PDB-5gne: Crystal structure of LapB from Legionella pneumophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gne

タイトル

Crystal structure of LapB from Legionella pneumophila

要素

Leucine aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / Aminopeptidase / Legionella pneumophila / PA domain / autoinhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhang, N. / Ge, H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J. Agric. Food Chem. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure and Biochemical Characterization of an Aminopeptidase LapB from Legionella pneumophila.
著者: Zhang, N. / Yin, S. / Zhang, W. / Gong, X. / Zhang, N. / Fang, K. / Ge, H.

履歴

登録	2016年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年10月17日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gne.cif.gz	308.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gne.ent.gz	252.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gne_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gne_full_validation.pdf.gz	464.9 KB	表示
XML形式データ	5gne_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	5gne_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ampS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1k9y-d 3tm8-1 1yzp-d 1ka1-d 1qgx-d 6yrc-6 6h9z-d 2c91-10 3fm1-d 3unz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Leucine aminopeptidase

B: Leucine aminopeptidase

ヘテロ分子

85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Leucine aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Leucine aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.970, 152.970, 108.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Leucine aminopeptidase 分子量: 42253.312 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 24-397 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0032 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5ZZH8
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.22 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.0, 0.32 M Ammonium sulfate, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48 Å / Num. obs: 42854 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 17.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 17.8 % / R_merge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4641 / CC_1/2: 0.837 / R_pim(I) all: 0.425 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
MOSFLM		データ削減
MOSFLM		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AMP

1amp

解像度: 2.5→48 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	2121	4.96 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.1826	42787	95.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5838	0	14	46	5898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5982
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.41	8114
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.393	2186
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	905
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1048

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5582	0.3202	154	0.2555	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5582-2.6221	0.2788	161	0.2352	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6221-2.693	0.3258	109	0.2448	1966	X-RAY DIFFRACTION	70
2.693-2.7723	0.2807	133	0.2208	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7723-2.8617	0.292	164	0.2277	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8617-2.964	0.2403	135	0.2146	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.0827	0.2799	154	0.2201	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0827-3.2229	0.2484	156	0.2104	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2229-3.3928	0.2785	149	0.2156	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3928-3.6053	0.2436	128	0.2012	2335	X-RAY DIFFRACTION	82
3.6053-3.8836	0.2119	114	0.1775	2461	X-RAY DIFFRACTION	86
3.8836-4.2742	0.2178	142	0.1492	2536	X-RAY DIFFRACTION	88
4.2742-4.8922	0.1587	127	0.1354	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8922-6.1617	0.2019	145	0.1605	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1617-48.4696	0.1933	150	0.1603	3070	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5046	0.27	-0.89	2.0243	0.3827	2.5717	-0.111	-0.1726	0.2147	0.279	-0.1637	-0.0597	0.137	0.1408	0.143	0.2618	0.0351	-0.0126	0.3414	0.0627	0.4713	10.7402	-7.9143	-23.6518
2	1.4567	0.4331	1.7555	0.8575	2.2985	6.3891	-0.4059	-0.0516	0.1292	-0.9784	-0.1329	0.0212	-0.2499	-0.077	0.5103	0.3797	0.0965	0.1503	0.4138	-0.0123	0.416	-3.6216	-23.8942	-52.6111
3	1.8271	0.7975	1.0766	1.6613	1.5425	4.2243	0.0407	-0.2833	-0.0394	-0.0352	-0.2722	-0.0669	0.2742	-0.5939	0.1471	0.3028	-0.0249	0.1629	0.2964	0.0322	0.4172	-0.3983	-26.2048	-38.5621
4	3.6328	-1.3305	0.2386	3.1982	0.1805	3.3482	-0.0216	0.2921	0.1055	-0.0816	-0.0928	-0.1901	0.3361	0.6342	0.0677	0.2299	0.1583	0.029	0.702	0.3809	0.5261	40.9079	-13.1314	-43.299
5	2.4708	-1.548	1.2574	2.3569	-0.8955	1.2406	-0.395	-0.3659	0.2169	0.5663	0.3013	-0.1187	0.0384	0.1587	-0.0461	0.4625	0.188	0.0333	0.7723	0.2343	0.5456	43.1586	-21.8673	-22.8524
6	2.1415	-0.9418	0.333	1.7513	-0.3652	2.5975	-0.2932	-0.5531	-0.2412	0.5882	0.5027	0.3425	0.0698	-0.4607	-0.286	0.6274	0.5427	0.1041	1.1156	0.5654	0.5484	39.6922	-29.5659	-19.0555
7	2.6876	2.2356	1.0679	3.4905	1.1081	7.3903	-0.3089	0.0205	0.643	0.2622	0.0867	-0.3758	-0.7241	0.6979	0.2071	0.8264	0.2862	-0.2407	0.9621	0.0053	0.7047	56.8681	-18.0661	-17.8075
8	3.4137	0.9713	2.2235	1.074	-0.431	5.2302	-0.2929	0.1725	0.6473	0.2152	0.214	-0.0313	-0.7458	0.2574	0.101	0.804	0.3514	-0.2082	0.8041	0.102	0.6803	49.6512	-16.0444	-20.7077
9	1.2228	-1.0736	2.479	0.9922	-2.0429	5.4031	-0.2158	0.1148	0.4435	0.1491	0.1088	-0.9027	-0.4778	1.0431	0.1381	0.5606	0.2499	-0.0626	1.0439	0.121	0.6349	58.8152	-27.8921	-31.7305
10	4.2077	-1.8946	0.8974	6.2217	0.0025	4.3431	-0.4078	-0.4787	0.328	1.0489	0.4737	-0.1895	-0.3774	-0.1991	-0.0495	0.8824	0.5484	-0.1651	0.9403	0.0804	0.4925	53.2418	-25.5145	-10.4218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 104 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 105 through 132 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 133 through 397 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 28 through 77 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 78 through 153 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 154 through 286 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 287 through 322 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 323 through 356 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 357 through 376 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 377 through 397 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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