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- PDB-7jn5: Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jn5
タイトルCrystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody CR3022
要素
  • CR3022 heavy chain
  • CR3022 light chain
  • Spike glycoprotein
キーワードViral protein/IMMUNE SYSTEM / SARS / coronavirus / antibody / IMMUNE SYSTEM / Viral protein-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / : / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / : / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding ...: / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Spike glycoprotein / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human SARS coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.705 Å
データ登録者Wu, N.C. / Yuan, M. / Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI139445 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI44462 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: A natural mutation between SARS-CoV-2 and SARS-CoV determines neutralization by a cross-reactive antibody.
著者: Wu, N.C. / Yuan, M. / Bangaru, S. / Huang, D. / Zhu, X. / Lee, C.D. / Turner, H.L. / Peng, L. / Yang, L. / Burton, D.R. / Nemazee, D. / Ward, A.B. / Wilson, I.A.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CR3022 heavy chain
L: CR3022 light chain
F: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6476
ポリマ－73,9063
非ポリマー7413
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)265.736, 59.931, 51.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 HF

#1: タンパク質 CR3022 heavy chain


分子量: 23546.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 25982.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q19QX0, UniProt: P59594*PLUS

-
抗体 , 1種, 1分子 L

#2: 抗体 CR3022 light chain


分子量: 24376.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 31分子

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M sodium chloride 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 21548 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 78204
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.763.20.86113830.7440.5481.0270.44697
2.76-2.833.20.62814290.8410.3980.7480.47495.3
2.83-2.913.70.64514250.8330.3810.7520.49398.6
2.91-2.993.80.4814370.9130.280.5570.51498.5
2.99-3.093.80.37214250.9410.2190.4330.57998.9
3.09-3.23.70.28314620.9660.1670.330.59198.1
3.2-3.333.70.20514310.9770.1220.240.65997.7
3.33-3.483.40.15313970.9810.0930.180.90596
3.48-3.663.80.1314470.9890.0760.1510.94698.2
3.66-3.893.80.09914450.9920.0570.1150.97398.2
3.89-4.193.80.08114360.9940.0470.0941.25598
4.19-4.623.50.06214250.9940.0370.0731.54895.4
4.62-5.283.80.05614610.9960.0320.0651.51798.6
5.28-6.653.70.05414480.9960.0310.0621.47496.5
6.65-503.60.04514970.9970.0270.0531.96697.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6W41, 2AJF

