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- PDB-3sn6: Crystal structure of the beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sn6 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex | ||||||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN/Hydrolase / seven transmembrane receptor / nanobody / G protein-coupled receptor / GPCR / signal transduction / G protein signaling / SIGNALING PROTEIN-Hydrolase complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() sensory perception of chemical stimulus / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 ...sensory perception of chemical stimulus / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / norepinephrine binding / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / Adrenoceptors / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / beta-2 adrenergic receptor binding / G alpha (i) signalling events / negative regulation of smooth muscle contraction / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / positive regulation of lipophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / spectrin binding / adrenergic receptor signaling pathway / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / response to psychosocial stress / endosome to lysosome transport / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / photoreceptor outer segment / D1 dopamine receptor binding / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / brown fat cell differentiation / intercellular bridge / viral release from host cell by cytolysis / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / photoreceptor inner segment / cardiac muscle cell apoptotic process / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / adenylate cyclase activator activity / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / mitotic spindle / cellular response to catecholamine stimulus Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Rasmussen, S.G.F. / DeVree, B.T. / Zou, Y. / Kruse, A.C. / Chung, K.Y. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Chae, P.S. / Pardon, E. / Calinski, D. ...Rasmussen, S.G.F. / DeVree, B.T. / Zou, Y. / Kruse, A.C. / Chung, K.Y. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Chae, P.S. / Pardon, E. / Calinski, D. / Mathiesen, J.M. / Shah, S.T.A. / Lyons, J.A. / Caffrey, M. / Gellman, S.H. / Steyaert, J. / Skiniotis, G. / Weis, W.I. / Sunahara, R.K. / Kobilka, B.K. | ||||||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex Authors: Rasmussen, S.G. / DeVree, B.T. / Zou, Y. / Kruse, A.C. / Chung, K.Y. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Chae, P.S. / Pardon, E. / Calinski, D. / Mathiesen, J.M. / Shah, S.T. / Lyons, J.A. / ...Authors: Rasmussen, S.G. / DeVree, B.T. / Zou, Y. / Kruse, A.C. / Chung, K.Y. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Chae, P.S. / Pardon, E. / Calinski, D. / Mathiesen, J.M. / Shah, S.T. / Lyons, J.A. / Caffrey, M. / Gellman, S.H. / Steyaert, J. / Skiniotis, G. / Weis, W.I. / Sunahara, R.K. / Kobilka, B.K. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 438.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3 types, 3 molecules ABG
#1: Protein | Mass: 44370.168 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: G72S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 38744.371 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M1Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 7563.750 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Protein / Antibody / Non-polymers , 3 types, 3 molecules RN

#4: Protein | Mass: 58303.109 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C54T,C97A,M96T,M98T,N187E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: ADRB2, ADRB2R, B2AR / Production host: ![]() ![]() |
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#5: Antibody | Mass: 15140.742 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#6: Chemical | ChemComp-P0G / |
-Details
Compound details | CHAIN R IS A FUSION PROTEIN WITH T4 LYSOZYME FUSED TO THE N TERMINUS OF THE BETA2 ADRENERGICHas protein modification | Y | Sequence details | SEQUENCE OF CHAIN A CORRESPOND | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6.5 Details: 350-450 mM potassium nitrate, 100 mM MES, 1 mM TCEP, 10 mM phosphonoformate, 0.01 mM BI167107, 18-22% PEG400. Crystals were grown in a 10:1 (w:w) MAG 7.7:cholesterol lipid mix. , pH 6.5, ...Details: 350-450 mM potassium nitrate, 100 mM MES, 1 mM TCEP, 10 mM phosphonoformate, 0.01 mM BI167107, 18-22% PEG400. Crystals were grown in a 10:1 (w:w) MAG 7.7:cholesterol lipid mix. , pH 6.5, Lipidic cubic phase, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 31685 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.156 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.26 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Num. unique all: 943 / % possible all: 53.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 3P0G, 1AZT, 1GP2, 2RH1 Resolution: 3.2→40.675 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.04 Å / VDW probe radii: 0.4 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.862 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→40.675 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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