PDB-7jmb: Crystal structure of Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jmb

タイトル

Crystal structure of Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis enzyme NifB from Methanothermobacter thermautotrophicus with three Fe4S4 clusters

要素

Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Nitrogenase / Radical SAM enzyme / iron-molybdenum cofactor biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kang, W. / Rettberg, L. / Ribbe, M.W. / Hu, Y.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: X-Ray Crystallographic Analysis of NifB with a Full Complement of Clusters: Structural Insights into the Radical SAM-Dependent Carbide Insertion During Nitrogenase Cofactor Assembly.
著者: Kang, W. / Rettberg, L.A. / Stiebritz, M.T. / Jasniewski, A.J. / Tanifuji, K. / Lee, C.C. / Ribbe, M.W. / Hu, Y.

履歴

登録	2020年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2021年2月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.4	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7jmb.ent.gz	156.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7jmb_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jmb_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
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CIF形式データ	7jmb_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jmb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7jmaC 6y1xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fzh-d 3sos-d 1e26-d 2gb4-2 3nzb-d 4q7z-d 4crd-d 4dgj-1 1zml-d 1cd2-d 1dyr-d 4q80-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m37jmb / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB

B: Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB

ヘテロ分子

67.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.870, 77.640, 90.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 128.850, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 16 - 276 / Label seq-ID: 18 - 278

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain 'A' and (resid 16 through 36 or (resid 37...	A	A
2	(chain 'B' and (resid 16 through 24 or (resid 25...	B	B

#1: タンパク質	Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB 分子量: 32731.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27899
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4M sodium malonate (pH7)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.71915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射	モノクロメーター: Water-cooled flat double Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.71915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→70.71 Å / Num. obs: 12056 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 78.88 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_pim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 1215 / CC_1/2: 0.581 / R_pim(I) all: 0.704 / % possible all: 63.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Y1X

6y1x

解像度: 3→70.7 Å / SU ML: 0.5268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.3073
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3143	1207	10.03 %
R_work	0.2622	10823	-
obs	0.2675	12030	90.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→70.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3462	0	48	0	3510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	3601
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6199	5000
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0485	598
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.1405	2102

