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- PDB-7jfl: Crystal structure of human phosphorylated IRF-3 bound to CBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jfl
タイトルCrystal structure of human phosphorylated IRF-3 bound to CBP
要素
  • CREB-binding protein
  • Interferon regulatory factor 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / transcription factor / phosphorylation / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / The CRY:PER:kinase complex represses transactivation by the BMAL:CLOCK (ARNTL:CLOCK) complex / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Phosphorylated BMAL1:CLOCK (ARNTL:CLOCK) activates expression of core clock genes / mRNA transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / TRAF6 mediated IRF7 activation / cGAS/STING signaling pathway / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / embryonic digit morphogenesis / toll-like receptor 4 signaling pathway / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / DNA-binding transcription activator activity / Formation of paraxial mesoderm / type I interferon-mediated signaling pathway / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / cellular response to exogenous dsRNA / FOXO-mediated transcription of cell death genes / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / homeostatic process / positive regulation of interferon-alpha production / histone acetyltransferase complex / immune system process / Attenuation phase / cAMP/PKA signal transduction / protein-lysine-acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of cellular response to heat / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of type I interferon production / canonical NF-kappaB signal transduction / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / SUMOylation of transcription cofactors / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interferon-beta production / cellular response to nutrient levels / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / antiviral innate immune response / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Heme signaling / promoter-specific chromatin binding / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / cellular response to virus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / chromatin DNA binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / positive regulation of protein localization to nucleus / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Evasion by RSV of host interferon responses / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Pre-NOTCH Transcription and Translation / protein destabilization
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / SMAD/FHA domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon regulatory factor 3 / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Li, P. / Jing, T. / Zhao, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI145287 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2020
タイトル: The Structural Basis of IRF-3 Activation upon Phosphorylation.
著者: Jing, T. / Zhao, B. / Xu, P. / Gao, X. / Chi, L. / Han, H. / Sankaran, B. / Li, P.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 3
C: CREB-binding protein
B: Interferon regulatory factor 3
D: CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0904
ポリマ－58,0904
非ポリマー00
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.010, 68.030, 55.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 3 / IRF-3


分子量: 23770.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14653
#2: タンパク質・ペプチド CREB-binding protein


分子量: 5274.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 0.2 M MgCl2, 5% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→46.93 Å / Num. obs: 48116 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.68→1.7 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 2336 / CC1/2: 0.352 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM1.18.2_3874データ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHENIX1.17_3644精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JEM

