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万見
- PDB-7jjf: Sarcin-ricin loop with modified residue. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jjf
タイトルSarcin-ricin loop with modified residue.
要素RNA/DNA (27-mer)
キーワードDNA-RNA HYBRID / sarcin-ricin loop / RNA crystal structure / RNA tetraloops / RNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Harp, J.M. / Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Incorporating a Thiophosphate Modification into a Common RNA Tetraloop Motif Causes an Unanticipated Stability Boost.
著者: Pallan, P.S. / Lybrand, T.P. / Schlegel, M.K. / Harp, J.M. / Jahns, H. / Manoharan, M. / Egli, M.
履歴
登録2020年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA/DNA (27-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7512
ポリマ－8,7261
非ポリマー241
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.340, 29.340, 75.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: RNA鎖 RNA/DNA (27-mer)


分子量: 8726.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: RNA was dissolved in 1 mM Na2 EDTA (pH 8.0) and 10 mM Tris-HCl (pH 8.0) to attain 350 uM final RNA concentration. The RNA sample was annealed by heating at 65 C for 2 min and slowly cooling ...詳細: RNA was dissolved in 1 mM Na2 EDTA (pH 8.0) and 10 mM Tris-HCl (pH 8.0) to attain 350 uM final RNA concentration. The RNA sample was annealed by heating at 65 C for 2 min and slowly cooling to room temperature. Crystallization set-ups were made by mixing 4 uL of RNA solution with 2 uL of a crystallization buffer composed of 3.0 M ammonium sulfate, 10 mM magnesium chloride, 10 mM manganese chloride, and 50 mM potassium 3-(N-morpholino) propanesulfonic acid (MOPS), pH 7.0 at 18 C. Crystals appear in about two weeks time.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2+ 70 kV / 波長: 1.3418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月19日
放射モノクロメーター: multi-layer confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→27.36 Å / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 4.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 23.47
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DVZ

3dvz


解像度: 1.2→27.36 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 4.58 / 位相誤差: 41.508
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 3874 10.65 %
Rwork0.177 --
obs0.184 36363 92.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 10.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→27.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 578 1 103 682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3421049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.367351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00928
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.220.37831570.34451320X-RAY DIFFRACTION64
1.22-1.240.34461470.33411262X-RAY DIFFRACTION67
1.24-1.270.39841520.31161361X-RAY DIFFRACTION67
1.27-1.290.31131550.29991405X-RAY DIFFRACTION73
1.29-1.320.37041640.31341476X-RAY DIFFRACTION74
1.32-1.350.31191730.29141445X-RAY DIFFRACTION73
1.35-1.390.27961870.27531590X-RAY DIFFRACTION80
1.39-1.420.24741950.25361645X-RAY DIFFRACTION84
1.42-1.460.28681910.22661705X-RAY DIFFRACTION87
1.46-1.510.23761870.20381737X-RAY DIFFRACTION88
1.51-1.570.22151900.18461762X-RAY DIFFRACTION89
1.57-1.630.19042040.15531792X-RAY DIFFRACTION90
1.63-1.70.16852040.14941742X-RAY DIFFRACTION89
1.7-1.790.17231980.15211766X-RAY DIFFRACTION90
1.79-1.90.18072060.14321764X-RAY DIFFRACTION90
1.9-2.050.20581940.15411789X-RAY DIFFRACTION90
2.05-2.260.16992030.14761800X-RAY DIFFRACTION90
2.26-2.580.1571980.14551740X-RAY DIFFRACTION90
2.59-3.250.18422030.13761794X-RAY DIFFRACTION90
3.26-29.340.18731900.13831770X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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