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- PDB-1xwm: The crystal structure of PhoU (phosphate uptake regulator), Struc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xwm
タイトルThe crystal structure of PhoU (phosphate uptake regulator), Structural genomics
要素phosphate uptake regulator
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PhoU / Negative phosphate uptake regulator / protein structure initiative / PSI / MCSG / Midwest center for structural genomics
機能・相同性Phosphate transport system protein phou homolog 2; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, R. / Dementieva, I. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of PhoU (phosphate uptake regulator)
著者: Zhang, R. / Dementieva, I. / Moy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphate uptake regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8041
ポリマ－23,8041
非ポリマー00
水905
1
A: phosphate uptake regulator

A: phosphate uptake regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6082
ポリマ－47,6082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.172, 61.172, 121.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細This protein exists as dimer. The second part of the dimer is generated by crystallographic two fold axis.

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要素

#1: タンパク質 phosphate uptake regulator / PhoU


分子量: 23804.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: RBSTP1653 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 16% PEG3350, 0.2M ammonium tartrate, 0.1M Bis-Tris buffer, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795, 0.94656
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.946561
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 15341 / Num. obs: 15295 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 1524 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→30.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 342821.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.334 691 4.9 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 14024 92 %-
all-15243 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.6805 Å2 / ksol: 0.309509 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.02 Å20 Å20 Å2
2--6.02 Å20 Å2
3----12.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1621 0 0 5 1626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 87 4.7 %
Rwork0.346 1781 -
obs--72.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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