5jem


解像度: 1.68→46.93 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 2377 4.94 %
Rwork0.191 45716 -
obs0.1927 48093 94.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.36 Å2 / Biso mean: 24.4488 Å2 / Biso min: 10.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→46.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3646 0 0 252 3898
Biso mean---27.77 -
残基数----464
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.68-1.710.36271150.32022563267890
1.71-1.750.31191350.2912585272091
1.75-1.790.31771290.27032611274092
1.79-1.840.28621240.24972656278093
1.84-1.890.29311510.2172617276893
1.89-1.940.21721350.19812684281994
1.94-2.010.22741410.19152698283995
2.01-2.080.24391370.19912703284095
2.08-2.160.21731450.19072690283595
2.16-2.260.21431430.18142709285295
2.26-2.380.23081240.18072725284995
2.38-2.530.23441630.19142723288695
2.53-2.720.22081520.1922709286196
2.72-2.990.23571420.19182700284295
2.99-3.430.18981440.18032761290596
3.43-4.320.18141440.15782757290196
4.32-46.930.21931530.18412825297897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6296-1.38680.44640.95380.75953.87650.0218-0.04310.16350.27020.2073-0.5577-0.19170.1525-0.11670.1261-0.03970.01590.15730.02280.105-15.865912.957811.6445
21.77721.05980.42685.64951.48422.99530.01580.0973-0.0464-0.40340.0853-0.6713-0.23870.2382-0.14160.1552-0.00740.04910.2118-0.0290.256-10.866813.14936.3333
31.90031.87550.83566.76281.32652.8502-0.00180.0888-0.1224-0.32080.1105-0.69510.03740.118-0.2030.13110.00850.02990.1581-0.01130.1663-13.78120.5674-0.3952
43.0366-2.0115-2.11686.33891.94663.34840.1264-0.00470.2749-0.2870.1406-0.3952-0.35070.0769-0.25130.217-0.00940.00690.12450.02280.1536-19.850422.25984.3037
52.5273-1.3691.33545.5578-1.73344.114-0.0469-0.03540.0091-0.156-0.00550.0802-0.3524-0.01670.00980.1529-0.0082-0.01990.1209-0.03480.1232-27.024813.7644.3398
62.17890.462-3.82771.1057-1.55266.8636-0.04610.05870.0139-0.00660.05930.09860.0123-0.2863-0.02830.12120.0047-0.01930.1564-0.0180.1631-29.634222.032621.2429
71.4577-1.9073-1.36364.7919-0.08954.204-0.03730.1137-0.1674-0.3583-0.010.4220.2723-0.47750.04960.1348-0.0336-0.0280.1762-0.00690.1321-27.59054.63275.4607
80.5982-0.2997-1.27482.47042.50523.91740.04520.00710.0486-0.105-0.08680.0593-0.0814-0.04320.0470.12990.0084-0.02770.14690.00740.1554-20.764315.976421.2146
93.68912.10551.04349.18032.26571.6608-0.14860.1371-0.3773-0.19170.06570.03020.0795-0.07630.14870.13830.02470.04040.18490.00520.1758-36.34335.897432.7645
102.91922.13212.83384.9201-0.16084.2673-0.1087-0.98691.01030.7151-0.8485-1.28950.04470.40650.66730.3458-0.0567-0.20190.58680.09540.7495-15.424124.346835.0887
115.2138-4.1511-5.04668.55035.39875.2433-0.3006-1.6016-0.92880.15330.03341.72070.4095-0.71330.29210.26140.0468-0.05010.79770.04010.6339-12.438316.674528.5938
125.6802-3.4528-2.76496.76353.3176.63310.0821-0.37150.7420.34630.3215-0.9153-0.22930.5956-0.36270.1933-0.063-0.0060.1985-0.04770.2227-13.960927.206222.8317
136.292.7462-3.17513.3795-3.33483.58930.2883-0.52750.28670.807-0.1839-0.0061-0.77770.0765-0.0920.26740.0045-0.0040.177-0.07530.2217-24.971529.328931.8141
142.37170.7058-0.40920.39420.56082.4634-0.1058-0.1375-0.39170.1950.1985-0.20560.43610.1274-0.11630.15250.0118-0.01530.14890.03680.1665-19.2502-14.540126.5098
153.6122-0.6193-1.15895.19581.51911.4672-0.0718-0.2159-0.09680.4417-0.04630.02380.23860.16890.1710.1583-0.0027-0.04030.1694-0.01260.1353-18.297-12.1132.5248
163.2537-4.03070.38127.2429-1.47991.0415-0.0702-0.08830.24750.47040.0753-0.3415-0.06160.0553-0.01770.1476-0.0149-0.01940.1647-0.03250.1063-24.48141.544536.3498
171.38670.72530.4366.62962.8574.93450.0285-0.0417-0.04790.23670.0976-0.01690.248-0.0401-0.11460.1654-0.00750.0010.11680.03060.139-26.9306-20.20529.1747
185.14941.9779-1.51154.6716-1.96632.8271-0.1390.28390.0362-0.12340.06060.21010.0734-0.23570.00920.10470.0073-0.00140.1333-0.02610.1787-31.8098-8.949523.0321
196.26121.4066-0.97416.4915-2.40166.8860.0587-0.3966-0.53280.3979-0.15510.23470.28960.08110.07610.1336-0.01140.03670.1479-0.01080.1912-35.5405-17.68430.1333
201.31360.6641-3.28971.9114-0.8869.0035-0.0840.1479-0.0138-0.21970.03730.052-0.1277-0.38760.02680.09370.0056-0.03060.145-0.02730.1297-26.1173-20.02399.5802
211.03471.3621-0.61833.04080.5143.86510.03820.13710.18420.0588-0.02330.4706-0.2621-0.4119-0.0280.09050.0283-0.010.15430.00230.1793-33.1532-2.644124.1837
220.7065-1.4084-1.8822.77863.69695.78520.08410.01290.05950.00640.008-0.08660.0048-0.0037-0.12060.1171-0.0054-0.00890.13620.01110.1665-18.6269-13.84814.4568
236.131-2.09980.06135.03552.08411.3543-0.1343-0.05110.04670.00150.05360.4226-0.1386-0.24990.05110.2491-0.0322-0.04190.1972-0.02690.1103-25.7033-3.9203-3.6671
242.5850.47220.49238.78225.74043.7908-0.02341.40730.3249-1.1302-0.1456-0.6114-0.55180.3804-0.0340.4516-0.0505-0.0420.83520.06790.5093-7.0648-19.93599.6832
254.69196.08545.13587.82166.62075.62120.27640.2021-0.49950.37460.1066-0.62460.56380.5284-0.39780.16720.0168-0.01770.1787-0.01170.1959-11.5985-24.475616.9023
265.25950.6098-1.68233.1912-3.0083.21660.00750.4094-0.258-0.3926-0.0961-0.2163-0.0193-0.07880.00570.27250.0199-0.01320.177-0.07120.2045-17.0367-27.65934.0775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 199 through 212 )A199 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 213 through 240 )A213 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 241 through 267 )A241 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 268 through 285 )A268 - 285
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 286 through 316 )A286 - 316
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 317 through 342 )A317 - 342
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 343 through 363 )A343 - 363
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 364 through 381 )A364 - 381
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 382 through 396 )A382 - 396
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 2069 through 2073 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 2074 through 2079 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2080 through 2092 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 2093 through 2104 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 195 through 212 )B195 - 212
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 213 through 240 )B213 - 240
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 241 through 267 )B241 - 267
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 268 through 285 )B268 - 285
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 286 through 306 )B286 - 306
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 307 through 316 )B307 - 316
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 317 through 342 )B317 - 342
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 343 through 363 )B343 - 363
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 364 through 381 )B364 - 381
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 382 through 396 )B382 - 396
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 2066 through 2079 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 2080 through 2092 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 2093 through 2103 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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