PDB-7f4e: Crystal structure of Hst2 in complex with H3K9bz peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f4e

タイトル

Crystal structure of Hst2 in complex with H3K9bz peptide

要素

Histone H3
NAD-dependent protein deacetylase HST2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / histone modification / histone benzoylation / protein-protein interaction / NAD-dependent histone deacetylase

機能・相同性

機能・相同性情報

Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of mitotic recombination / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Wang, D. / Yan, F. / Chen, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Global profiling of regulatory elements in the histone benzoylation pathway.
著者: Wang, D. / Yan, F. / Wu, P. / Ge, K. / Li, M. / Li, T. / Gao, Y. / Peng, C. / Chen, Y.

履歴

登録	2021年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f4e.cif.gz	139.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f4e.ent.gz	104.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f4e_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f4e_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	7f4e_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	7f4e_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f3sC 7f4aC 7f51C 7f5mC 1q1aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zgc-4 4c7b-d 4bvh-2 4uqx-d 5h4d-2 1wg8-2 3w18-2 3hmo-d 4utv-1 5ap6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (8) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (2) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (8)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (2)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (2)
#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD-dependent protein deacetylase HST2

C: Histone H3

ヘテロ分子

33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.150, 68.402, 94.511
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NAD-dependent protein deacetylase HST2 / Homologous to SIR2 protein 2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 分子量: 32523.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HST2, YPL015C, LPA2C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P53686, protein acetyllysine N-acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3 分子量: 1139.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P61830
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% (w/v) PEG 1500, 0.1M MMT/Sodium hydroxide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97855 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97855 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 26704 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 0.959 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 167194

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.78-1.81	4.5	0.802	1203	0.636	0.399	0.901	0.981	89.9
1.81-1.84	5.3	0.747	1260	0.719	0.348	0.828	0.99	95.3
1.84-1.88	5.8	0.692	1300	0.781	0.311	0.76	0.986	98.9
1.88-1.92	6.2	0.556	1355	0.886	0.242	0.608	0.977	99.6
1.92-1.96	6.5	0.47	1292	0.923	0.199	0.512	0.992	99.7
1.96-2	6.5	0.392	1339	0.937	0.167	0.426	0.984	99.7
2-2.05	6	0.298	1309	0.959	0.131	0.326	1.001	99.5
2.05-2.11	6.5	0.25	1344	0.971	0.106	0.272	1.026	99.9
2.11-2.17	6.8	0.231	1323	0.978	0.096	0.25	1.014	99.9
2.17-2.24	6.8	0.172	1323	0.986	0.071	0.187	0.99	99.9
2.24-2.32	6.6	0.142	1337	0.99	0.059	0.154	0.968	99.7
2.32-2.42	6.5	0.123	1337	0.992	0.052	0.134	0.945	99.8
2.42-2.53	6	0.102	1343	0.992	0.045	0.111	0.948	99.8
2.53-2.66	6.8	0.084	1338	0.996	0.035	0.091	0.933	99.7
2.66-2.83	6.7	0.071	1357	0.997	0.029	0.077	0.941	99.9
2.83-3.04	6.6	0.059	1349	0.997	0.025	0.064	0.887	99.7
3.04-3.35	6.1	0.048	1360	0.997	0.021	0.052	0.891	99.3
3.35-3.83	6.8	0.041	1373	0.998	0.017	0.044	0.89	99.6
3.83-4.83	6.2	0.037	1379	0.998	0.016	0.04	0.884	99.3
4.83-50	6.1	0.042	1483	0.997	0.019	0.046	0.985	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.18.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q1A

1q1a

解像度: 1.78→28.61 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	1215	4.82 %
R_work	0.1838	23978	-
obs	0.1853	25193	93.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.45 Å² / B_iso mean: 32.0897 Å² / B_iso min: 7.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→28.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2293	0	1	234	2528
B_iso mean	-	-	30.83	36.49	-
残基数	-	-	-	-	287

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.78-1.85	0.2799	94	0.2416	1739	1833	62
1.85-1.94	0.2983	126	0.2353	2347	2473	85
1.94-2.04	0.2839	138	0.2101	2721	2859	97
2.04-2.17	0.2315	149	0.1864	2797	2946	100
2.17-2.33	0.2214	143	0.1875	2823	2966	100
2.33-2.57	0.2394	139	0.1903	2827	2966	100
2.57-2.94	0.247	130	0.1854	2865	2995	100
2.94-3.7	0.1853	147	0.1762	2864	3011	99
3.7-28.61	0.1762	149	0.1649	2995	3144	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2731	0.7149	0.4298	1.976	0.4861	2.8668	0.0532	0.4635	0.0484	-0.4287	-0.0348	0.1032	0.0488	-0.1167	-0.0621	0.1638	0.0238	-0.0307	0.2293	-0.033	0.1128	-13.9523	1.7726	-38.406
2	1.8705	-1.5678	-3.135	4.1144	1.5013	5.509	-0.5555	-0.3888	-0.9676	0.7253	-0.0941	0.1372	1.3112	0.9174	0.2869	0.432	0.2235	0.0847	0.6455	-0.0515	0.7757	6.6664	-6.2014	-16.175
3	3.218	-2.5956	-1.8175	2.2867	0.4887	7.5817	-0.3165	-0.7194	-0.7066	-0.0133	0.2123	0.1769	0.7056	0.1861	-0.0411	0.2806	0.0125	0.0341	0.2487	0.0438	0.1751	1.8234	0.2897	-6.2763
4	1.1646	-0.3569	2.0666	0.6072	-0.8847	3.941	-0.422	0.2627	0.2562	0.2937	-0.1649	0.1401	0.1525	0.9283	-0.4926	0.2373	0.0131	0.0933	0.3177	-0.0312	0.2263	8.4942	4.7315	-20.4245
5	0.9724	0.2419	0.372	1.9183	0.4676	1.7372	0.0281	-0.0244	0.0694	0.2154	0.1307	-0.1587	-0.1937	0.2258	0.0543	0.1135	-0.026	0.0163	0.1302	-0.035	0.1473	0.0422	11.4478	-19.0948
6	2.1465	0.4168	-0.099	2.5661	0.2332	2.1757	0.0062	0.1734	-0.0119	-0.0689	-0.0038	0.2187	0.071	-0.1466	-0.0212	0.0749	0.0034	-0.0097	0.1074	-0.0249	0.1361	-15.2718	2.1966	-31.8908
7	5.0669	-0.9434	2.7557	0.2497	-0.2587	2.535	0.2972	-0.8923	-0.3089	0.5138	-0.161	0.3617	-0.481	-0.8942	-0.2125	0.7182	-0.1296	0.0595	0.418	0.045	0.2789	-12.7713	2.0655	-11.1839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 39 )	A	8 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 62 )	A	40 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 76 )	A	63 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 94 )	A	77 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 189 )	A	95 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 190 through 293 )	A	190 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 6 through 14 )	C	6 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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