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万見
- PDB-4g68: Biochemical and structural insights into xylan utilization by the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g68
タイトルBiochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus
要素(ABC transporter) x 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transporter
機能・相同性: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ABC transporter / ABC transporter
機能・相同性情報
生物種Caldanaerobius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Agarwal, V. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Biochemical and Structural Insights into Xylan Utilization by the Thermophilic Bacterium Caldanaerobius polysaccharolyticus.
著者: Han, Y. / Agarwal, V. / Dodd, D. / Kim, J. / Bae, B. / Mackie, R.I. / Nair, S.K. / Cann, I.K.
履歴
登録2012年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter
B: ABC transporter
C: ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,7905
ポリマ－145,9613
非ポリマー8292
水17,943996
1
A: ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8162
ポリマ－50,4011
非ポリマー4141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2882
ポリマ－47,8741
非ポリマー4141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ABC transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6861
ポリマ－47,6861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.330, 150.862, 150.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter


分子量: 50401.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Caldanaerobius (バクテリア) / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9PBT4*PLUS
#2: タンパク質 ABC transporter


分子量: 47873.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Caldanaerobius (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9PBT5*PLUS
#3: タンパク質 ABC transporter


分子量: 47686.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Caldanaerobius (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9PBT5*PLUS
#4: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1a_1-5][a212h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 996 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 1500, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 282K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器日付: 2010年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 126799 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 2.662 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.867.40.242123111.101198.4
1.86-1.947.80.197125501.2651100
1.94-2.037.80.157125511.4941100
2.03-2.137.90.133126241.743199.9
2.13-2.2780.113125952.0061100
2.27-2.4480.102126182.2651100
2.44-2.698.10.094127012.7211100
2.69-3.088.10.089127413.521100
3.08-3.887.80.083128355.0331100
3.88-507.80.071132735.167199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0056精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.802 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2605 6312 5 %RANDOM
Rwork0.2298 ---
obs0.2313 125721 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.31 Å2 / Biso mean: 17.5393 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9150 0 56 996 10202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0229411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0091.95512748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.53251173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54526.207435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88151578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1921515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3671.55835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71729354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26533576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0194.53394
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 460 -
Rwork0.251 8580 -
all-9040 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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