PDB-7fhw: Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fhw

タイトル

Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt1473 from Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) in apo form at pH 5.5

要素

Polysaccharide lyase

キーワード

LYASE / Anionic Polysaccharide lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronan lyase / glucuronan lyase activity / mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.061 Å

データ登録者

Pandey, S. / Berger, B.W. / Acharya, R.

資金援助

インド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the mechanism of pH-selective substrate specificity of the polysaccharide lyase Smlt1473.
著者: Pandey, S. / Mahanta, P. / Berger, B.W. / Acharya, R.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fhw.cif.gz	147 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fhw.ent.gz	109.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fhw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fhuSC 7fhvC 7fhxC 7fhyC 7fhzC 7fi0C 7fi1C 7fi2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fhz-d 7fhw-2 7fhy-2 7fhx-1 7fi0-d 7fi1-d 4mhb-2 7fhx-2 3pte-d 7fhy-1 7fhv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide lyase

B: Polysaccharide lyase

70.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polysaccharide lyase

登録者が定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polysaccharide lyase

登録者が定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.272, 94.668, 160.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polysaccharide lyase / PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional ...PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional polysaccharide lyase / Poly-beta-D-glucuronate lyase 分子量: 35428.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt1473 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: B2FHL8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.7 % 解説: Rod shaped THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.24M LiSo4 monohydrate, 100mM BIS-TRIS, pH5.5, PEG 3350 25%(w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2017年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→49.27 Å / Num. obs: 45555 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 15.34 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.1191 / Net I/σ(I): 19.58
反射シェル	解像度: 2.06→2.16 Å / 冗長度: 4.35 % / R_merge(I) obs: 0.4337 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique obs: 5473 / CC_1/2: 0.75 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FHU

7fhu

解像度: 2.061→47.204 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / SU B: 5.007 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2548	2216	4.871 %
R_work	0.207	43279	-
all	0.209	-	-
obs	-	45495	96.216 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.818 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.395 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.48 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.085 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.061→47.204 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4848	0	0	517	5365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.53	1.64	6787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.369	1.587	10398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.094	5	616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.522	20.903	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.892	15	741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.37	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.11	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.986	1.365	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.986	1.364	2469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.599	2.042	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.599	2.043	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.189	1.483	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.189	1.484	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.896	2.18	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.896	2.181	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.716	16.731	6214
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.513	16.473	6073

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.061-2.115	0.33	170	0.279	2795	0.282	3438	0.791	0.828	86.242	0.247
2.115-2.172	0.293	149	0.246	3020	0.248	3352	0.869	0.879	94.5406	0.213
2.172-2.235	0.285	142	0.234	3066	0.236	3269	0.878	0.89	98.134	0.201
2.235-2.304	0.269	138	0.225	2979	0.227	3153	0.881	0.909	98.8582	0.192
2.304-2.379	0.267	171	0.208	2876	0.212	3083	0.909	0.925	98.8323	0.179
2.379-2.462	0.264	144	0.21	2794	0.213	2983	0.893	0.913	98.4915	0.184
2.462-2.555	0.274	135	0.203	2702	0.207	2883	0.897	0.919	98.4044	0.178
2.555-2.659	0.244	142	0.192	2577	0.195	2765	0.918	0.931	98.3363	0.171
2.659-2.777	0.254	117	0.185	2497	0.188	2669	0.924	0.942	97.9393	0.165
2.777-2.912	0.269	117	0.195	2403	0.198	2577	0.906	0.935	97.7881	0.177
2.912-3.069	0.231	140	0.202	2229	0.204	2427	0.925	0.936	97.6102	0.189
3.069-3.254	0.236	92	0.205	2163	0.206	2320	0.921	0.939	97.1983	0.195
3.254-3.478	0.242	102	0.212	1993	0.214	2165	0.924	0.938	96.7667	0.207
3.478-3.755	0.268	85	0.201	1890	0.203	2046	0.92	0.953	96.5298	0.191
3.755-4.11	0.201	97	0.178	1725	0.179	1905	0.957	0.962	95.643	0.171
4.11-4.591	0.214	83	0.171	1539	0.173	1702	0.955	0.966	95.2997	0.168
4.591-5.293	0.255	70	0.193	1381	0.196	1530	0.955	0.965	94.8366	0.189
5.293-6.463	0.277	62	0.24	1170	0.242	1313	0.94	0.948	93.8309	0.226
6.463-9.055	0.223	38	0.192	929	0.193	1045	0.953	0.967	92.5359	0.194
9.055-47.204	0.198	22	0.224	551	0.223	652	0.96	0.953	87.8834	0.225

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