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- PDB-7jfm: Crystal structure of mouse phosphorylated IRF-3 bound to CBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jfm
タイトルCrystal structure of mouse phosphorylated IRF-3 bound to CBP
要素
  • CREB-binding protein
  • Interferon regulatory factor 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / transcription factor / phosphorylation / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / TRAF3-dependent IRF activation pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation / ISG15 antiviral mechanism / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / TRAF3-dependent IRF activation pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation / ISG15 antiviral mechanism / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / programmed necrotic cell death / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / histone H3K27 acetyltransferase activity / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / embryonic digit morphogenesis / protein-lysine-acetyltransferase activity / toll-like receptor 4 signaling pathway / protein acetylation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / homeostatic process / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / response to exogenous dsRNA / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / positive regulation of interferon-alpha production / histone acetyltransferase complex / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type I interferon production / Attenuation phase / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to nutrient levels / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / regulation of cellular response to heat / immune system process / : / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of interferon-beta production / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cytokine production / response to bacterium / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / chromatin DNA binding / promoter-specific chromatin binding / Heme signaling / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / protein destabilization / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / cellular response to virus / tau protein binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of protein localization to nucleus / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / transcription coactivator binding / : / cellular response to UV
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / SMAD/FHA domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon regulatory factor 3 / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Li, P. / Jing, T. / Zhao, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI145287 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2020
タイトル: The Structural Basis of IRF-3 Activation upon Phosphorylation.
著者: Jing, T. / Zhao, B. / Xu, P. / Gao, X. / Chi, L. / Han, H. / Sankaran, B. / Li, P.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 3
C: CREB-binding protein
B: Interferon regulatory factor 3
D: CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8504
ポリマ－57,8504
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.801, 118.801, 72.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 3 / IRF-3


分子量: 23650.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Irf3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70671
#2: タンパク質・ペプチド CREB-binding protein


分子量: 5274.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M ammonium citrate tribasic at pH 7.0, 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→51.44 Å / Num. obs: 28422 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.23→2.3 Å / Num. unique obs: 2601 / CC1/2: 0.382

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17_3644精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JEM

5jem


解像度: 2.23→51.44 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1408 4.96 %
Rwork0.2313 26981 -
obs0.2324 28389 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 190.32 Å2 / Biso mean: 91.163 Å2 / Biso min: 45.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→51.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3702 0 0 14 3716
Biso mean---67.86 -
残基数----468
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.23-2.310.40851130.378527162829100
2.31-2.40.39941300.34726902820100
2.4-2.510.41241580.357326722830100
2.51-2.640.37871640.317526672831100
2.64-2.810.2981510.322826522803100
2.81-3.030.30971510.293127062857100
3.03-3.330.2891110.266827072818100
3.33-3.810.25021390.224827212860100
3.81-4.80.21691650.201426982863100
4.81-51.440.21211260.19112752287899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.76831.181-2.40135.0234-3.28646.73120.25210.70950.0704-0.5398-0.27330.02420.00650.03290.0250.43330.0518-0.01230.6985-0.19950.545344.5094-5.6798-26.5271
23.1570.54230.36771.8789-1.57642.23310.29790.4180.64330.34420.03740.2665-0.5388-0.1001-0.32160.47130.05680.14620.4765-0.07930.697939.01546.929-15.3591
35.1053-2.7033.71351.4863-1.9542.6999-0.57150.99161.72210.0946-0.527-1.0306-0.96761.02211.03050.9445-0.044-0.03781.32780.24371.472757.302824.7139-18.5545
46.9065-2.31271.05122.79551.44051.7456-0.3280.5120.53350.1904-0.0514-0.6996-0.42680.22650.32290.9203-0.1042-0.08970.94310.13970.955559.848213.318-13.248
54.1199-3.97613.11035.247-1.80363.39170.20181.81410.369-0.7873-1.0889-0.4858-0.07251.21140.50540.8274-0.01050.17121.09540.11011.132755.446515.9534-24.8982
68.6426-3.9003-0.29224.67311.62767.5134-0.44640.16842.2650.26680.6682-0.7732-1.10490.59720.19441.1531-0.0536-0.0810.59750.08621.395546.734926.2199-19.2984
75.52371.275-2.11325.6826-1.70846.26160.1075-0.5131-0.16070.24340.1024-1.52350.07391.62240.12040.58870.2201-0.13930.9755-0.24760.712248.588-5.65961.511
86.448-1.5138-1.11932.1487-3.5678.38750.4352-1.39730.03841.638-0.4991-1.41020.26611.87590.0190.92990.1434-0.31541.90620.00860.624851.24-4.812813.1392
96.33950.2312-1.05436.4149-2.55617.9680.2691-1.15440.67961.31410.1435-0.668-0.79170.9767-0.33840.8245-0.1778-0.01350.9716-0.39450.818248.55467.36986.1385
107.09331.709-1.91185.407-1.96.66540.479-1.7054-0.66271.1427-0.2596-0.75611.09190.98910.00340.96530.2845-0.16641.04910.00280.532541.8887-9.894315.0253
118.10360.5926-0.77954.7871-2.36725.76230.4062-0.1394-0.58450.593-0.44390.0144-0.15180.3205-0.30420.7224-0.0685-0.01360.631-0.18480.631935.2123-4.81123.7269
128.9435-3.0824-2.73769.7027-2.11171.9232-0.5698-1.8934-0.02371.94770.9177-0.32040.21760.5698-0.21660.94620.10860.03770.72670.00250.54734.3313-9.227413.9728
134.13630.0268-2.61348.2056-0.93461.6502-0.6587-0.1175-1.0685-0.2837-0.0480.33091.1399-0.07210.29170.93250.11030.02770.343-0.04370.832135.6646-19.69720.5244
143.4464-0.7864-2.80816.31441.0258.73220.51830.04540.43940.06170.38530.1212-0.9376-0.1382-0.79230.5232-0.05550.11110.5321-0.060.56633.26512.3705-0.9712
151.3644-1.4184-1.9123.02251.62536.2562-0.4469-0.1476-0.8171-0.39070.6374-0.26911.3986-0.288-0.010.8768-0.13040.0530.4674-0.14610.795239.1661-18.2315-10.5774
166.5316-1.9912-2.78464.7604-4.02136.8584-0.18660.0278-1.34384.21850.6365-3.7119-1.8272-0.1783-0.26161.78730.1063-0.49591.10260.1821.906653.6115-29.8809-3.221
174.8094-5.2379-3.81536.59943.61453.3669-1.1962-2.1454-1.4171-0.44520.2376-0.85821.972.84750.73711.5350.64350.15451.63730.14820.92849.9601-26.91316.4837
180.6005-0.14820.08132.5264-0.520.37190.1282-0.0809-0.3709-0.51830.18680.44340.1212-0.13740.22092.92310.48240.2570.16160.44351.64640.391-36.1641-1.702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 191 through 310 )A191 - 310
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 311 through 388 )A311 - 388
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 2066 through 2070 )C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 2071 through 2079 )C0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 2080 through 2091 )C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 2092 through 2104 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 195 through 214 )B195 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 215 through 227 )B215 - 227
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 228 through 260 )B228 - 260
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 261 through 278 )B261 - 278
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 279 through 299 )B279 - 299
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 300 through 314 )B300 - 314
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 315 through 341 )B315 - 341
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 342 through 355 )B342 - 355
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 356 through 390 )B356 - 390
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 2067 through 2079 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2080 through 2092 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 2093 through 2106 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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