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- PDB-7eyi: Crystal structure of ZBTB7A in complex with gamma-globin -200 seq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eyi
タイトルCrystal structure of ZBTB7A in complex with gamma-globin -200 sequence element with C-194A mutation
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ZBTB7A / gamma-globin / -200 cluste.
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / negative regulation of Notch signaling pathway / fat cell differentiation ...regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / negative regulation of Notch signaling pathway / fat cell differentiation / erythrocyte maturation / SMAD binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / protein localization to nucleus / B cell differentiation / transcription corepressor binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / chromatin organization / site of double-strand break / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
BORIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Yang, Y. / Shi, Y.Y.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis for human ZBTB7A action at the fetal globin promoter.
著者: Yang, Y. / Ren, R. / Ly, L.C. / Horton, J.R. / Li, F. / Quinlan, K.G.R. / Crossley, M. / Shi, Y. / Cheng, X.
履歴
登録2021年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
H: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
A: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,87715
ポリマ－52,2926
非ポリマー5859
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.440, 67.440, 228.705
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 GH

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A / Factor binding IST protein 1 / FBI-1 / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 ...Factor binding IST protein 1 / FBI-1 / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 / HIV-1 1st-binding protein 1 / Leukemia/lymphoma-related factor / POZ and Krueppel erythroid myeloid ontogenic factor / POK erythroid myeloid ontogenic factor / Pokemon / Pokemon 1 / TTF-I-interacting peptide 21 / TIP21 / Zinc finger protein 857A


分子量: 15111.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB7A, FBI1, LRF, ZBTB7, ZNF857A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O95365

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ACBD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 5421.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*A)-3')


分子量: 5612.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 38分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M MIB buffer,pH 7.0, 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 19866 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 25.2 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 36.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 1.382 / Num. unique obs: 1029

