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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fhv | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt1473 (WT) from Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) in apo form at pH 6.5 | |||||||||
要素 | Polysaccharide lyase | |||||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Anionic Polysaccharide lyase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronan lyase / glucuronan lyase activity / mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell outer membrane / ペリプラズム 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Pandey, S. / Berger, B.W. / Acharya, R. | |||||||||
資金援助 | インド, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Structural insights into the mechanism of pH-selective substrate specificity of the polysaccharide lyase Smlt1473. 著者: Pandey, S. / Mahanta, P. / Berger, B.W. / Acharya, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fhv.cif.gz | 142.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fhv.ent.gz | 105.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fhv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35428.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt1473 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: B2FHL8, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M LiSo4 monohydrate, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, 30% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2019年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→53.02 Å / Num. obs: 26004 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.52 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.17 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.38 Å / 冗長度: 1.05 % / Rmerge(I) obs: 0.3383 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 3005 / CC1/2: 0.753 / % possible all: 88.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7FHU 解像度: 2.28→53.006 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 7.501 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.267 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.556 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→53.006 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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