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- PDB-7enc: TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (h... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7enc
タイトルTFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (hPIC-MED)
要素
  • (DNA (69-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA ...) x 8
  • (General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ...) x 2
  • (General transcription factor IIF subunit ...) x 2
  • (General transcription factor IIH subunit ...) x 5
  • (Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 2
  • (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 23
  • (Transcription initiation factor ...) x 16
  • CDK-activating kinase assembly factor MAT1
  • Cyclin-H
  • Cyclin-dependent kinase 7
  • General transcription factor IIE subunit 1
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • RPB1
  • RPB10
  • RPB12
  • TATA-box-binding protein
  • TFIIA-a
キーワードTRANSCRIPTION / mediator / preinitiation complex / transcription initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell extravasation / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / SAGA complex assembly ...positive regulation of T cell extravasation / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / mammary gland branching involved in thelarche / retinal pigment epithelium development / pre-snoRNP complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / TFIIH-class transcription factor complex binding / G0 to G1 transition / thyroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / central nervous system myelin formation / positive regulation of core promoter binding / transcription factor TFTC complex / RNA polymerase II core complex assembly / core mediator complex / positive regulation of mitotic recombination / meiotic sister chromatid cohesion / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / hair follicle maturation / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / ventricular system development / snRNA transcription by RNA polymerase II / hair cell differentiation / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / phosphatase activator activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / SLIK (SAGA-like) complex / CAK-ERCC2 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / UV protection / transcription factor TFIIK complex / embryonic cleavage / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / TFIIF-class transcription factor complex binding / hepatocyte differentiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of response to cytokine stimulus / thyroid hormone generation / transcription factor TFIIF complex / DNA 5'-3' helicase / mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / adult heart development / positive regulation of androgen receptor activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / Generic Transcription Pathway / transcription factor TFIIA complex
類似検索 - 分子機能
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類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit ...IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 24 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26 / General transcription factor IIF subunit 2 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / General transcription factor IIE subunit 1 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / General transcription factor IIH subunit 1 / General transcription factor IIF subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cyclin-H / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIB / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 27 / General transcription factor IIH subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / General transcription factor IIH subunit 4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 30 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 28 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 29 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.13 Å
データ登録者Chen, X. / Qi, Y. / Wang, X. / Wu, Z. / Yin, X. / Li, J. / Liu, W. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structures of the human Mediator and Mediator-bound preinitiation complex.
著者: Xizi Chen / Xiaotong Yin / Jiabei Li / Zihan Wu / Yilun Qi / Xinxin Wang / Weida Liu / Yanhui Xu /
要旨: The 1.3-megadalton transcription factor IID (TFIID) is required for preinitiation complex (PIC) assembly and RNA polymerase II (Pol II)-mediated transcription initiation on almost all genes. The 26- ...The 1.3-megadalton transcription factor IID (TFIID) is required for preinitiation complex (PIC) assembly and RNA polymerase II (Pol II)-mediated transcription initiation on almost all genes. The 26-subunit Mediator stimulates transcription and cyclin-dependent kinase 7 (CDK7)-mediated phosphorylation of the Pol II C-terminal domain (CTD). We determined the structures of human Mediator in the Tail module-extended (at near-atomic resolution) and Tail-bent conformations and structures of TFIID-based PIC-Mediator (76 polypeptides, ~4.1 megadaltons) in four distinct conformations. PIC-Mediator assembly induces concerted reorganization (Head-tilting and Middle-down) of Mediator and creates a Head-Middle sandwich, which stabilizes two CTD segments and brings CTD to CDK7 for phosphorylation; this suggests a CTD-gating mechanism favorable for phosphorylation. The TFIID-based PIC architecture modulates Mediator organization and TFIIH stabilization, underscoring the importance of TFIID in orchestrating PIC-Mediator assembly.
履歴
登録2021年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31207
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31207
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
m: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
d: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
f: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
g: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
h: Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
r: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
t: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
j: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
k: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
n: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
q: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
s: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
u: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
v: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
z: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26
c: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 27
e: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 28
b: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 29
l: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 30
o: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
i: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
0: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
8: Cyclin-dependent kinase 7
9: Cyclin-H
1: General transcription factor IIH subunit 1
2: General transcription factor IIH subunit 2
3: General transcription factor IIH subunit 3
4: General transcription factor IIH subunit 4
5: General transcription factor IIH subunit 5
6: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
7: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
EA: General transcription factor IIE subunit 1
EB: Transcription initiation factor IIE subunit beta
DA: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
DB: Transcription initiation factor TFIID subunit 2
DD: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
DE: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
DF: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
DG: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
DH: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
DI: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
DJ: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
DL: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
Dc: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
Dd: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
De: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
Df: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
Di: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
Dj: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
Dk: Transcription initiation factor TFIID subunit 11
Dl: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
Dm: Transcription initiation factor TFIID subunit 13
DO: Transcription initiation factor IIA subunit 2
DP: TATA-box-binding protein
DQ: TFIIA-a
BA: Transcription initiation factor IIB
FB: General transcription factor IIF subunit 2
X: DNA (69-MER)
Y: DNA (69-MER)
PA: RPB1
PB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
PC: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
PD: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
PE: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
PF: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
PG: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
PH: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
PI: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
PJ: RPB10
PK: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
PL: RPB12
FA: General transcription factor IIF subunit 1
w: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
x: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 24
p: Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,882,03794
ポリマ－3,880,61476
非ポリマー1,42218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 23種, 23分子 amdfgrtjknqsuvzcebloiwx

