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- PDB-6pau: Structure of Human NMT2 with myristoyl-lysine peptide and CoA products -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pau
タイトルStructure of Human NMT2 with myristoyl-lysine peptide and CoA products
要素
  • Arf6 peptide
  • Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / lysine / myristoyl / myristoylation / n-myristoyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / protein localization to cleavage furrow / intracellular transport of virus / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / negative regulation of dendrite development / establishment of epithelial cell polarity ...erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / protein localization to cleavage furrow / intracellular transport of virus / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / negative regulation of dendrite development / establishment of epithelial cell polarity / regulation of dendritic spine development / regulation of Rac protein signal transduction / protein localization to endosome / negative regulation of protein localization to cell surface / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / ruffle assembly / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of filopodium assembly / MET receptor recycling / endocytic recycling / thioesterase binding / Flemming body / protein localization to membrane / filopodium membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / cortical actin cytoskeleton organization / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of actin filament polymerization / cleavage furrow / synaptic vesicle endocytosis / endocytic vesicle / regulation of presynapse assembly / vesicle-mediated transport / eNOS activation / ruffle / signaling adaptor activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Membrane binding and targetting of GAG proteins / liver development / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / intracellular protein transport / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of neuron projection development / recycling endosome membrane / GDP binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / nervous system development / presynapse / host cell / Clathrin-mediated endocytosis / G protein activity / midbody / cell cortex / early endosome membrane / cell differentiation / postsynapse / endosome / cell adhesion / cell division / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor 6 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Small GTPase superfamily, ARF type ...ADP-ribosylation factor 6 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-diphospho pantetheine / MYRISTIC ACID / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 2 / ADP-ribosylation factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Price, I.R. / Lin, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)1R01DK107868 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM086703-07 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: NMT1 and NMT2 are lysine myristoyltransferases regulating the ARF6 GTPase cycle.
著者: Kosciuk, T. / Price, I.R. / Zhang, X. / Zhu, C. / Johnson, K.N. / Zhang, S. / Halaby, S.L. / Komaniecki, G.P. / Yang, M. / DeHart, C.J. / Thomas, P.M. / Kelleher, N.L. / Christopher Fromme, J. / Lin, H.
履歴
登録2019年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 2
C: Arf6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,10815
ポリマ－45,4932
非ポリマー1,61613
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.162, 46.350, 74.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 2 / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 2 / NMT 2 / Peptide N-myristoyltransferase 2 / Type II ...Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 2 / NMT 2 / Peptide N-myristoyltransferase 2 / Type II N-myristoyltransferase


分子量: 44656.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60551, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Arf6 peptide


分子量: 836.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62330*PLUS

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非ポリマー , 6種, 189分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-4PS / 4'-diphospho pantetheine / N~3~-[(2R)-2-hydroxy-4-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}-3,3-dimethylbutanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide


分子量: 438.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24N2O10P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8 mg/mL protein in a buffer of 25 mM Tris-HCl pH 7.5, 120 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM MgCl2, mixed 1:1 with well solution of 22% PEG 8000, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→57.59 Å / Num. obs: 154166 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 29.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / R split: 0.04867 / Rmerge(I) obs: 0.1007 / Rrim(I) all: 0.1123 / Net I/σ(I): 11.35
反射 シェル解像度: 1.93→1.999 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.066 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 15911 / CC1/2: 0.646 / % possible all: 99.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C2X

4c2x


解像度: 1.93→67.831 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1530 5.15 %
Rwork0.1973 --
obs0.1984 29688 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→67.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3015 0 101 176 3292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8774342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0491928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.99230.42031480.37652519X-RAY DIFFRACTION100
1.9923-2.06360.34531170.31212566X-RAY DIFFRACTION100
2.0636-2.14620.29051160.27792562X-RAY DIFFRACTION100
2.1462-2.24390.28141280.24782584X-RAY DIFFRACTION100
2.2439-2.36220.25281280.23182545X-RAY DIFFRACTION100
2.3622-2.51020.24181510.21062539X-RAY DIFFRACTION100
2.5102-2.7040.23161390.19472524X-RAY DIFFRACTION98
2.704-2.97610.22961430.18562554X-RAY DIFFRACTION100
2.9761-3.40670.20431530.16752569X-RAY DIFFRACTION100
3.4067-4.29210.14961620.15562550X-RAY DIFFRACTION100
4.2921-67.8730.20841450.17882646X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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