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Yorodumi- PDB-7c8z: Crystal structure of salicylate 5-hydroxylase NagGH (a Rieske non... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7c8z | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of salicylate 5-hydroxylase NagGH (a Rieske non-heme iron-dependent monooxgenase) | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / salicylate 5-hydroxylase / Rieske non-heme iron-dependent oxygenase / iron-sulfur cluster / non-heme iron | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsalicylate 5-hydroxylase / salicylate 5-hydroxylase (NADH) activity / salicylic acid catabolic process / catalytic complex / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Ralstonia sp. (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Li, D.F. / Hou, Y.J. | ||||||
Citation | Journal: Appl.Environ.Microbiol. / Year: 2021Title: Structural and Biochemical Analysis Reveals a Distinct Catalytic Site of Salicylate 5-Monooxygenase NagGH from Rieske Dioxygenases. Authors: Hou, Y.J. / Guo, Y. / Li, D.F. / Zhou, N.Y. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7c8z.cif.gz | 898.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7c8z.ent.gz | 747.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7c8z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7c8z_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7c8z_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | |
| Data in XML | 7c8z_validation.xml.gz | 77.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 7c8z_validation.cif.gz | 106.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c8z | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5aeuS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Components
| #1: Protein | Mass: 50949.426 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ralstonia sp. (bacteria) / Gene: nagG / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 18834.398 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ralstonia sp. (bacteria) / Gene: nagH / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-FES / #4: Chemical | ChemComp-FE / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 58.82 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 2% tascimate, 0.1M imidazole, pH 7.0 and 10% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 9, 2011 | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.6→47.3 Å / Num. obs: 91061 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 12.3 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5AEU Resolution: 2.6→47.28 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 23.82 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 146.05 Å2 / Biso mean: 51.0469 Å2 / Biso min: 14.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→47.28 Å
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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