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1


分子量: 168697.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#2: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31


分子量: 15826.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED31 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3C7
#3: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4


分子量: 29781.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPJ6
#4: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6


分子量: 28464.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75586
#5: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7


分子量: 27259.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43513
#7: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18


分子量: 23693.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED18 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUE0
#8: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20


分子量: 23243.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED20 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H944
#9: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10


分子量: 15710.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED10 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BTT4
#10: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11


分子量: 13145.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P086
#11: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14


分子量: 160829.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED14 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60244
#12: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17


分子量: 72984.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED17 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVC6
#13: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19


分子量: 26321.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED19 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0JLT2
#14: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21


分子量: 15575.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED21 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13503
#15: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22


分子量: 22243.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED22 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15528
#16: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26


分子量: 65544.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED26 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95402
#17: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 27


分子量: 35478.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED27 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2C8
#18: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 28


分子量: 19540.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED28 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H204
#19: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 29


分子量: 21089.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED29 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX70
#20: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 30


分子量: 20301.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96HR3
#21: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15


分子量: 86830.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RN5
#22: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9


分子量: 16422.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWA0
#68: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23


分子量: 156652.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED23 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULK4
#69: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 24


分子量: 110430.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED24 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75448

+
Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 2種, 2分子 hp

#6: タンパク質 Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8


分子量: 29112.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96G25
#70: タンパク質 Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16


分子量: 93136.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED16 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2X0

+
タンパク質 , 10種, 10分子 089EADPDQPAPJPKPL

#23: タンパク質 CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger ...CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger protein 66 / RING finger protein MAT1 / p35 / p36


分子量: 35873.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MNAT1, CAP35, MAT1, RNF66 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51948
#24: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 7 / 39 kDa protein kinase / p39 Mo15 / CDK-activating kinase 1 / Cell division protein kinase 7 / ...39 kDa protein kinase / p39 Mo15 / CDK-activating kinase 1 / Cell division protein kinase 7 / Serine/threonine-protein kinase 1 / TFIIH basal transcription factor complex kinase subunit


分子量: 39090.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK7, CAK, CAK1, CDKN7, MO15, STK1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P50613, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#25: タンパク質 Cyclin-H / MO15-associated protein / p34 / p37


分子量: 37695.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51946
#33: タンパク質 General transcription factor IIE subunit 1 / General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha ...General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / TFIIE-alpha


分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29083
#49: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation ...TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20226
#50: タンパク質 TFIIA-a


分子量: 34199.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#55: タンパク質 RPB1


分子量: 217393.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#64: タンパク質 RPB10


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#65: タンパク質 RNA_pol_L_2 domain-containing protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25
#66: タンパク質 RPB12


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6

+
General transcription factor IIH subunit ... , 5種, 5分子 12345

#26: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 1 / Basic transcription factor 2 62 kDa subunit / BTF2 p62 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 62 kDa subunit / BTF2 p62 / General transcription factor IIH polypeptide 1 / TFIIH basal transcription factor complex p62 subunit


分子量: 62116.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H1, BTF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32780
#27: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 2 / Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH polypeptide 2 / TFIIH basal transcription factor complex p44 subunit


分子量: 44481.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H2, BTF2P44 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13888
#28: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 3 / Basic transcription factor 2 34 kDa subunit / BTF2 p34 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 34 kDa subunit / BTF2 p34 / General transcription factor IIH polypeptide 3 / TFIIH basal transcription factor complex p34 subunit


分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13889
#29: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 4 / Basic transcription factor 2 52 kDa subunit / BTF2 p52 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 52 kDa subunit / BTF2 p52 / General transcription factor IIH polypeptide 4 / TFIIH basal transcription factor complex p52 subunit


分子量: 52245.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92759
#30: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog / TFIIH basal transcription factor ...General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog / TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit


分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H5, C6orf175, TTDA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZYL4

+
General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ... , 2種, 2分子 67

#31: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / TFIIH subunit XPB / Basic transcription factor 2 89 kDa subunit / BTF2 p89 / DNA excision repair ...TFIIH subunit XPB / Basic transcription factor 2 89 kDa subunit / BTF2 p89 / DNA excision repair protein ERCC-3 / DNA repair protein complementing XP-B cells / TFIIH basal transcription factor complex 89 kDa subunit / TFIIH 89 kDa subunit / TFIIH p89 / Xeroderma pigmentosum group B-complementing protein


分子量: 89404.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC3, XPB, XPBC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19447, DNA helicase
#32: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / TFIIH subunit XPD / Basic transcription factor 2 80 kDa subunit / BTF2 p80 / CXPD / DNA excision ...TFIIH subunit XPD / Basic transcription factor 2 80 kDa subunit / BTF2 p80 / CXPD / DNA excision repair protein ERCC-2 / DNA repair protein complementing XP-D cells / TFIIH basal transcription factor complex 80 kDa subunit / TFIIH 80 kDa subunit / TFIIH p80 / Xeroderma pigmentosum group D-complementing protein


