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- PDB-6emt: Crystal Structure of dual specific Trm10 construct from Thermococ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6emt | ||||||
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Title | Crystal Structure of dual specific Trm10 construct from Thermococcus kodakaraensis. | ||||||
![]() | tRNA (guanine(9)-/adenine(9)-N1)-methyltransferase | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Trm10 / Dual specificity enzymes / SPOUT / MTases | ||||||
Function / homology | ![]() tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA processing / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, R.K. / Versees, W. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and biochemical analysis of the dual-specificity Trm10 enzyme fromThermococcus kodakaraensisprompts reconsideration of its catalytic mechanism. Authors: Singh, R.K. / Feller, A. / Roovers, M. / Van Elder, D. / Wauters, L. / Droogmans, L. / Versees, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Download
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PDB format | ![]() | 67.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 464 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6emsSC ![]() 6emuC ![]() 6emvC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 22422.598 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C120A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Details (production host): bacterial expression with T7lac promoter Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q5JD38, tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase, tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 / Details: 20 % PEG 3350, 8% v/v Tascimate / PH range: 5.0-6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 23, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.794→47.645 Å / Num. obs: 22813 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 37.9 % / Biso Wilson estimate: 34.5407666018 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09092 / Rpim(I) all: 0.0149 / Rrim(I) all: 0.092179 / Net I/σ(I): 30.85 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 36.5 % / Rmerge(I) obs: 2.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 2160 / CC1/2: 0.763 / Rpim(I) all: 0.3871 / Rrim(I) all: 2.394 / % possible all: 97.87 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: SPOUT domain of PDB ID 6EMS Resolution: 1.794→47.645 Å / SU ML: 0.211230852015 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.3634 / Phase error: 20.7317183315
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.0339235129 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.794→47.645 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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