PDB-7f4a: Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with H3K9bz peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f4a

タイトル

Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with H3K9bz peptide

要素

Histone H3
Transcription initiation factor TFIID subunit 14

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Histone modification / Histone benzoylation / YEATS domain / protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, D. / Yan, F. / Yong, C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Global profiling of regulatory elements in the histone benzoylation pathway.
著者: Wang, D. / Yan, F. / Wu, P. / Ge, K. / Li, M. / Li, T. / Gao, Y. / Peng, C. / Chen, Y.

履歴

登録	2021年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f4a.cif.gz	79 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f4a.ent.gz	56.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7f4a_validation.pdf.gz	429 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f4a_full_validation.pdf.gz	429 KB	表示
XML形式データ	7f4a_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	7f4a_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f4a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7f3sC 7f4eC 7f51C 7f5mC 5d7eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7e74-3 6miq-d 3qrl-d 7e74-4 6hpy-d 7lny-3 7e7a-2 7e7a-3 6bqd-1 6t1n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (2) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (2)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (2)
#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription initiation factor TFIID subunit 14

B: Histone H3

16.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.786, 113.786, 26.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling ...Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit TAF14 / SWI/SNF complex 29 kDa subunit / SWI/SNF complex subunit TAF14 / TBP-associated factor 14 / TBP-associated factor 30 kDa / Transcription factor G 30 kDa subunit / Transcription initiation factor TFIIF 30 kDa subunit 分子量: 15637.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TAF14, ANC1, CST10, SWP29, TAF30, TFG3, YPL129W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35189
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3 分子量: 1036.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P61830
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 48% PEG 600, 0.04M citric acid

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97853 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13600 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 125173

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	7.2	0.733	597	0.794	0.278	0.787	0.981	87.5
2.03-2.07	7.2	0.661	641	0.824	0.252	0.71	0.991	94
2.07-2.11	7.4	0.628	644	0.835	0.238	0.673	1.016	96.4
2.11-2.15	8	0.575	652	0.879	0.21	0.613	1.018	96.9
2.15-2.2	8.7	0.54	694	0.888	0.19	0.574	0.971	98.9
2.2-2.25	9.3	0.513	660	0.938	0.175	0.543	0.997	99.8
2.25-2.31	9.8	0.449	668	0.937	0.151	0.474	0.975	100
2.31-2.37	9.9	0.385	706	0.956	0.128	0.406	1.014	100
2.37-2.44	9.8	0.332	680	0.965	0.111	0.35	1.019	100
2.44-2.52	9.3	0.265	669	0.974	0.091	0.281	1.022	100
2.52-2.61	9.3	0.234	690	0.972	0.081	0.248	1.012	100
2.61-2.71	10.1	0.213	682	0.98	0.071	0.225	1.005	100
2.71-2.84	10.2	0.161	691	0.989	0.053	0.17	1.045	100
2.84-2.99	10	0.141	693	0.991	0.047	0.149	1.065	100
2.99-3.17	9.8	0.104	673	0.996	0.035	0.11	1.031	100
3.17-3.42	9.2	0.083	699	0.996	0.029	0.088	1.027	100
3.42-3.76	10.2	0.065	705	0.998	0.022	0.069	0.978	100
3.76-4.31	10	0.055	694	0.998	0.018	0.058	0.906	100
4.31-5.43	9.1	0.047	713	0.999	0.017	0.049	0.837	100
5.43-50	9.1	0.045	749	0.997	0.016	0.048	0.735	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D7E

5d7e

解像度: 2→24.111 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2045	634	4.93 %
R_work	0.176	12225	-
obs	0.1774	12859	93.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.9 Å² / B_iso mean: 34.8057 Å² / B_iso min: 12.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→24.111 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1157	0	0	110	1267
B_iso mean	-	-	-	42.17	-
残基数	-	-	-	-	142

