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- PDB-5ulm: Structure of the ASK1 central regulatory region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ulm
タイトルStructure of the ASK1 central regulatory region
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
キーワードTRANSFERASE / ASK1 / Pleckstrin homology / tetratricopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / endothelial cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / endothelial cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / p38MAPK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / response to ischemia / positive regulation of JNK cascade / apoptotic signaling pathway / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / neuron apoptotic process / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mace, P.D. / Kumar, A. / Caradoc-Davies, T.T.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of autoregulatory scaffolding by apoptosis signal-regulating kinase 1.
著者: Weijman, J.F. / Kumar, A. / Jamieson, S.A. / King, C.M. / Caradoc-Davies, T.T. / Ledgerwood, E.C. / Murphy, J.M. / Mace, P.D.
履歴
登録2017年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7423
ポリマ－90,6502
非ポリマー921
水6,179343
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3251
ポリマ－45,3251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4172
ポリマ－45,3251
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.234, 57.117, 103.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 272 - 655 / Label seq-ID: 7 - 390

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細SAXS and MALLs data indicate that the biological unit is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5


分子量: 45324.902 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 269-658 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / プラスミド: pET28 based / 詳細 (発現宿主): LIC modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.1 M Sodium Fluoride, 10 % PEG 3350,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.1 Å / Num. obs: 49197 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→47.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 13.668 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26716 2430 4.9 %RANDOM
Rwork0.23335 ---
obs0.23499 46754 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.92 Å20 Å20.31 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→47.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6079 0 6 343 6428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.026013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4351.958443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.085313820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8595750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42323.862290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.311151120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8921534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.391.413001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3861.413000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5972.1023741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5972.1023742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1841.693243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1821.693243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6912.4164699
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.77111.9777408
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.7711.987409
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 46870 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 163 -
Rwork0.303 3345 -
obs--97.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.43090.7605-0.67393.9631-1.433.14020.0814-0.332-0.22490.4091-0.0957-0.18090.19420.14020.01430.12440.0014-0.08280.14810.01140.104444.19930.0164.526
21.74820.4853-0.07962.60450.33440.90160.02370.1457-0.0217-0.3668-0.0282-0.0437-0.0367-0.02430.00450.07990.0155-0.02280.07370.0150.043138.19833.50739.239
32.735-0.4344-0.56692.67040.60562.7648-0.03410.1978-0.09050.0412-0.05430.3460.1248-0.22510.08840.0299-0.0157-0.03870.0665-0.01460.13269.74233.87247.367
41.5614-0.02070.17143.86111.79494.34950.0353-0.25950.25120.3431-0.07290.3338-0.2472-0.36180.03760.08910.01080.02580.1779-0.01820.1575-13.86137.871103.214
51.87730.75270.77942.7003-0.16051.3453-0.02390.16090.0143-0.27570.0022-0.11130.00320.09410.02170.0580.027-0.01590.0753-0.01360.0392.97434.33383.068
61.8096-0.08110.30232.6745-0.5023.74240.0170.03190.05390.143-0.0486-0.2639-0.16630.3650.03160.0367-0.0242-0.05640.08370.00950.112323.85933.849104.825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A272 - 385
2X-RAY DIFFRACTION2A386 - 558
3X-RAY DIFFRACTION3A559 - 655
4X-RAY DIFFRACTION4B272 - 378
5X-RAY DIFFRACTION5B379 - 558
6X-RAY DIFFRACTION6B559 - 655

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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