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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jmt | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of schistosome BCL-2 bound to ABT-737 | ||||||||||||
要素 | BCL-2 protein | ||||||||||||
キーワード | APOPTOSIS | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / membrane => GO:0016020 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity / apoptotic process / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Smith, N.A. / Smith, B.J. / Lee, E.F. / Colman, P.M. / Fairlie, W.D. | ||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 3件
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引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021 タイトル: Optimization of Benzothiazole and Thiazole Hydrazones as Inhibitors of Schistosome BCL-2. 著者: Nguyen, W. / Lee, E.F. / Evangelista, M. / Lee, M. / Harris, T.J. / Colman, P.M. / Smith, N.A. / Williams, L.B. / Jarman, K.E. / Lowes, K.N. / Haeberli, C. / Keiser, J. / Smith, B.J. / ...著者: Nguyen, W. / Lee, E.F. / Evangelista, M. / Lee, M. / Harris, T.J. / Colman, P.M. / Smith, N.A. / Williams, L.B. / Jarman, K.E. / Lowes, K.N. / Haeberli, C. / Keiser, J. / Smith, B.J. / Fairlie, W.D. / Sleebs, B.E. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jmt.cif.gz | 394.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jmt.ent.gz | 304.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jmt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jmt_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jmt_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7jmt_validation.xml.gz | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jmt_validation.cif.gz | 48.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jmt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23416.652 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5BWX6, UniProt: A0A4Z2CSJ3*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-N3C / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: sBCL-2:1, 1.6M dipotassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M NaCl, 0.1M imidazole, pH8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→88.43 Å / Num. obs: 30852 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 62.99 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.88 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4063 / CC1/2: 0.364 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QBR 解像度: 2.75→86.47 Å / SU ML: 0.5125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.5273 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→86.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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