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malG, b4032, JW3992 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68183
#3: タンパク質
Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK


分子量: 42184.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malK, b4035, JW3995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68187, EC: 3.6.3.19
#4: タンパク質
Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component / EIIA-Glc / EIII-Glc / PTS system glucose-specific EIIA component


分子量: 18545.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: crr, gsr, iex, tgs, treD, b2417, JW2410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69783, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#5: 化合物 ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 13% PEG monomethylether 2000, 100mM Sodium cacodylate pH 5.6, 100mM Non Detergent Sulfobetaine (NDSB-256), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.913→20 Å / Num. all: 59277 / Num. obs: 59277 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 3.913→4.06 Å / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F3G, 3FH6, and 3PV0

1f3g

3fh6

3pv0


解像度: 3.913→19.975 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2812 3015 5.09 %
Rwork0.226 --
obs0.2288 59228 94.86 %
all-59277 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.913→19.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27906 0 52 0 27958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00228522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64638756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4710432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0394553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034945
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9126-3.97330.37271150.32782443X-RAY DIFFRACTION92
3.9733-4.03790.3651340.33132565X-RAY DIFFRACTION97
4.0379-4.10690.37221360.32282611X-RAY DIFFRACTION97
4.1069-4.1810.41571340.33452518X-RAY DIFFRACTION96
4.181-4.26060.34891310.30842584X-RAY DIFFRACTION96
4.2606-4.34670.38461460.29442569X-RAY DIFFRACTION96
4.3467-4.44020.3281450.28482536X-RAY DIFFRACTION97
4.4402-4.54230.39411610.26782574X-RAY DIFFRACTION96
4.5423-4.65450.31791400.25242566X-RAY DIFFRACTION96
4.6545-4.77870.2851170.23172595X-RAY DIFFRACTION96
4.7787-4.91730.29381400.22632542X-RAY DIFFRACTION96
4.9173-5.07350.28361310.21552585X-RAY DIFFRACTION96
5.0735-5.25170.29261240.22072601X-RAY DIFFRACTION96
5.2517-5.45780.30511370.21412542X-RAY DIFFRACTION95
5.4578-5.70070.28191300.21372564X-RAY DIFFRACTION95
5.7007-5.99360.27471720.20352550X-RAY DIFFRACTION95
5.9936-6.35770.27231540.21022548X-RAY DIFFRACTION95
6.3577-6.83030.28691220.20592552X-RAY DIFFRACTION94
6.8303-7.48460.28431360.21372550X-RAY DIFFRACTION93
7.4846-8.49390.20391280.19172565X-RAY DIFFRACTION93
8.4939-10.44070.23791460.16972529X-RAY DIFFRACTION91
10.4407-19.97570.24691360.22552524X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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