分子量: 87021.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC2, XPD, XPDC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18074, DNA helicase

+
Transcription initiation factor ... , 16種, 22分子 EBDADBDDDdDEDeDFDfDGDHDIDiDJDjDLDlDcDkDmDOBA

#34: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit beta / TFIIE-beta / General transcription factor IIE subunit 2


分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29084
#35: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAF(II)250 / TAFII-250 / TAFII250


分子量: 212956.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase
#36: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / 150 kDa cofactor of initiator function / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit B / TBP- ...150 kDa cofactor of initiator function / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit B / TBP-associated factor 150 kDa / Transcription initiation factor TFIID 150 kDa subunit / TAF(II)150 / TAFII-150 / TAFII150


分子量: 137159.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF2, CIF150, TAF2B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1X5
#37: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit C / TBP-associated factor 4 / Transcription ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit C / TBP-associated factor 4 / Transcription initiation factor TFIID 130 kDa subunit / TAF(II)130 / TAFII-130 / TAFII130 / Transcription initiation factor TFIID 135 kDa subunit / TAF(II)135 / TAFII-135 / TAFII135


分子量: 110221.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF4, TAF2C, TAF2C1, TAF4A, TAFII130, TAFII135 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00268
#38: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID 100 kDa subunit / TAF(II)100 / TAFII-100 / TAFII100


分子量: 86932.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF5, TAF2D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15542
#39: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit E / Transcription initiation factor TFIID 70 kDa ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit E / Transcription initiation factor TFIID 70 kDa subunit / TAF(II)70 / TAFII-70 / TAFII70 / Transcription initiation factor TFIID 80 kDa subunit / TAF(II)80 / TAFII-80 / TAFII80


分子量: 72749.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF6, TAF2E, TAFII70 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848
#40: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit F / Transcription initiation factor TFIID 55 kDa ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit F / Transcription initiation factor TFIID 55 kDa subunit / TAF(II)55 / TAFII-55 / TAFII55


分子量: 40325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF7, TAF2F, TAFII55 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15545
#41: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription ...Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription initiation factor TFIID 43 kDa subunit / TAFII-43 / TAFII43 / hTAFII43


分子量: 34304.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF8, TAFII43, TBN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7C8
#42: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor TFIID 31 kDa subunit / TAFII-31 / TAFII31 / Transcription initiation factor TFIID 32 kDa subunit / TAFII-32 / TAFII32


分子量: 29006.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF9, TAF2G, TAFII31 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16594
#43: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / STAF28 / Transcription initiation factor TFIID 30 kDa subunit / TAF(II)30 / TAFII-30 / TAFII30


分子量: 21731.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF10, TAF2A, TAF2H, TAFII30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962
#44: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID 20/15 kDa subunits / TAFII-20/TAFII-15 / TAFII20/TAFII15


分子量: 17948.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF12, TAF15, TAF2J, TAFII20 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16514
#45: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / 140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription ...140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription initiation factor TFIID 140 kDa subunit / TAF(II)140 / TAF140 / TAFII-140 / TAFII140


分子量: 103769.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5VWG9
#46: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / TFIID subunit p30-beta / Transcription initiation factor TFIID 28 kDa subunit / TAF(II)28 / TAFII-28 / TAFII28


分子量: 23340.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF11, TAF2I, PRO2134 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15544
#47: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID 18 kDa subunit / TAF(II)18 / TAFII-18 / TAFII18


分子量: 14307.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF13, TAF2K, TAFII18 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15543
#48: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 2 / General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIA-12 / TFIIAS / Transcription ...General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIA-12 / TFIIAS / Transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma


分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52657
#51: タンパク質 Transcription initiation factor IIB / General transcription factor TFIIB / S300-II


分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00403, histone acetyltransferase

+
General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 FBFA

#52: タンパク質 General transcription factor IIF subunit 2 / ATP-dependent helicase GTF2F2 / General transcription factor IIF 30 kDa subunit / Transcription ...ATP-dependent helicase GTF2F2 / General transcription factor IIF 30 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit beta / TFIIF-beta / Transcription initiation factor RAP30


分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase
#67: タンパク質 General transcription factor IIF subunit 1 / General transcription factor IIF 74 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit alpha ...General transcription factor IIF 74 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / TFIIF-alpha / Transcription initiation factor RAP74


分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35269

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#53: DNA鎖 DNA (69-MER)


分子量: 21459.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#54: DNA鎖 DNA (69-MER)


分子量: 21094.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

+
DNA-directed RNA ... , 8種, 8分子 PBPCPDPEPFPGPHPI

#56: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TVZ5, DNA-directed RNA polymerase
#57: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit C


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3
#58: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 isoform X1


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481BYI6
#59: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTX4
#60: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9
#61: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7
#62: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2
#63: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899

+
非ポリマー , 3種, 18分子

#71: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#72: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#73: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (hPIC-MED)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#70 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67732 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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