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.401→33.72 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2667 1029 5.18 %
Rwork0.2221 18837 -
obs0.2244 19866 92.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.94 Å2 / Biso mean: 48.4965 Å2 / Biso min: 10.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.401→33.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 1394 12 29 3251
Biso mean--43.3 31.29 -
残基数----291
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4013-2.52790.3722960.3304170560
2.5279-2.68620.37131440.3295255490
2.6862-2.89350.38411520.3018283699
2.8935-3.18450.30841680.2829286299
3.1845-3.64480.27371680.2131283699
3.6448-4.59020.22091420.18112970100
4.5902-8.50.19561590.1736307498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4929-0.21362.9873.111-1.26876.0131-0.0672-0.1137-0.08670.22540.25790.06090.15350.0503-0.15520.34920.00070.08790.18850.0550.19842.651751.316431.0304
20.31190.8268-0.4672.1839-1.30171.6618-0.13940.08210.52290.10340.53880.7412-0.1732-0.5487-0.18050.2867-0.02130.11760.22110.14490.471-1.857865.725623.7459
33.21961.6867-1.45682.2357-0.86091.7891-0.0947-0.189-0.2309-0.28870.2230.03690.00630.0572-0.16790.3836-0.07190.06240.09570.07080.349111.996878.23515.7576
43.2249-1.0457-1.55151.12331.52042.0666-0.1412-0.2705-0.2760.53340.48530.4983-0.1727-0.2276-0.30720.5187-0.02290.14870.26790.11560.423324.591272.171414.5731
54.54981.8645-0.36963.6811-0.24424.7965-0.04410.0602-1.089-0.02010.1511-0.78990.59840.5358-0.09360.37750.07840.07070.34780.0340.534329.62857.772311.2121
68.89195.20164.08793.30841.57824.44910.15520.6037-0.9248-0.53180.109-0.44880.58250.3067-0.25580.44730.02980.1030.35660.05330.478321.721452.14869.0001
78.65592.6712-2.17645.82851.50297.74110.024-0.40080.01820.63970.1927-0.09190.25920.02210.03480.47510.0929-0.15320.2375-0.09630.164817.439648.494231.9055
80.17940.32210.0392.05071.06671.0617-0.2086-0.0758-0.07130.28380.4462-0.50340.39920.3694-0.13710.25650.0122-0.0561-0.0143-0.18570.180220.441932.707720.6904
92.0942-0.5113-0.4952.65810.46976.34440.22460.07720.01140.0545-0.14660.2654-0.4139-0.97650.02810.5109-0.11750.08690.264-0.00790.1515-0.33525.94139.991
102.9061-2.1087-0.4843.90362.98885.15680.0707-0.15420.8218-0.5352-0.08350.8012-1.1273-0.89590.14170.83330.09150.02520.627-0.07041.2455-8.357545.08067.5273
111.9094-0.87140.65127.48510.15355.7948-0.44040.38010.8448-0.9794-0.16641.058-0.9365-0.93510.42360.83590.1336-0.21060.71230.02520.6851-1.341546.27156.1638
127.31541.6842-2.92853.96331.59014.8546-0.25231.00631.3102-1.21570.18310.2173-1.3197-0.25120.10111.0894-0.0687-0.02660.8604-0.16331.12540.982456.49984.9652
132.77472.5518-3.27388.9215-4.41537.99290.1864-1.06180.39972.2154-0.29611.1038-0.8164-0.61360.05881.01840.01170.18750.668-0.250.75475.206569.423335.6818
147.81162.6465-0.90843.27022.42585.1282-0.17490.11910.11250.5855-0.0624-0.89960.1010.45340.20840.4940.0188-0.00660.28940.16220.484315.60364.901521.092
152.0296-0.0213-1.93195.1568-1.01066.337-0.18541.12580.0986-0.89120.64810.03110.7645-1.2839-0.36220.4391-0.07280.0890.61920.06530.328413.165863.07762.3359
163.33740.19510.70272.9482-2.12882.7956-0.19850.6520.0334-0.42390.2791-0.12640.1383-0.20150.28150.6045-0.05690.25030.33340.09110.303420.685963.873.5636
173.29731.1696-1.16590.9386-0.79892.12260.16350.63570.4585-0.09950.03870.0122-0.2895-0.6737-0.10240.42380.03830.22440.47130.11210.33217.67163.988416.7345
182.46380.3182-0.37531.54361.89112.56240.0827-1.12080.75071.0999-0.2451-0.487-0.4255-0.1106-0.12890.9097-0.0491-0.03740.3604-0.20150.567513.531767.128433.9348
196.9418-4.03442.96275.3127-0.11695.04940.0511-0.60381.35280.36380.0119-0.5508-0.68380.1409-0.04881.65360.1014-0.10491.1481-0.53551.53568.194976.18142.3445
200.9692-0.61061.05490.4773-0.38782.1586-0.0642-0.5556-0.14720.5352-0.0174-0.0180.1142-0.0138-0.1160.8272-0.16480.01540.58430.1321-0.044210.033532.142132.4672
212.26341.3332-0.37781.46651.06275.41330.37160.52190.021-0.16290.2605-0.0911-0.4980.3842-0.21850.4782-0.0484-0.15440.37150.0120.18679.85542.11583.8078
221.63440.08660.35210.101-0.02291.9447-0.01040.39470.0584-0.40140.05250.1893-0.0189-0.25140.10430.83790.058-0.33990.57790.0519-0.05778.305940.71783.8541
233.09640.5223-0.3163.2222-2.74132.3407-0.1033-0.7947-0.23860.17790.14320.14530.6533-0.3732-0.15560.7475-0.052-0.01250.42640.07080.15518.122832.340332.1851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 380 through 389 )G380 - 389
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 390 through 421 )G390 - 421
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 422 through 449 )G422 - 449
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 450 through 461 )G450 - 461
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 462 through 477 )G462 - 477
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 478 through 490 )G478 - 490
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 379 through 389 )H379 - 389
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 390 through 433 )H390 - 433
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 434 through 461 )H434 - 461
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 462 through 471 )H462 - 471
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 472 through 484 )H472 - 484
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 485 through 490 )H485 - 490
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid -207 through -203 )A0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid -202 through -198 )A0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid -197 through -192 )A0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1 through 5 )B1 - 5
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 6 through 10 )B6 - 10
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 11 through 15 )B11 - 15
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 16 through 16 )B16
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid -209 through -200 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid -199 through -192 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1 through 10 )D1 - 10
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 11 through 18 )D11 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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