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- PDB-7eqx: Crystal structure of an Aedes aegypti procarboxypeptidase B1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqx
タイトルCrystal structure of an Aedes aegypti procarboxypeptidase B1
要素(Carboxypeptidase B) x 2
キーワードHYDROLASE / Procarboxypeptidase B1 / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase B / metallocarboxypeptidase activity / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxypeptidase B1
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Choong, Y.K. / Gavor, E. / Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: Structure of Aedes aegypti procarboxypeptidase B1 and its binding with Dengue virus for controlling infection.
著者: Gavor, E. / Choong, Y.K. / Tulsian, N.K. / Nayak, D. / Idris, F. / Sivaraman, H. / Ting, D.H.R. / Sylvie, A. / Mok, Y.K. / Kini, R.M. / Sivaraman, J.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase B
B: Carboxypeptidase B
C: Carboxypeptidase B
D: Carboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7366
ポリマ－88,6054
非ポリマー1312
水11,872659
1
A: Carboxypeptidase B
C: Carboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3683
ポリマ－44,3022
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carboxypeptidase B
D: Carboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3683
ポリマ－44,3022
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.797, 74.436, 83.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid -1 or (resid 0 and (name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid -1 through 1 and (name N...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 7 through 27 or (resid 28...
d_2ens_2(chain "D" and ((resid 7 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROGLYA1 - 80
d_21ens_1PROGLYB1 - 80
d_11ens_2ASPPHEC1 - 299
d_21ens_2ASPPHED1 - 299

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.406232472654, 0.415435422762, -0.813872586881), (0.414912948591, -0.87742437383, -0.240777310602), (-0.814139068743, -0.239874712555, -0.528807809155)29.1292753264, 89.732669784, 95.5627927792
2given(0.376494530634, 0.420088836028, -0.82569803091), (0.4041187175, -0.876482802134, -0.261660007889), (-0.833630571997, -0.235166467438, -0.49975674285)31.0034539565, 89.9692556675, 95.8126448687

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要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase B


分子量: 11371.806 Da / 分子数: 2 / 断片: Pro-region / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: CPB-I / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6J661, carboxypeptidase B
#2: タンパク質 Carboxypeptidase B


分子量: 32930.691 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature region / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: CPB-I / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6J661, carboxypeptidase B
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium sulphate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 44087 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 27.74
反射 シェル解像度: 2.08→2.16 Å / Num. unique obs: 2867 / Rsym value: 0.159

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JQG

1jqg


解像度: 2.08→33.63 Å / SU ML: 0.178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.649
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 2000 4.54 %
Rwork0.168 --
obs0.169 44085 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→33.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5902 0 2 659 6563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6268240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.597822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051067
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.93347989605
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.57802784902
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.130.24071360.17962867X-RAY DIFFRACTION95
2.13-2.190.24511410.1682967X-RAY DIFFRACTION97
2.19-2.260.2021400.16892936X-RAY DIFFRACTION98
2.26-2.330.21831420.16762988X-RAY DIFFRACTION98
2.33-2.410.21991410.16982976X-RAY DIFFRACTION98
2.41-2.510.21111410.17352974X-RAY DIFFRACTION99
2.51-2.620.20641440.17473013X-RAY DIFFRACTION98
2.62-2.760.23561410.18132987X-RAY DIFFRACTION99
2.76-2.930.22131450.18443040X-RAY DIFFRACTION99
2.93-3.160.19681440.17233019X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.480.2011450.1693055X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.980.18571450.15073057X-RAY DIFFRACTION100
3.98-5.010.15261460.14333062X-RAY DIFFRACTION100
5.01-33.630.18391490.18463144X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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