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.154	0.2433	102	0.2254	1837	72
2.154-2.3706	0.2596	136	0.2113	2471	95
2.3706-2.7133	0.2199	146	0.1918	2569	100
2.7133-3.4169	0.2274	109	0.1779	2641	100
3.4169-24.111	0.1675	141	0.1526	2707	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0731	1.8126	1.3281	8.6565	3.2998	1.8503	0.0188	0.0478	-0.0783	0.1472	-0.0224	-0.4582	-0.2077	0.2658	-0.0348	0.1413	-0.0351	-0.0018	0.1925	0.036	0.1772	-39.5341	9.856	0.4136
2	5.0491	-1.3544	-3.2478	4.2276	1.47	5.8755	0.1941	-0.2812	1.044	-0.2011	0.5453	-0.0584	-0.2234	-0.7386	-0.7167	0.3277	-0.0858	-0.0514	0.2766	0.0136	0.6742	-39.8973	38.2777	3.7199
3	0.6369	1.8579	0.7612	7.7359	2.7594	1.3944	-0.2739	0.28	0.2025	-0.4492	-0.2909	0.2258	-0.3847	0.4139	-0.207	0.3446	-0.1966	-0.0691	0.1604	0.1015	0.3146	-41.198	19.6333	-1.9926
4	7.7142	1.9814	1.0602	4.6333	-3.4831	7.2296	-0.0605	1.2229	-0.818	-0.5768	-0.0508	-1.0012	0.0727	0.9176	0.0812	0.2551	-0.0525	0.1154	0.347	-0.0694	0.3258	-38.1694	2.8889	-7.264
5	2.2718	1.3689	0.8799	8.986	3.566	5.3407	0.4972	-0.2011	1.1209	0.8511	-0.7289	1.4104	-0.2093	-0.5622	0.2879	0.3137	-0.0545	0.1345	0.1545	-0.0607	0.5335	-51.6445	18.4701	3.5501
6	4.4456	0.4342	-0.466	6.0359	0.0324	6.5706	-0.0332	0.3469	1.032	-0.4954	0.1166	1.2101	-0.1928	0.1683	-0.0206	0.3118	-0.094	-0.1239	0.1658	0.1432	0.4446	-50.2325	15.7959	-4.5016
7	7.2579	0.3994	1.556	3.5059	-2.8992	2.8842	-0.1887	-0.1439	1.1364	0.3366	-0.2412	0.9201	-0.6156	-0.2157	0.3383	0.4164	-0.1031	-0.0801	0.1924	0.0515	0.5306	-44.6149	27.9656	2.0485
8	4.7066	4.8231	1.9855	7.0628	2.4414	4.4877	0.3209	-0.5211	0.5981	-0.0672	-0.5351	0.5644	-0.3175	-0.0337	0.1592	0.1797	-0.0468	0.052	0.1299	-0.0152	0.2233	-50.3734	9.6614	3.5956
9	6.0968	7.1709	2.0997	8.7391	1.9656	1.3212	0.6661	-0.6066	0.1985	1.1864	-0.8087	0.0832	-0.053	0.0295	0.1064	0.3413	-0.0939	0.0044	0.2527	0.0523	0.2022	-46.2502	10.5731	6.8621
10	6.0916	-0.5408	-2.0502	7.733	6.1401	2.0087	0.04	0.3858	0.4507	0.0073	0.0874	-0.6998	-0.4558	1.7636	0.0046	0.34	-0.1714	-0.0716	0.4661	0.1604	0.3855	-33.1414	24.4458	4.1169
11	8.6577	5.5455	2.1655	4.0328	1.7439	0.9001	0.1814	0.3199	-0.4891	0.5786	0.0789	-0.8964	0.0122	0.2695	-0.1383	0.2314	-0.0374	-0.0495	0.2073	0.0363	0.2188	-39.0015	7.2989	3.2145
12	4.0397	3.2358	-0.2703	7.2396	-1.2423	3.6847	0.4946	0.7566	-0.8301	-0.1537	-0.0993	-0.4955	0.0837	-0.0791	-0.3353	0.2736	0.0516	-0.0153	0.1939	-0.0331	0.1873	-47.9276	-5.8002	-5.3026
13	0.6211	-0.9682	1.0131	9.4325	3.6217	8.6204	0.4197	-0.2157	0.3509	0.3423	-0.0933	-0.1776	-0.0552	1.351	-0.484	0.645	-0.3439	-0.1225	0.545	-0.0091	0.3847	-34.825	27.9671	10.5528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 17 )	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 29 )	A	18 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 38 )	A	30 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 39 through 50 )	A	39 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 65 )	A	51 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 66 through 75 )	A	66 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 76 through 83 )	A	76 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 84 through 95 )	A	84 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 96 through 105 )	A	96 - 105
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 106 through 110 )	A	106 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 111 through 121 )	A	111 - 121
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 122 through 137 )	A	122 - 137
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 5 through 8 )	B	5 - 8

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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