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- PDB-1ka1: The PAPase Hal2p complexed with calcium and magnesium ions and re... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ka1 | ||||||
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Title | The PAPase Hal2p complexed with calcium and magnesium ions and reaction substrate: PAP | ||||||
![]() | Halotolerance protein HAL2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / NUCLEOTIDASE / SALT TOLERANCE / INOSITOL | ||||||
Function / homology | ![]() 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / hyperosmotic salinity response / tRNA decay / sulfate assimilation / methionine biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patel, S. / Albert, A. / Blundell, T.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural enzymology of Li(+)-sensitive/Mg(2+)-dependent phosphatases. Authors: Patel, S. / Martinez-Ripoll, M. / Blundell, T.L. / Albert, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 161.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 123.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1k9yC ![]() 1qgxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a monomer |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 39199.199 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: HAL2 / Plasmid: pRS-421-HAL2 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P32179, 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase |
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-Non-polymers , 5 types, 450 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/A3P.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/A3P.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CA / |
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#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Chemical | ChemComp-A3P / |
#5: Chemical | ChemComp-BME / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.06 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 30% PEG5000 MME, 0.1 M sodium acetate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 M MES. (Crystals were soaked in mother liquor containing 0.5 M calcium chloride for 5 hours.) , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, ...Details: 30% PEG5000 MME, 0.1 M sodium acetate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 M MES. (Crystals were soaked in mother liquor containing 0.5 M calcium chloride for 5 hours.) , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Nov 10, 1999 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.87 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→50.31 Å / Num. all: 73179 / Num. obs: 73179 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.334 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 77.1 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 77 % |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1QGX Resolution: 1.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.072 / SU ML: 0.047 Isotropic thermal model: protein and ligands were treated anisotropically while the solvent was isotropic Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.132 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Software | *PLUS Name: REFMAC / Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.226 |