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- PDB-7exp: Crystal structure of zebrafish TRAP1 with AMPPNP and MitoQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7exp
タイトルCrystal structure of zebrafish TRAP1 with AMPPNP and MitoQ
要素TNF receptor-associated protein 1
キーワードCHAPERONE / TRAP1 / HSP90 / Mitoquinone / MitoQ
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein 90, C-terminal domain / HSP90, C-terminal domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-like ATPases ...Heat shock protein 90, C-terminal domain / HSP90, C-terminal domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-05M / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.297 Å
データ登録者Lee, H. / Yoon, N.G. / Kang, B.H. / Lee, C.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Mitoquinone Inactivates Mitochondrial Chaperone TRAP1 by Blocking the Client Binding Site.
著者: Yoon, N.G. / Lee, H. / Kim, S.Y. / Hu, S. / Kim, D. / Yang, S. / Hong, K.B. / Lee, J.H. / Kang, S. / Kim, B.G. / Myung, K. / Lee, C. / Kang, B.H.
履歴
登録2021年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22025年9月17日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated protein 1
B: TNF receptor-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,89111
ポリマ－148,0102
非ポリマー1,8819
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12920 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area52360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.339, 96.522, 125.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-964-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1HISHISchain A and segidAA85 - 71913 - 647
2GLUGLUchain B and segidBB85 - 71713 - 645

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TNF receptor-associated protein 1 / Trap1 protein


分子量: 74004.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: trap1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8WFV1

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非ポリマー , 5種, 235分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物 ChemComp-05M / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[10-(triphenyl-$l^{5}-phosphanyl)decyl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 584.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H45O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG3350, 0.2M Sodium malonate pH 6.5, 30uM hexaaminecobalt(III) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.297→50 Å / Num. obs: 67378 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.424 / Num. unique obs: 3161

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IPE

4ipe


解像度: 2.297→31.205 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 2011 2.99 %
Rwork0.1953 65357 -
obs0.1967 67368 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 292.78 Å2 / Biso mean: 64.859 Å2 / Biso min: 20.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.297→31.205 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9441 0 104 226 9771
Biso mean--69.11 53.58 -
残基数----1173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40413120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7353655
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4817X-RAY DIFFRACTION9.539TORSIONAL
12B4817X-RAY DIFFRACTION9.539TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2973-2.35480.35651190.339429491
2.3548-2.41840.35741410.3198461698
2.4184-2.48960.32011390.2954462798
2.4896-2.56990.33521390.2776462599
2.5699-2.66170.30981450.2554469799
2.6617-2.76820.28161520.2364467599
2.7682-2.89410.28741370.2232467299
2.8941-3.04650.25761480.2152466699
3.0465-3.23720.27241480.21164701100
3.2372-3.48690.24021500.18614713100
3.4869-3.83720.23271460.17394718100
3.8372-4.39120.19731480.15684765100
4.3912-5.52740.20771460.15524743100
5.5274-31.2050.19431530.16654845100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5469-0.2321-0.08130.3958-0.35430.8821-0.0486-1.1051-0.10890.3749-0.13490.60280.1409-0.12560.09830.4971-0.1560.11880.8547-0.22310.5905-109.142-25.1907159.1062
22.7452-0.27040.85443.6086-0.3543.05910.1737-0.14020.0707-0.0163-0.1451-0.44340.03990.1095-0.03450.1981-0.0236-0.00050.2368-0.0010.2777-77.2667-27.5894146.0147
33.6594-1.55040.54711.4626-1.69913.37360.0660.8073-0.0373-0.192-0.211-0.41420.44070.78230.2580.46870.064-0.05130.5629-0.01910.3551-82.2992-15.3427118.9479
41.8883-0.80832.14661.9803-1.28954.9573-0.06810.21760.1008-0.3598-0.1630.3427-0.2276-0.16430.15850.45960.0303-0.10040.3568-0.0720.4391-97.668-11.9739119.5134
50.2734-0.26280.26310.6305-0.78240.9793-0.10490.03840.3915-0.3811-0.08470.7674-0.9871-0.38170.53171.22010.3174-0.98290.6213-0.33240.8428-114.6483-3.006296.4404
61.52720.53170.41240.47840.95113.0819-0.25690.01720.3152-0.4943-0.49430.5022-0.6284-0.89230.81230.92060.2653-0.37230.7606-0.23541.032-120.6767-13.645490.8784
72.4275-0.7375-0.71651.28410.08572.0096-0.44680.35820.0721-0.49-0.31530.9077-0.3662-0.90230.55850.6212-0.0083-0.31260.7197-0.12280.682-118.4088-27.049178.7961
83.53080.29260.17781.16080.14180.62420.1345-0.73180.49820.2916-0.18060.33710.0397-0.17410.03080.3627-0.09610.12020.5125-0.11760.4299-110.9444-26.2739154.8085
90.7440.2851-0.8460.42990.013.5218-0.1680.0791-0.0638-0.13910.04780.06670.05250.04050.1140.33550.01260.00550.30340.05940.4083-106.5314-42.8091101.9755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 85 through 123 )A85 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 124 through 312 )A124 - 312
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 313 through 348 )A313 - 348
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 349 through 497 )A349 - 497
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 498 through 538 )A498 - 538
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 539 through 622 )A539 - 622
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 623 through 719 )A623 - 719
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 85 through 312 )B85 - 312
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 313 through 717 )B313 - 717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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