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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7esl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a L-rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase from Fusarium oxysporum 12S, N247A N-glycan free form | ||||||
要素 | L-rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase | ||||||
キーワード | LYASE / seven-bladed beta-propeller | ||||||
生物種 | Fusarium oxysporum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kondo, T. / Arakawa, T. / Fushinobu, S. / Sakamoto, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Structural and functional analysis of gum arabic l-rhamnose-alpha-1,4-d-glucuronate lyase establishes a novel polysaccharide lyase family. 著者: Kondo, T. / Kichijo, M. / Maruta, A. / Nakaya, M. / Takenaka, S. / Arakawa, T. / Fushinobu, S. / Sakamoto, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7esl.cif.gz | 109.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7esl.ent.gz | 81.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7esl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7esl_validation.pdf.gz | 420.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7esl_full_validation.pdf.gz | 421.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7esl_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7esl_validation.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50042.176 Da / 分子数: 1 / 変異: N247A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 株: 12S / 遺伝子: Forham1 / プラスミド: pPICZ-alpha-A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 参照: 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
配列の詳細 | The amino acid sequence of FoRham1 has been registered in GenBank, DDBj and EMBL. Its accession ...The amino acid sequence of FoRham1 has been registered in GenBank, DDBj and EMBL. Its accession number is LC617219. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30 % (v/v) PEG 1500, 0.1 M BICINE-NaOH (pH 8.5), 10 % (v/v) 2-propanol, Crystal was soaked into 20 % (v/v) glycerol at 298 K for 1 min |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 75319 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 2667 / CC1/2: 0.725 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→43.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.08 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.18 Å2 / Biso mean: 24.191 Å2 / Biso min: 13.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→43.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.401→1.437 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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