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- PDB-1icq: CRYSTAL STRUCTURE OF 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1 FROM TOMATO ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1icq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1 FROM TOMATO COMPLEXED WITH 9R,13R-OPDA
要素12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-alpha-barrel / PROTEIN-FMN-(9R / 13R-OPDA)-complex / FMN-SUBSTRATE-complex
機能・相同性
機能・相同性情報


12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / oxylipin biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / FMN binding / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 9R,13R-12-OXOPHYTODIENOIC ACID / 12-oxophytodienoate reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Breithaupt, C. / Strassner, J. / Breitinger, U. / Huber, R. / Macheroux, P. / Schaller, A. / Clausen, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: X-ray structure of 12-oxophytodienoate reductase 1 provides structural insight into substrate binding and specificity within the family of OYE.
著者: Breithaupt, C. / Strassner, J. / Breitinger, U. / Huber, R. / Macheroux, P. / Schaller, A. / Clausen, T.
履歴
登録2001年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN THE THREE LAST CARBONS OF THE PENTENYL CHAIN OF 9R,13R-OPDA ARE DISORDERED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1
B: 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3846
ポリマ－84,8862
非ポリマー1,4984
水5,711317
1
A: 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1923
ポリマ－42,4431
非ポリマー7492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1923
ポリマ－42,4431
非ポリマー7492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.583, 72.759, 72.616
Angle α, β, γ (deg.)62.42, 85.19, 79.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1 / OPR1


分子量: 42443.035 Da / 分子数: 2 / 変異: R142M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR1 / プラスミド: PGEX-G / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XG54, 12-oxophytodienoate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-OPD / 9R,13R-12-OXOPHYTODIENOIC ACID / 9R,13R-OPDA


分子量: 292.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H28O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris/HCl, ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
210 mMMOPS-KOH1drop
3100 mMTris-HCl1reservoir
41.45 Mammonium sulfate1reservoir
52 %PEG4001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 54064 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1790 / % possible all: 54.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 99966
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 54.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb: 1ICP

1icp


解像度: 2→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.234 2717 RANDOM
Rwork0.198 --
obs-53641 -
原子変位パラメータBiso mean: 37.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5558 0 98 317 5973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 37.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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