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Yorodumi- PDB-7er7: Crystal structure of hyman Biliverdin IX-beta reductase B with Ta... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7er7 | ||||||
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Title | Crystal structure of hyman Biliverdin IX-beta reductase B with Tamibarotene (A80) | ||||||
Components | Flavin reductase (NADPH) | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / platelets / Biliverdin reductase B / BLVRB / inhibitors / NADP / thrombovytopenia / Tamibarotene | ||||||
Function / homology | Function and homology information biliberdin reductase NAD+ activity / biliverdin reductase (NADPH) activity / biliverdin reductase / biliverdin reductase (NAD(P)H) activity / flavin reductase (NADPH) / riboflavin reductase (NADPH) activity / heme catabolic process / Heme degradation / terminal bouton / Cytoprotection by HMOX1 ...biliberdin reductase NAD+ activity / biliverdin reductase (NADPH) activity / biliverdin reductase / biliverdin reductase (NAD(P)H) activity / flavin reductase (NADPH) / riboflavin reductase (NADPH) activity / heme catabolic process / Heme degradation / terminal bouton / Cytoprotection by HMOX1 / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Griesinger, C. / Lee, D. / Ryu, K.S. / Kim, M. / Ha, J.H. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2022 Title: Repositioning Food and Drug Administration-Approved Drugs for Inhibiting Biliverdin IX beta Reductase B as a Novel Thrombocytopenia Therapeutic Target. Authors: Kim, M. / Ha, J.H. / Choi, J. / Kim, B.R. / Gapsys, V. / Lee, K.O. / Jee, J.G. / Chakrabarti, K.S. / de Groot, B.L. / Griesinger, C. / Ryu, K.S. / Lee, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7er7.cif.gz | 215.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7er7.ent.gz | 140.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7er7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7er7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7er7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7er6C 7er8C 7er9C 7eraC 7erbC 7ercC 7erdC 7ereC 1he5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22286.494 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BLVRB, FLR / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P30043, flavin reductase (NADPH), biliverdin reductase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-A80 / | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 1.9M-2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-tris (pH 6.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 11C / Wavelength: 0.97942 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.698→50 Å / Num. obs: 45334 / % possible obs: 98.47 % / Redundancy: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 16.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09526 / Net I/σ(I): 11.65 |
Reflection shell | Resolution: 1.698→1.759 Å / Rmerge(I) obs: 0.4064 / Num. unique obs: 45334 / CC1/2: 0.806 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1HE5 Resolution: 1.7→47.9 Å / SU ML: 0.1729 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / Phase error: 18.5989 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→47.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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