PDB-7erb: Crystal structure of human Biliverdin IX-beta reductase B with At...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7erb

タイトル

Crystal structure of human Biliverdin IX-beta reductase B with Ataluren (PTC)

要素

Flavin reductase (NADPH)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / platelets / Biliverdin reductase B / BLVRB / inhibitors / NADP / Ataluren

機能・相同性

機能・相同性情報

biliberdin reductase (NAD+) activity / biliverdin reductase (NADP+) activity / biliverdin reductase [NAD(P)+] activity / flavin reductase (NADPH) / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / megakaryocyte differentiation / riboflavin reductase (NADPH) activity / heme catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Griesinger, C. / Lee, D. / Ryu, K.S. / Kim, M. / Ha, J.H.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Repositioning Food and Drug Administration-Approved Drugs for Inhibiting Biliverdin IX beta Reductase B as a Novel Thrombocytopenia Therapeutic Target.
著者: Kim, M. / Ha, J.H. / Choi, J. / Kim, B.R. / Gapsys, V. / Lee, K.O. / Jee, J.G. / Chakrabarti, K.S. / de Groot, B.L. / Griesinger, C. / Ryu, K.S. / Lee, D.

履歴

登録	2021年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7erb.cif.gz	424.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7erb.ent.gz	288.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7erb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7erb_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7erb_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	7erb_validation.xml.gz	47 KB	表示
CIF形式データ	7erb_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7erb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7erb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7er6C 7er7C 7er8C 7er9C 7eraC 7ercC 7erdC 7ereC 1he5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ere-1 7erb-2 6hc7-1 1vpa-d 6hc7-2 7era-d 4cbh-1 7er6-d 1n4m-2 1kaq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Flavin reductase (NADPH)

B: Flavin reductase (NADPH)

C: Flavin reductase (NADPH)

D: Flavin reductase (NADPH)

ヘテロ分子

93.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Flavin reductase (NADPH)

B: Flavin reductase (NADPH)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Flavin reductase (NADPH)

D: Flavin reductase (NADPH)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.423, 117.338, 82.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Flavin reductase (NADPH) / FR / Biliverdin reductase B / BVR-B / Biliverdin-IX beta-reductase / Green heme-binding protein / ...FR / Biliverdin reductase B / BVR-B / Biliverdin-IX beta-reductase / Green heme-binding protein / GHBP / NADPH-dependent diaphorase / NADPH-flavin reductase / FLR 分子量: 22148.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLVRB, FLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P30043, flavin reductase (NADPH), biliverdin reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-JBF / 3-[5-(2-fluorophenyl)-1,2,4-oxadiazol-3-yl]benzoic acid / PTC-124 分子量: 284.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₉FN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 994 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.9-2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-tris(pH 6.5)

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→41.71 Å / Num. obs: 128178 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 10.78 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 9.77
反射シェル	解像度: 1.5→1.555 Å / R_merge(I) obs: 0.4377 / Num. unique obs: 12462 / CC_1/2: 0.818

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	1.16_3549	データ収集
HKL-2000	1.16_3549	データスケーリング
PHENIX		モデル構築
PHENIX	1.19.2	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HE5

