PDB-5t1q: 2.15 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramoyl-L-alanine Ami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t1q

タイトル

2.15 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramoyl-L-alanine Amidase from Staphylococcus aureus.

要素

N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979

キーワード

HYDROLASE / N-acetylmuramoyl-L-alanine Amidase / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

amidase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.15 Angstrom Crystal Structure of N-acetylmuramoyl-L-alanine Amidase from Staphylococcus aureus.
著者: Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t1q.cif.gz	589.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t1q.ent.gz	485.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t1q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t1q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2lrjS 3fi7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i59-3 2om2-1 3c9w-1 3tov-2 4g68-1 5nhj-d 3gp0-d 4ixp-d 2qb5-2 4jdl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91138

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979

B: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979

C: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979

D: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
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1

A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.570, 66.838, 102.737
Angle α, β, γ (deg.)	108.70, 104.72, 90.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein SAOUHSC_02979 分子量: 40541.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_02979 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q2G222
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein: 12.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3); Screen: PACT (B2), 0.1M MIB (pH 5.0), 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月11日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 82976 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / R_sym value: 0.132 / Net I/σ(I): 29.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / CC_1/2: 0.877 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FI7, 2LRJ

3fi7

2lrj

解像度: 2.15→29.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 9.97 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2189	3806	4.6 %	RANDOM
R_work	0.1732	-	-	-
obs	0.17524	78670	98.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.809 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.08 Å²	-0.14 Å²	-0.63 Å²
2-	-	2.17 Å²	-0.15 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→29.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11300	0	16	780	12096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	11668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.306	1.934	15768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.86	3	24499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.81	5	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.049	24.984	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.303	15	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.512	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.02	13549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.276	2.53	5738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.274	2.53	5737
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.245	3.784	7176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.245	3.784	7177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.224	2.676	5930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.224	2.676	5930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.117	3.944	8593
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.777	30.235	13469
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.691	29.952	13333
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	256	-
R_work	0.22	5754	-
obs	-	-	97.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8622	-0.9323	0.8036	1.1239	0.7007	2.2189	0.0852	-0.4418	-0.3569	0.2219	0.05	0.1704	0.4315	-0.5055	-0.1351	0.2745	-0.0191	-0.0035	0.224	0.0799	0.1996	-3.995	-13.9172	-9.065
2	1.6884	0.6864	0.2852	1.4348	-0.2152	3.0835	0.0303	-0.3078	-0.0295	0.2652	-0.1662	-0.1054	-0.4376	-0.1166	0.1359	0.1861	0.0377	-0.0171	0.1356	0.0215	0.0172	0.8519	-0.0852	-1.9557
3	1.6455	0.7539	-0.0994	0.7163	0.1709	1.3562	-0.0312	0.0089	0.0938	0.0357	0.0118	0.0593	-0.077	-0.0943	0.0194	0.0442	0.0245	0.0139	0.0166	0.002	0.1387	-4.238	-10.9974	-29.1511
4	1.5434	-0.5689	1.1032	0.9513	0.9672	3.387	0.1822	-0.1579	-0.2007	0.1643	0.0412	0.0607	0.5013	-0.1786	-0.2234	0.1639	-0.0048	0.022	0.0896	0.0666	0.0958	-28.7491	12.5914	-10.2234
5	1.9042	0.7127	0.5706	1.6084	0.3758	3.12	0.1196	-0.4053	0.1345	0.3266	-0.0499	0.0326	-0.1033	-0.1131	-0.0697	0.1061	0.007	0.0225	0.1237	-0.0147	0.0228	-24.8104	23.0811	1.1587
6	2.2997	0.3207	0.0799	1.0035	-0.1027	1.1766	-0.0241	-0.0079	0.1534	0.0103	0.046	0.0144	-0.0636	-0.0926	-0.0219	0.0256	0.0047	0.0174	0.0097	0.0072	0.088	-29.3719	20.877	-28.835
7	1.4619	0.9221	0.0853	0.8595	1.0215	3.4506	0.0056	0.3316	0.2864	-0.1232	0.1632	0.1325	-0.4531	-0.0604	-0.1688	0.1378	-0.0232	0.0168	0.1882	0.0898	0.1274	1.619	22.4974	38.5271
8	1.9815	-0.1543	0.7449	2.4355	1.0127	3.9671	0.0272	0.5425	-0.1786	-0.4748	0.334	0.0247	0.2872	0.5249	-0.3612	0.166	-0.0425	-0.0497	0.3005	-0.0633	0.044	6.7351	8.8764	31.0952
9	2.1183	-0.5281	0.2214	0.9349	0.287	1.4827	-0.0166	0.0255	-0.0404	-0.0142	0.0397	0.063	0.0575	0.0199	-0.0231	0.0313	-0.0054	0.0286	0.0078	0.0153	0.1203	0.9594	19.1325	58.9417
10	1.1615	0.1631	-0.293	0.8186	0.6691	3.5662	0.2586	0.1166	-0.0061	-0.1833	-0.0329	-0.0018	-0.0255	-0.1361	-0.2256	0.1431	0.0368	-0.0052	0.0172	0.0107	0.0568	-22.568	-10.9543	38.4531
11	1.4515	-0.2268	-0.3454	1.1534	-0.3666	3.4519	0.1796	0.3302	-0.0584	-0.2344	-0.052	0.0429	0.1574	0.0769	-0.1276	0.1172	0.0704	-0.0128	0.0933	-0.0172	0.0113	-18.2633	-12.5629	28.0824
12	3.5471	-1.2285	-0.1138	0.681	-0.1312	1.0252	0.024	-0.1334	-0.2389	-0.0355	0.014	0.1119	0.0742	-0.045	-0.038	0.0279	0.0014	0.0245	0.0154	0.015	0.0957	-23.5296	-13.7289	58.4056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	262 - 306
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	307 - 483
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	484 - 619
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	261 - 312
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	313 - 484
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	485 - 619
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	261 - 306
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	307 - 485
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	486 - 619
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	262 - 332
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	333 - 483
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	484 - 619

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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