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- PDB-7jkl: Human PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jkl
タイトルHuman PrimPol misinserting dATP opposite the 8-oxoguanine lesion (3'-end base of the primer strand is 2',3'-dideoxy-terminated).
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*(DDG))-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*(8OG)P*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA-directed primase/polymerase protein
キーワードTRANSFERASE/DNA / Translesion / DNA synthesis / DNA Replication / DNA damage / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase AEP / R-loop processing / mitochondrial DNA replication / DNA primase activity / mitochondrial DNA repair / replication fork processing / error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / DNA-directed RNA polymerase complex / response to UV ...DNA primase AEP / R-loop processing / mitochondrial DNA replication / DNA primase activity / mitochondrial DNA repair / replication fork processing / error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / DNA-directed RNA polymerase complex / response to UV / replication fork / manganese ion binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / chromatin binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA-directed primase/polymerase protein / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed primase/polymerase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.384 Å
データ登録者Rechkoblit, O. / Aggarwal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM131780 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of DNA synthesis opposite 8-oxoguanine by human PrimPol primase-polymerase.
著者: Rechkoblit, O. / Johnson, R.E. / Gupta, Y.K. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed primase/polymerase protein
C: DNA (5'-D(P*AP*(8OG)P*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*(DDG))-3')
B: DNA-directed primase/polymerase protein
G: DNA (5'-D(P*AP*(8OG)P*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,69613
ポリマ－100,4096
非ポリマー1,2877
水1,892105
1
A: DNA-directed primase/polymerase protein
C: DNA (5'-D(P*AP*(8OG)P*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8286
ポリマ－50,2043
非ポリマー6233
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA-directed primase/polymerase protein
G: DNA (5'-D(P*AP*(8OG)P*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8687
ポリマ－50,2043
非ポリマー6634
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.525, 65.641, 74.307
Angle α, β, γ (deg.)69.440, 83.430, 87.740
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA-directed primase/polymerase protein / hPrimpol1 / Coiled-coil domain-containing protein 111


分子量: 41038.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIMPOL, CCDC111 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q96LW4, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CGDH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*(8OG)P*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5078.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*(DDG))-3')


分子量: 4087.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 112分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 225- 250 mM CaCl2, 16 -19% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→69.17 Å / Num. obs: 33664 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 2495 / CC1/2: 0.449 / % possible all: 64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L2X

5l2x


解像度: 2.384→69.17 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 1615 4.9 %
Rwork0.2197 31339 -
obs0.2224 32954 91.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 446.73 Å2 / Biso mean: 82.6032 Å2 / Biso min: 34.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.384→69.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4159 1143 115 105 5522
Biso mean--63.69 61.87 -
残基数----576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4977832
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038863
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7173052
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.384-2.45370.3856960.3856175961
2.4537-2.53290.40941400.3588263093
2.5329-2.62340.33061470.3233270194
2.6234-2.72850.34681630.3028278197
2.7285-2.85270.32351240.2602278196
2.8527-3.00310.31481400.2323271296
3.0031-3.19120.27651330.2272269894
3.1912-3.43760.2921290.2369275595
3.4376-3.78350.29581500.2041261493
3.7835-4.33090.27411190.1954261290
4.3309-5.45620.23421390.1801265093
5.4562-69.170.23231350.1977264692

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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