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- PDB-7ekk: Anti-HIV-1 broadly neutralizing antibody delta-loop 4E10 modified... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ekk
タイトルAnti-HIV-1 broadly neutralizing antibody delta-loop 4E10 modified with pyrene acetamide
要素
  • Heavy chain of the Fab region of Delta-loop variant of anti-HIV-1 broadly neutralizing antibody 4E10 modified with pyrene acetamide
  • Light chain of the Fab region of Delta-loop variant of anti-HIV-1 broadly neutralizing antibody 4E10 modified with pyrene acetamide
  • MPER region of the envelope glycoprotein gp41 from HIV-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG / Fab / Chemical modification
機能・相同性AMMONIUM ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Rujas, E. / Nieva, J.L.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Focal accumulation of aromaticity at the CDRH3 loop mitigates 4E10 polyreactivity without altering its HIV neutralization profile.
著者: Rujas, E. / Leaman, D.P. / Insausti, S. / Carravilla, P. / Garcia-Porras, M. / Largo, E. / Morillo, I. / Sanchez-Eugenia, R. / Zhang, L. / Cui, H. / Iloro, I. / Elortza, F. / Julien, J.P. / ...著者: Rujas, E. / Leaman, D.P. / Insausti, S. / Carravilla, P. / Garcia-Porras, M. / Largo, E. / Morillo, I. / Sanchez-Eugenia, R. / Zhang, L. / Cui, H. / Iloro, I. / Elortza, F. / Julien, J.P. / Eggeling, C. / Zwick, M.B. / Caaveiro, J.M.M. / Nieva, J.L.
履歴
登録2021年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of the Fab region of Delta-loop variant of anti-HIV-1 broadly neutralizing antibody 4E10 modified with pyrene acetamide
L: Light chain of the Fab region of Delta-loop variant of anti-HIV-1 broadly neutralizing antibody 4E10 modified with pyrene acetamide
P: MPER region of the envelope glycoprotein gp41 from HIV-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,16210
ポリマ－48,6443
非ポリマー5187
水9,044502
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.981, 44.800, 85.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド MPER region of the envelope glycoprotein gp41 from HIV-1


分子量: 2187.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Heavy chain of the Fab region of Delta-loop variant of anti-HIV-1 broadly neutralizing antibody 4E10 modified with pyrene acetamide


分子量: 23350.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: immunoglobin / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 抗体 Light chain of the Fab region of Delta-loop variant of anti-HIV-1 broadly neutralizing antibody 4E10 modified with pyrene acetamide


分子量: 23106.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: immunoglobulin / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 509分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4,000 30% Ammonium sulphate 200 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97953 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.4 Å / Num. obs: 57219 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6629 / CC1/2: 0.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CIN

5cin


解像度: 1.7→34.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.876 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1915 2324 4.1 %RANDOM
Rwork0.1584 ---
obs0.1597 54867 93.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.58 Å2 / Biso mean: 16.977 Å2 / Biso min: 7.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20.34 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→34.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 31 504 3901
Biso mean--26.63 28.57 -
残基数----444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6171.6464907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4261.5717603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg21.8945.421499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.03722.089158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85315552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.61520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02744
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 126 -
Rwork0.258 2869 -
all-2995 -
obs--67.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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