6w41

2ajf


解像度: 2.705→44.987 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2721 1011 4.7 %
Rwork0.2111 20489 -
obs0.2139 21500 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 182.69 Å2 / Biso mean: 79.8061 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.705→44.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4794 0 47 30 4871
Biso mean--38.83 59.84 -
残基数----620
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7051-2.84770.34851330.3194278493
2.8477-3.02610.34731550.2908294598
3.0261-3.25970.39561390.2642292498
3.2597-3.58760.27211210.2377293697
3.5876-4.10640.27891570.209294198
4.1064-5.17240.22111560.1659295097
5.1724-44.9870.24741500.1912300997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.96120.440.0647.0612-3.6783.22840.9553-0.3815-1.9079-1.0558-0.04051.29451.93950.718-1.00261.17490.1259-0.51971.50680.17741.327410.121-44.5514-3.514
24.9805-0.05312.16821.2867-0.38364.25080.62070.2601-0.4377-0.81410.1780.79761.33820.1207-0.55361.0568-0.0482-0.62741.25750.15861.39245.2108-33.4989-9.4762
32.67040.9855-3.96064.20150.78597.23150.5589-1.4409-1.59650.4476-0.22591.11081.3293-0.2311-0.1831.2593-0.2267-0.21681.28270.45251.369413.0441-43.11284.9287
45.78754.6065-0.59226.4511.85383.5811-0.64320.381-1.5091-0.66490.43820.77920.9492-0.67080.12431.19430.1838-0.52061.1362-0.1171.302323.4474-41.9359-6.2435
52.774-2.32153.64154.0026-2.47295.19760.0918-0.3279-0.5368-0.1390.38890.61480.1356-0.4752-0.68860.6807-0.1151-0.31741.07340.12810.874916.0115-29.8671-1.5771
66.5358-4.23391.63857.8028-2.98673.64830.3769-1.0667-1.0294-0.25890.62820.6878-0.1856-0.3549-0.58880.6603-0.0029-0.35831.0065-0.00340.845313.6064-26.4745-2.833
75.2678-2.58371.12194.2786-1.72593.26010.2602-0.1295-1.0545-0.98840.22931.36060.0081-0.4211-0.71980.98940.1023-0.57270.96770.06911.064.7224-21.5859-14.0959
83.9808-1.14320.79132.0694-1.81681.81770.59950.8816-0.7064-1.2141-0.21041.17650.0643-1.1323-0.69821.2796-0.0948-0.31951.42840.0911.2944-4.2964-11.2595-25.9417
95.9017-1.69543.29766.0259-2.75662.50080.54741.4795-0.3165-2.1424-0.11310.2090.9120.4205-0.43131.4680.1263-0.43041.0898-0.14440.932213.911-30.5652-19.3008
102.6541.7761.51411.75071.32331.07030.32970.4393-0.67220.18950.10032.1513-0.4027-0.8570.48360.88510.32630.03811.7104-0.09791.52678.6603-37.282712.7185
110.96180.0175-0.6170.4390.30940.66510.07170.6181-0.3091-0.0036-0.7095-0.25460.32620.467-0.09540.61720.1720.04221.24740.19340.533447.7892-29.27310.4801
120.8041-0.3089-0.26680.6687-0.50670.62440.05220.68040.2368-0.0372-0.1799-0.0321-0.0637-0.02420.00170.54490.0782-0.03460.82950.07980.493936.4874-26.08021.0716
130.4891-0.3924-0.18610.43930.26641.0641-0.274-0.03780.6108-0.0759-0.5177-0.0443-0.19120.082-0.58020.44360.0051-0.04890.87990.23490.626540.8213-24.21865.4202
144.4425-1.2082.84652.5324-0.35252.2086-0.27280.4163-0.6190.36960.1682-1.9111-0.11040.3639-0.75410.25490.1301-0.19130.32210.03670.288862.8098-30.885515.797
151.0796-0.17390.81771.7435-1.03113.1008-0.0420.04260.0868-0.09050.03390.1056-0.1693-0.0755-0.12080.4440.0038-0.10460.20610.04770.799763.4344-33.754219.7448
162.0263-1.71410.74138.5604-5.57235.45330.28120.3294-0.1803-0.1574-0.1603-0.42820.22980.5312-0.0830.4927-0.0316-0.05670.391-0.09090.802868.651-37.382718.9282
170.23930.0544-0.02980.12130.09050.1839-0.4501-0.89350.71150.10270.1847-0.1666-0.7806-0.52950.02080.73940.3416-0.13841.071-0.12940.692131.174-20.899125.8248
180.33270.18240.46811.11230.54020.5233-0.2907-0.54430.14730.13330.3265-0.17820.1778-0.77890.01530.35320.11360.02520.79230.03410.398531.0058-28.55421.3258
191.47880.2312-0.64473.50721.04770.7109-0.56680.005-1.2637-0.13621.4505-3.13740.10170.93351.04990.38060.2575-0.4826-1.09621.1986-0.297359.7642-32.931236.3451
202.55830.9277-3.85422.8665-1.52586.8154-0.33980.1343-0.53190.0162-0.1703-0.8491-0.21890.21510.34410.5672-0.0282-0.16870.3287-0.01860.791868.9493-29.455529.2607
216.83591.38660.30341.7277-0.94273.0004-0.332-0.37380.0590.64870.1659-0.7602-0.38010.22520.17280.64450.0754-0.2980.2967-0.0470.778765.7558-25.619832.8739
222.07911.1615-2.62471.3277-1.06655.7450.8918-0.5149-0.07790.7283-0.6807-0.8859-0.69450.64930.36450.71640.0209-0.44150.6442-0.00351.215376.357-28.267937.2404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain F and resid 323:331)F323 - 331
2X-RAY DIFFRACTION2(chain F and resid 332:343)F332 - 343
3X-RAY DIFFRACTION3(chain F and resid 344:356)F344 - 356
4X-RAY DIFFRACTION4(chain F and resid 357:362)F357 - 362
5X-RAY DIFFRACTION5(chain F and resid 363:407)F363 - 407
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resid 408:423)F408 - 423
7X-RAY DIFFRACTION7(chain F and resid 424:464)F424 - 464
8X-RAY DIFFRACTION8(chain F and resid 465:475)F465 - 475
9X-RAY DIFFRACTION9(chain F and resid 476:499)F476 - 499
10X-RAY DIFFRACTION10(chain F and resid 500:513)F500 - 513
11X-RAY DIFFRACTION11(chain H and resid 1:22)H1 - 22
12X-RAY DIFFRACTION12(chain H and resid 23:81)H23 - 81
13X-RAY DIFFRACTION13(chain H and resid 82:101)H82 - 101
14X-RAY DIFFRACTION14(chain H and resid 102:132)H102 - 132
15X-RAY DIFFRACTION15(chain H and resid 133:169)H133 - 169
16X-RAY DIFFRACTION16(chain H and resid 170:215)H170 - 215
17X-RAY DIFFRACTION17(chain L and resid 1:27D)L1 - 27
18X-RAY DIFFRACTION18(chain L and resid 27E:104)L27
19X-RAY DIFFRACTION19(chain L and resid 105:120)L105 - 120
20X-RAY DIFFRACTION20(chain L and resid 121:144)L121 - 144
21X-RAY DIFFRACTION21(chain L and resid 145:182)L145 - 182
22X-RAY DIFFRACTION22(chain L and resid 183:214)L183 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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