1he5

解像度: 1.5→41.71 Å / SU ML: 0.1517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.4956
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1986	2004	1.56 %
R_work	0.1708	126060	-
obs	0.1712	128064	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6212	0	306	994	7512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0144	6733
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4809	9236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0889	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0097	1165
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5344	5319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.3025	141	0.2733	8672	X-RAY DIFFRACTION	96.68
1.54-1.58	0.2895	136	0.2581	8885	X-RAY DIFFRACTION	99
1.58-1.63	0.285	147	0.2329	8926	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.63-1.68	0.2306	138	0.2167	8935	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.68-1.74	0.2362	139	0.2017	8962	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.74-1.81	0.2308	140	0.1884	8953	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.81-1.89	0.2039	149	0.1747	8954	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.89-1.99	0.1784	142	0.1629	9012	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.99-2.12	0.1781	141	0.1554	9018	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.12-2.28	0.1979	144	0.1478	9034	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.28-2.51	0.1588	142	0.1488	9059	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.51-2.87	0.1723	145	0.1535	9114	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.87-3.62	0.175	150	0.1487	9160	X-RAY DIFFRACTION	99.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.71443997745	1.60350751979	0.867166572169	6.06120578416	-0.82175718557	2.16182115507	-0.236805378148	0.182207340348	-0.0140569151717	-0.148129738583	0.0874046620891	-0.310652982652	0.15544019789	0.35075845899	0.130070098531	0.0685545408449	0.00575723988218	-0.0177703346441	0.119896494412	-0.010420486629	0.0457834749529	15.0384484928	-35.7231338288	21.3408814434
2	3.12249773834	0.44990945263	0.0479071498637	1.03233871522	-0.236802016417	2.45149778058	-0.0459473161549	0.162810686562	-0.128271748846	-0.00259961825118	0.0380445052375	-0.0837861834171	0.285493551473	0.226270563474	0.00614513552989	0.110647642713	0.0411747214761	0.00104715781514	0.0637890034843	-0.00373698311397	0.085426149317	11.9568025195	-40.663886418	19.5938969484
3	2.46897396069	1.21763761326	0.323404282052	1.31776913051	-0.398559047795	0.482901599824	-0.356170822114	-0.00620914327072	-0.80874646543	-0.137272553493	0.132224065624	-0.0708030835025	0.852784536821	0.0592516519994	0.144506834643	0.345361016157	0.0519732244697	0.0483356673342	0.147282527089	0.0270778723879	0.256552838129	9.42278594649	-46.9389066661	28.3141320473
4	1.43129283676	-0.124740877696	-0.251030414329	0.97497367026	0.269086307962	1.74758139923	-0.0786331835384	-0.14113307368	-0.0816916840481	0.159673712578	0.0325978814316	0.0182477358272	0.191462767311	0.0396148311411	0.020761381698	0.0746096223625	5.52433546583E-5	0.00458743098215	0.0692692226965	0.00189238062286	0.0685338776167	7.27456724143	-33.3837950548	30.1902951673
5	4.05520253904	0.407151039787	0.436105443625	0.911640641549	0.444079426251	2.01120504346	-0.052892779539	0.0604243802132	0.166449029405	0.0247036727457	-0.00203495581059	0.012249823393	-0.0579307127733	0.0288640756557	0.0619637271296	0.0491744755282	-0.000739813914129	0.00541220167496	0.0286741352534	0.00631013836579	0.0663129358517	2.73267734501	-24.4354677533	23.5082949434
6	6.96695970969	1.8471533428	0.378935836879	1.75020630972	0.650288923908	1.23544545986	0.00224242043277	-0.179853457529	0.130969506906	-0.0107985629193	-0.0785297416963	0.0481677187774	-0.01331040543	-0.176406270396	0.0556622825025	0.041516632541	0.00881930398289	0.00655483234032	0.0930401351079	-0.0161481815195	0.0812751089966	-3.75752748774	-23.1708265548	24.5319200714
7	0.62953062168	0.102046664467	-0.036079274776	1.50361000944	0.996374382925	1.99536653502	0.0212929786402	0.0614806307992	-0.0173859997369	-0.105907589925	-0.0337601458197	0.0282250052337	0.0873780552567	-0.173115556962	0.0138519657009	0.0706325235065	-0.0149278488858	-0.00380168426608	0.0693025024099	0.00318517170702	0.06279875229	0.613943895204	-30.2283490384	10.4175452664
8	4.24806658553	1.54870975526	1.0431827191	3.67780656436	0.630289679252	2.20492052356	-0.129818487217	0.042479693784	0.0704468839295	-0.191522809108	0.0334582780665	-0.112012349891	0.0184898036074	0.0936070992861	0.0999496146789	0.0703547070547	0.00628835839632	0.0102433685196	0.0678959606415	0.00108582879578	0.0497775149141	6.41872716108	-34.8206101591	11.2943613331
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 143 through 174 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 175 through 190 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 191 through 206 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 26 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 27 through 57 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 58 through 122 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 123 through 155 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 156 through 174 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 175 through 206 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 13 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 14 through 34 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 35 through 48 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 49 through 85 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 86 through 101 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 102 through 122 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 123 through 142 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 143 through 174 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 175 through 190 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 191 through 206 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 1 through 57 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 58 through 122 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 123 through 174 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 175 through 206 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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