PDB-7ezl: Rice L-galactose dehydrogenase (holo form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ezl

タイトル

Rice L-galactose dehydrogenase (holo form)

要素

L-galactose dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-galactose dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa subsp. japonica (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Momma, M. / Fujimoto, Z.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of rice L-galactose dehydrogenase
著者: Momma, M. / Fujimoto, Z.

履歴

登録	2021年6月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ezl.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ezl.ent.gz	56.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ezl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ezl_validation.pdf.gz	716.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ezl_full_validation.pdf.gz	720.7 KB	表示
XML形式データ	7ezl_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	7ezl_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ezl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ezl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eziSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4afq-1 6bj6-d 2aam-5 3my0-8 3my0-9 4w5z-d 6axa-d 4v0v-2 3my0-20 1scw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (4)

登録構造単位

A: L-galactose dehydrogenase

ヘテロ分子

36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.838, 55.170, 56.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.529, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-galactose dehydrogenase 分子量: 35299.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) プラスミド: pET-45b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2QQV2
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 % / 解説: rod
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M bis-tris pH 6.5, 0.2M MgCl2, 25% poly- ethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 27173 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Χ²: 2.765 / Net I/σ(I): 35.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1342 / Χ²: 1.547

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EZI

7ezi

解像度: 1.8→32.797 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 4.892 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.149
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2573	1359	5.038 %
R_work	0.2089	25615	-
all	0.211	-	-
obs	-	26974	99.587 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.347 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.171 Å²	0 Å²	0.367 Å²
2-	-	0.212 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.176 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.797 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2425	0	45	89	2559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.513	1.635	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.376	5	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.436	22.034	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.845	15	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.684	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.116	3.53	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.459	5.272	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.847	3.89	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.782	5.68	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.787	49.323	3878

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.461	102	0.423	1869	0.425	1995	0.2	0.215	98.797	0.312
1.847-1.897	0.379	87	0.363	1841	0.364	1933	0.485	0.529	99.7413	0.275
1.897-1.952	0.346	79	0.319	1774	0.32	1863	0.732	0.753	99.4632	0.236
1.952-2.012	0.306	92	0.268	1749	0.27	1846	0.84	0.847	99.7291	0.198
2.012-2.077	0.314	112	0.266	1662	0.269	1777	0.834	0.855	99.8312	0.209
2.077-2.15	0.31	83	0.258	1630	0.261	1716	0.843	0.865	99.8252	0.211
2.15-2.231	0.338	86	0.249	1550	0.254	1636	0.832	0.874	100	0.215
2.231-2.321	0.32	68	0.227	1503	0.23	1572	0.86	0.903	99.9364	0.192
2.321-2.424	0.265	93	0.219	1447	0.222	1541	0.887	0.912	99.9351	0.189
2.424-2.542	0.287	74	0.225	1411	0.228	1486	0.896	0.916	99.9327	0.199
2.542-2.678	0.272	69	0.225	1322	0.227	1394	0.915	0.92	99.7848	0.193
2.678-2.84	0.261	72	0.219	1248	0.221	1320	0.929	0.927	100	0.193
2.84-3.034	0.222	60	0.199	1186	0.2	1249	0.933	0.936	99.7598	0.182
3.034-3.275	0.275	55	0.191	1107	0.194	1162	0.908	0.938	100	0.188
3.275-3.584	0.212	55	0.177	1018	0.179	1074	0.93	0.951	99.9069	0.183
3.584-4.001	0.206	41	0.168	932	0.17	974	0.952	0.96	99.8973	0.176
4.001-4.608	0.202	46	0.15	808	0.153	863	0.952	0.968	98.9571	0.164
4.608-5.616	0.181	42	0.16	689	0.162	735	0.963	0.966	99.4558	0.183
5.616-7.829	0.26	28	0.197	557	0.2	588	0.921	0.951	99.4898	0.224
7.829-32.797	0.244	15	0.153	300	0.157	345	0.945	0.973	91.3044	0.201

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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