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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jkp | ||||||
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タイトル | Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / Translesion / DNA synthesis / DNA Replication / DNA damage / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA primase AEP / R-loop processing / mitochondrial DNA replication / DNA primase activity / mitochondrial DNA repair / replication fork processing / error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / DNA-directed RNA polymerase complex / response to UV ...DNA primase AEP / R-loop processing / mitochondrial DNA replication / DNA primase activity / mitochondrial DNA repair / replication fork processing / error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / DNA-directed RNA polymerase complex / response to UV / replication fork / manganese ion binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / chromatin binding / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rechkoblit, O. / Aggarwal, A.K. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of DNA synthesis opposite 8-oxoguanine by human PrimPol primase-polymerase. 著者: Rechkoblit, O. / Johnson, R.E. / Gupta, Y.K. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 251.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41038.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q96LW4, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 CGDH
#2: DNA鎖 | 分子量: 5078.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 4103.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 30分子 ![](data/chem/img/DTP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 225- 250 mM CaCl2 16 -19% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→69.17 Å / Num. obs: 27189 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.69 Å / Num. unique obs: 2898 / CC1/2: 0.523 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5L2X 解像度: 2.592→69.17 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 37.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 242.85 Å2 / Biso mean: 96.1665 Å2 / Biso min: 37.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.592→69.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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