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万見
- PDB-7ejs: Structure of ERH-2 bound to PICS-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ejs
タイトルStructure of ERH-2 bound to PICS-1
要素Enhancer of rudimentary homolog 2,Protein pid-3
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PICS complex
機能・相同性
機能・相同性情報


21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / cell division / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Enhancer of rudimentary / Enhancer of rudimentary superfamily / Enhancer of rudimentary
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein pid-3 / Enhancer of rudimentary homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.387 Å
データ登録者Wang, X. / Xu, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for PICS-mediated piRNA biogenesis and cell division.
著者: Wang, X. / Zeng, C. / Liao, S. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Tu, X. / Yao, X. / Feng, X. / Guang, S. / Xu, C.
履歴
登録2021年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer of rudimentary homolog 2,Protein pid-3
B: Enhancer of rudimentary homolog 2,Protein pid-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8852
ポリマ－31,8852
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.825, 52.528, 125.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Enhancer of rudimentary homolog 2,Protein pid-3 / piRNA biogenesis and chromosome segregation protein 1 / piRNA-induced silencing defective protein 3


分子量: 15942.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: erh-2, F35G12.11, pid-3, pics-1, Y23H5A.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20057, UniProt: O76616
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% v/v 2-propanol, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 11991 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 1679 / CC1/2: 0.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WZ7

1wz7


解像度: 2.387→26.264 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1203 10.03 %
Rwork0.2008 10788 -
obs0.2046 11991 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.76 Å2 / Biso mean: 71.0806 Å2 / Biso min: 40.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.387→26.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1671 0 0 8 1679
Biso mean---55.8 -
残基数----217
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3872-2.48270.29871230.2436111793
2.4827-2.59560.25081280.2298115096
2.5956-2.73230.29831280.2329115396
2.7323-2.90330.30611320.2295117797
2.9033-3.12710.26561340.221119899
3.1271-3.44120.26231370.2068122099
3.4412-3.93770.21691360.18371226100
3.9377-4.95570.2091400.181264100
4.9557-26.260.23271450.2049128397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.53911.2502-0.39433.6532-1.79274.5217-0.07430.30890.1985-0.10650.34540.1835-1.076-0.3088-0.26010.71970.05090.10160.55710.06330.513518.94577.4354-22.0038
21.28380.03121.32892.3613-0.2755.42180.0662-0.0426-0.3054-0.04390.1135-0.11070.010.1631-0.19460.38310.02110.07410.47250.04920.464924.603-11.673-5.5021
35.5804-0.76035.28158.4121.93556.1993-1.054-1.03340.1078-0.0290.1912-0.1175-1.9762-0.12310.62981.58350.16850.08040.98890.05840.80921.593413.0399-11.8148
49.5197-2.3438-0.9622.09433.10256.9696-0.8408-1.11460.52250.261-0.3087-0.3591-1.48950.66440.98510.79490.0259-0.09820.75480.1390.79629.1849-1.0693-0.1097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 5 through 97)A5 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 4 through 98)B4 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 124 through 137)A124 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 123 through 137)B123 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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