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- PDB-7er8: Crystal structure of human Biliverdin IX-beta reductase B with Su... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7er8 | ||||||
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Title | Crystal structure of human Biliverdin IX-beta reductase B with Sulfasalazine (SAS) | ||||||
![]() | Flavin reductase (NADPH) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / platelets / Biliverdin reductaseB / BLVRB / inhibitors / NADP / Sulfasalazine | ||||||
Function / homology | ![]() FMN reductase (NADH) activity / biliberdin reductase (NAD+) activity / biliverdin reductase (NADP+) activity / biliverdin reductase [NAD(P)+] activity / flavin reductase (NADPH) / FMN reductase (NAD(P)H) activity / FMN reductase (NADPH) activity / Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / Transferases; Transferring nitrogenous groups; Transferring other nitrogenous groups / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity ...FMN reductase (NADH) activity / biliberdin reductase (NAD+) activity / biliverdin reductase (NADP+) activity / biliverdin reductase [NAD(P)+] activity / flavin reductase (NADPH) / FMN reductase (NAD(P)H) activity / FMN reductase (NADPH) activity / Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / Transferases; Transferring nitrogenous groups; Transferring other nitrogenous groups / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / megakaryocyte differentiation / riboflavin reductase (NADPH) activity / heme catabolic process / Heme degradation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Cytoprotection by HMOX1 / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Griesinger, C. / Lee, D. / Ryu, K.S. / Kim, M. / Ha, J.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Repositioning Food and Drug Administration-Approved Drugs for Inhibiting Biliverdin IX beta Reductase B as a Novel Thrombocytopenia Therapeutic Target. Authors: Kim, M. / Ha, J.H. / Choi, J. / Kim, B.R. / Gapsys, V. / Lee, K.O. / Jee, J.G. / Chakrabarti, K.S. / de Groot, B.L. / Griesinger, C. / Ryu, K.S. / Lee, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 223.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 146.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7er6C ![]() 7er7C ![]() 7er9C ![]() 7eraC ![]() 7erbC ![]() 7ercC ![]() 7erdC ![]() 7ereC ![]() 1he5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 23529.822 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P30043, flavin reductase (NADPH), biliverdin reductase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 43.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 1.9-2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-tris (pH 6.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.446→50 Å / Num. obs: 72377 / % possible obs: 99.39 % / Redundancy: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 14.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09682 / Net I/σ(I): 15.11 |
Reflection shell | Resolution: 1.446→1.498 Å / Rmerge(I) obs: 0.4523 / Num. unique obs: 6896 / CC1/2: 0.721 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1HE5 Resolution: 1.45→47.75 Å / SU ML: 0.1424 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / Phase error: 18.1207 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→47.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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