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.12	0.414	89	0.3598	804	X-RAY DIFFRACTION	61.42
3.12-3.26	0.4316	113	0.361	1021	X-RAY DIFFRACTION	77.51
3.26-3.43	0.3988	140	0.3127	1282	X-RAY DIFFRACTION	96.6
3.43-3.65	0.3355	147	0.3069	1286	X-RAY DIFFRACTION	96.96
3.65-3.93	0.3317	138	0.2713	1250	X-RAY DIFFRACTION	94.23
3.93-4.33	0.3078	143	0.255	1304	X-RAY DIFFRACTION	97.7
4.33-4.95	0.2825	146	0.2331	1259	X-RAY DIFFRACTION	94.87
4.95-6.24	0.3347	144	0.2589	1307	X-RAY DIFFRACTION	96.6
6.24-70.7	0.2582	147	0.2272	1310	X-RAY DIFFRACTION	95.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.376443488303	-1.09381428931	-0.130035373801	3.69658840587	1.058464254	1.63924962826	-0.207415774836	-0.0876921416732	-0.503651146455	0.225739270688	0.229889749235	0.753356756193	0.0814613853597	0.186289086821	-0.219978933145	0.350599149243	0.00591688053295	0.22055541614	0.660485807327	0.154218800347	0.579761861191	-12.6299493462	38.5670987138	20.6419156576
2	2.97215267562	1.1270840866	-1.38492380559	3.50790020478	-0.992681621389	2.6824979657	-0.246919190052	0.417751763901	0.422972985347	-0.40151472374	0.763992410364	0.645700848681	-0.0294228784021	-0.257797921122	-0.404398177915	0.418046276673	-0.108574241249	0.118223493784	0.500177018098	0.234812741648	0.486846468716	-17.8710426075	45.726151894	16.9233120799
3	1.08144640108	-0.627016920324	0.0227200427593	1.99348378397	0.961158125813	0.579117053424	-0.00931276761469	0.570507039234	0.0157507579657	-0.408240484347	-0.113569505888	-0.10253739317	-0.108824128706	0.33595537675	-0.423214281911	0.423354369458	-0.152997862168	0.408573884789	0.766151550335	-0.0717111504572	0.461204079962	-12.1317062551	32.1004126296	11.0446532175
4	2.10211286168	-0.706611238012	-1.00386489369	0.270399772838	0.533831222308	1.6755974262	-0.0574468213668	0.662138654008	-0.380096908638	0.0752687264347	-0.147942242659	0.209062669175	0.48762255892	-0.374499727188	1.38198347959	0.427027380733	-0.296126133758	0.564195101645	0.773839440077	-0.302274433186	0.714760506138	-8.42468031185	23.6163881012	8.55818979837
5	4.35479790256	0.957063775753	-2.19534045953	0.651417269938	-1.19385879886	2.27429663294	-0.596857534069	0.319672053663	-0.848349889309	-1.15109436818	-0.0974277700823	-0.678040915406	0.79342471581	0.171278744637	0.942980926275	0.666945120792	-0.0891437733829	0.325367927453	0.510878102639	0.125661323076	0.415117718739	-2.99372945229	24.4781345474	19.9440277062
6	1.3042424275	0.187067602521	0.822164479182	0.500941634868	0.412597146503	0.688103457274	-0.138146167393	-0.102000187834	-0.554719487076	0.00322171015596	0.464381930448	-0.0591924252562	-0.109492214364	0.374932598545	-0.00973829691831	0.485692835719	-0.153232664878	0.258355862822	0.822233350676	0.203641581282	0.51673040048	-6.54974346192	32.5935819013	28.2436808649
7	2.84579630921	-2.0843627544	-1.63103914234	8.7351371439	7.80255899217	1.99936874246	-0.279052809843	0.706223065059	0.1451272673	-0.084769242853	-0.45325177164	0.345460109985	-0.0822608223455	0.409790851681	-0.172277641332	0.285818270579	0.220527260075	0.116805381329	0.456064284805	0.19450450664	0.252936677181	-3.01320943882	17.170082427	47.5888728525
8	0.647814353746	0.487077659328	0.143633704373	1.48262828923	-0.00969337664988	0.163066924346	-0.0300313861997	0.286325379765	0.363395109182	-0.226895255746	0.00223588538353	-0.0755502315823	-0.114713353346	-0.0448495858441	-0.190416385133	0.576638534069	-0.384181329395	-0.0276330851493	0.778215778888	0.335443209408	0.790263121127	-20.609246716	26.2268131365	52.0222145328
9	3.45638333975	-1.76788236536	1.09927929227	2.73008211219	-0.0518150254465	2.58451710694	-0.615384369354	0.383253565801	-0.37033253209	0.784028872436	-0.263974308536	0.321215377876	0.0791894430857	-0.132926175754	0.583024864263	0.265013604015	-0.0367289566039	0.131897305797	0.294889389328	-0.0130944493538	0.255177001046	-20.8428269421	13.7973030952	48.949652835
10	0.384183606326	0.48945284182	0.295946629647	0.660454355109	0.179949179324	1.40162400926	0.134810775021	-0.487198323563	-0.055100611249	0.680749380134	-0.0645527967569	0.0471340901136	-0.0629202650419	-0.260015311909	-0.0027247932937	0.671320578272	0.248365871724	0.237954071589	0.737231261876	0.308780099527	0.267593659289	-19.1181285324	18.4222899467	60.3831481761
11	1.25743581646	-0.795535970002	0.849923926827	3.37729890338	-0.527796439547	0.569268234125	-0.340017427147	-0.37244092468	-0.656364191092	1.05254964644	-0.576749442445	0.0788241912114	0.292416148575	0.914878193063	0.536632687567	0.684097436229	0.234629308242	0.16331792946	0.697875671965	0.12314399308	0.412969039371	-12.7028724398	20.6925250269	62.9955756978
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14	6.79418584397	-1.15448238928	2.46421152982	3.98967865815	-2.14879730319	3.76855974791	0.159223987248	-0.57472782542	0.843785995181	0.567473402356	-0.557882757454	-0.252067681337	-0.704370136682	0.403002175926	0.533961877144	0.33543157714	0.0627161187961	0.0376919067466	0.492836511328	0.0270431463034	0.436408289761	-7.65966348887	35.5605154692	50.4605284977
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16	0.806374915959	-0.311883884416	-0.890380124521	0.702594035091	0.0773800382036	1.99958259907	-0.264940975671	0.237266689171	-0.354323243701	0.245576751528	0.130571717025	0.0906498531618	-0.0226891309193	0.360721139929	-0.571692478274	0.556631027424	0.277052664022	0.303315130236	0.618644814525	0.0774736318852	0.229668048044	-9.7248517713	21.1498155724	45.7426949394

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 166 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 167 through 187 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 188 through 216 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 217 through 277 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 16 through 27 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 46 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 47 through 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 83 through 106 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 107 through 141 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 142 through 166 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 167 through 187 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 188 through 235 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 236 through 251 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 252 through 277 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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