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Yorodumi- PDB-3sn6: Crystal structure of the beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3sn6 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex | ||||||||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN/Hydrolase / seven transmembrane receptor / nanobody / G protein-coupled receptor / GPCR / signal transduction / G protein signaling / SIGNALING PROTEIN-Hydrolase complex | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationsensory perception of chemical stimulus / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 ...sensory perception of chemical stimulus / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / G alpha (z) signalling events / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / heat generation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / norepinephrine binding / G alpha (q) signalling events / Adrenoceptors / beta-2 adrenergic receptor binding / G alpha (i) signalling events / positive regulation of lipophagy / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / negative regulation of multicellular organism growth / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / endosome to lysosome transport / spectrin binding / response to psychosocial stress / adrenergic receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / diet induced thermogenesis / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / photoreceptor outer segment / bone resorption / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / neuronal dense core vesicle / brown fat cell differentiation / viral release from host cell by cytolysis / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / insulin-like growth factor receptor binding / peptidoglycan catabolic process / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / ionotropic glutamate receptor binding / receptor-mediated endocytosis / response to cold / adenylate cyclase activator activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / mitotic spindle / cellular response to catecholamine stimulus / lysozyme Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | ![]() ![]() Enterobacteria phage T4 (virus) Homo sapiens (human)![]() | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||||||||
Authors | Rasmussen, S.G.F. / DeVree, B.T. / Zou, Y. / Kruse, A.C. / Chung, K.Y. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Chae, P.S. / Pardon, E. / Calinski, D. ...Rasmussen, S.G.F. / DeVree, B.T. / Zou, Y. / Kruse, A.C. / Chung, K.Y. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Chae, P.S. / Pardon, E. / Calinski, D. / Mathiesen, J.M. / Shah, S.T.A. / Lyons, J.A. / Caffrey, M. / Gellman, S.H. / Steyaert, J. / Skiniotis, G. / Weis, W.I. / Sunahara, R.K. / Kobilka, B.K. | ||||||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2011Title: Crystal structure of the beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex Authors: Rasmussen, S.G. / DeVree, B.T. / Zou, Y. / Kruse, A.C. / Chung, K.Y. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Chae, P.S. / Pardon, E. / Calinski, D. / Mathiesen, J.M. / Shah, S.T. / Lyons, J.A. / ...Authors: Rasmussen, S.G. / DeVree, B.T. / Zou, Y. / Kruse, A.C. / Chung, K.Y. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Chae, P.S. / Pardon, E. / Calinski, D. / Mathiesen, J.M. / Shah, S.T. / Lyons, J.A. / Caffrey, M. / Gellman, S.H. / Steyaert, J. / Skiniotis, G. / Weis, W.I. / Sunahara, R.K. / Kobilka, B.K. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3sn6.cif.gz | 537.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3sn6.ent.gz | 438.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3sn6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3sn6_validation.pdf.gz | 724 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3sn6_full_validation.pdf.gz | 766 KB | Display | |
| Data in XML | 3sn6_validation.xml.gz | 50.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 3sn6_validation.cif.gz | 67.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/3sn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/3sn6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
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Components
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3 types, 3 molecules ABG
| #1: Protein | Mass: 44370.168 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: G72S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 38744.371 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M1Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
| #3: Protein | Mass: 7563.750 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Protein / Antibody / Non-polymers , 3 types, 3 molecules RN

| #4: Protein | Mass: 58303.109 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C54T,C97A,M96T,M98T,N187E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus), (gene. exp.) Homo sapiens (human)Gene: ADRB2, ADRB2R, B2AR / Production host: ![]() |
|---|---|
| #5: Antibody | Mass: 15140.742 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
| #6: Chemical | ChemComp-P0G / |
-Details
| Compound details | CHAIN R IS A FUSION PROTEIN WITH T4 LYSOZYME FUSED TO THE N TERMINUS OF THE BETA2 ADRENERGIC| Has protein modification | Y | Sequence details | SEQUENCE OF CHAIN A CORRESPOND | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 20 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.05 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6.5 Details: 350-450 mM potassium nitrate, 100 mM MES, 1 mM TCEP, 10 mM phosphonoformate, 0.01 mM BI167107, 18-22% PEG400. Crystals were grown in a 10:1 (w:w) MAG 7.7:cholesterol lipid mix. , pH 6.5, ...Details: 350-450 mM potassium nitrate, 100 mM MES, 1 mM TCEP, 10 mM phosphonoformate, 0.01 mM BI167107, 18-22% PEG400. Crystals were grown in a 10:1 (w:w) MAG 7.7:cholesterol lipid mix. , pH 6.5, Lipidic cubic phase, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.033 Å | ||||||||||||||||||
| Detector |
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| Radiation |
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| Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 31685 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.156 | ||||||||||||||||||
| Reflection shell | Resolution: 3.2→3.26 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Num. unique all: 943 / % possible all: 53.9 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entries 3P0G, 1AZT, 1GP2, 2RH1 Resolution: 3.2→40.675 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.18 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.04 Å / VDW probe radii: 0.4 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.862 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→40.675 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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