PDB-7fhv: Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fhv

タイトル

Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt1473 (WT) from Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) in apo form at pH 6.5

要素

Polysaccharide lyase

キーワード

LYASE / Anionic Polysaccharide lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronan lyase / glucuronan lyase activity / mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Pandey, S. / Berger, B.W. / Acharya, R.

資金援助

インド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the mechanism of pH-selective substrate specificity of the polysaccharide lyase Smlt1473.
著者: Pandey, S. / Mahanta, P. / Berger, B.W. / Acharya, R.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fhv.cif.gz	141.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fhv.ent.gz	105.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fhv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fhv_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fhv_full_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示
XML形式データ	7fhv_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	7fhv_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fhuSC 7fhwC 7fhxC 7fhyC 7fhzC 7fi0C 7fi1C 7fi2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fhx-1 7fhx-2 7fhw-1 7fhy-2 3atz-2 7fhz-d 4mhb-2 1hju-2 1icq-2 7fi0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide lyase

B: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

71.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.513, 58.213, 67.543
Angle α, β, γ (deg.)	71.326, 89.938, 74.862
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Polysaccharide lyase / PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional ...PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional polysaccharide lyase / Poly-beta-D-glucuronate lyase 分子量: 35428.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt1473 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: B2FHL8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.32 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M LiSo4 monohydrate, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, 30% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2019年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→53.02 Å / Num. obs: 26004 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.52 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.17
反射シェル	解像度: 2.28→2.38 Å / 冗長度: 1.05 % / R_merge(I) obs: 0.3383 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 3005 / CC_1/2: 0.753 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FHU

7fhu

解像度: 2.28→53.006 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 7.501 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.267 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	1304	5.02 %
R_work	0.1962	24673	-
all	0.199	-	-
obs	-	25977	92.209 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.556 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.849 Å²	-0.663 Å²	0.152 Å²
2-	-	0.007 Å²	-0.203 Å²
3-	-	-	-1.113 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→53.006 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4809	0	37	299	5145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.639	6771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.294	1.587	10307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.853	5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.207	20.844	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.733	15	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.156	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.264	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.071	1.782	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.069	1.781	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.731	2.668	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.731	2.669	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.268	1.926	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.24	1.912	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.049	2.841	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.024	2.817	3672
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.394	20.681	5784
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.279	20.609	5733

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.28-2.339	0.316	105	0.268	1752	0.271	2117	0.841	0.834	87.7185	0.249
2.339-2.403	0.254	78	0.242	1666	0.243	1964	0.877	0.863	88.7984	0.221
2.403-2.473	0.295	79	0.213	1735	0.217	2013	0.88	0.898	90.1143	0.189
2.473-2.549	0.258	99	0.191	1621	0.195	1901	0.894	0.919	90.4787	0.166
2.549-2.632	0.287	84	0.199	1634	0.203	1881	0.888	0.914	91.3344	0.176
2.632-2.724	0.299	81	0.195	1574	0.2	1788	0.886	0.918	92.5615	0.174
2.724-2.827	0.226	91	0.187	1488	0.189	1715	0.915	0.93	92.07	0.168
2.827-2.942	0.263	90	0.179	1476	0.183	1685	0.913	0.937	92.9377	0.162
2.942-3.072	0.208	76	0.178	1418	0.18	1595	0.93	0.944	93.6677	0.167
3.072-3.221	0.209	67	0.184	1369	0.185	1533	0.944	0.95	93.6725	0.173
3.221-3.395	0.245	66	0.192	1311	0.195	1462	0.932	0.946	94.186	0.187
3.395-3.6	0.249	70	0.211	1189	0.214	1346	0.93	0.926	93.5364	0.202
3.6-3.847	0.257	60	0.213	1142	0.215	1301	0.903	0.929	92.3905	0.203
3.847-4.154	0.233	50	0.18	1093	0.183	1208	0.929	0.94	94.6192	0.174
4.154-4.547	0.238	49	0.178	1001	0.181	1114	0.939	0.947	94.2549	0.172
4.547-5.079	0.175	43	0.166	913	0.167	997	0.962	0.954	95.8877	0.162
5.079-5.856	0.191	47	0.2	803	0.199	891	0.956	0.952	95.3984	0.191
5.856-7.151	0.263	35	0.191	674	0.195	749	0.94	0.952	94.6595	0.186
7.151-10.022	0.191	21	0.161	528	0.162	579	0.966	0.965	94.8186	0.164
10.022-53.006	0.326	13	0.25	285	0.253	330	0.885	0.936	90.303	0.255

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関連情報:EMDBヘッダ

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