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万見
- PDB-4w5z: High resolution crystal structure of catalytic domain of Chitinas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w5z
タイトルHigh resolution crystal structure of catalytic domain of Chitinase 60 from psychrophilic bacteria Moritella marina.
要素Chitinase 60
キーワードHYDROLASE / Tim barrel / catalytic domain / high resolution / psychrophilic chitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / : / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase II ...Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / : / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Vorgias, C.E. / Rypniewski, W.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
The project was co-funded by the European Union within the European Regional Development Fund. ポーランド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2025
タイトル: Probing the structure and thermodynamics of a multidomain psychrophilic chitinase from Moritella marina.
著者: Bejger, M. / Malecki, P.H. / Biniek-Antosiak, K. / Rypniewski, W.
履歴
登録2014年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.32026年1月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase 60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,89615
ポリマ－38,3461
非ポリマー55014
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.691, 72.686, 171.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

NA

21A-549-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chitinase 60


分子量: 38345.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Signal peptide has been processed by E. coli. / 由来: (組換発現) Vibrio marinus (バクテリア) / 遺伝子: chi60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1VBB0, chitinase

-
非ポリマー , 5種, 388分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 45% v/v MPD, 0.2M ammonium acetate and 0.1M Bis Tris pH 5.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.976265 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月11日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976265 Å / 相対比: 1
Reflection数: 405015 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.12 / D res high: 1.32 Å / Num. obs: 74674 / % possible obs: 99.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
3.9485.585297510.023
2.793.94517110.028
2.282.79666910.039
1.972.28784510.056
1.761.97881810.096
1.611.76978410.184
1.491.611051810.337
1.41.491134310.607
1.321.41155111.043
反射解像度: 1.32→85.585 Å / Num. all: 74674 / Num. obs: 74674 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.42 % / Biso Wilson estimate: 16.08 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 17.06 / Num. measured all: 405015
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.32-1.45.320.5571.0431.716140412063115511.15995.8
1.4-1.490.8020.60736145411363113430.67499.8
1.49-1.610.9320.3375.375622410533105180.37499.9
1.61-1.760.980.1849.3454316979097840.20399.9
1.76-1.970.9940.09616.8549689883188180.10699.9
1.97-2.280.9970.05628.1643608785478450.06299.9
2.28-2.790.9980.03938.9936348668166690.04399.8
2.79-3.940.9990.02851.6627005521451710.03199.2
3.940.9990.02359.0114967300229750.02599.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.44 Å85.58 Å
Translation1.44 Å85.58 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1772)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MB3

4mb3


解像度: 1.32→85.585 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1501 1121 1.5 %Random selection
Rwork0.1107 73553 --
obs0.1113 74674 99.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.17 Å2 / Biso mean: 22.0961 Å2 / Biso min: 9.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.32→85.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2551 0 53 389 2993
Biso mean--32.33 37.48 -
残基数----323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0212733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8173741
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.123396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.608985
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3155-1.37540.35081330.28678680881395
1.3754-1.44790.20951390.17791659304100
1.4479-1.53860.19261400.121691949334100
1.5386-1.65750.18111400.104991549294100
1.6575-1.82430.15631400.088592419381100
1.8243-2.08830.13111410.085192449385100
2.0883-2.6310.11441420.105393389480100
2.631-85.76620.1471460.10939537968399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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