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- PDB-5swd: Structure of the adenine riboswitch aptamer domain in an intermed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5swd
タイトルStructure of the adenine riboswitch aptamer domain in an intermediate-bound state
要素Vibrio vulnificus strain 93U204 chromosome II, adenine riboswitch aptamer domain
キーワードRNA / adenine riboswitch / purine riboswitch / ligand mixing / intermediate state / gene regulation / X-ray free electron laser
機能・相同性ADENINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stagno, J.R. / Wang, Y.-X. / Liu, Y. / Bhandari, Y.R. / Conrad, C.E. / Nelson, G. / Li, C. / Wendel, D.R. / White, T.A. / Barty, A. ...Stagno, J.R. / Wang, Y.-X. / Liu, Y. / Bhandari, Y.R. / Conrad, C.E. / Nelson, G. / Li, C. / Wendel, D.R. / White, T.A. / Barty, A. / Tuckey, R.A. / Zatsepin, N.A. / Grant, T.D. / Fromme, P. / Tan, K. / Ji, X. / Spence, J.C.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structures of riboswitch RNA reaction states by mix-and-inject XFEL serial crystallography.
著者: Stagno, J.R. / Liu, Y. / Bhandari, Y.R. / Conrad, C.E. / Panja, S. / Swain, M. / Fan, L. / Nelson, G. / Li, C. / Wendel, D.R. / White, T.A. / Coe, J.D. / Wiedorn, M.O. / Knoska, J. / ...著者: Stagno, J.R. / Liu, Y. / Bhandari, Y.R. / Conrad, C.E. / Panja, S. / Swain, M. / Fan, L. / Nelson, G. / Li, C. / Wendel, D.R. / White, T.A. / Coe, J.D. / Wiedorn, M.O. / Knoska, J. / Oberthuer, D. / Tuckey, R.A. / Yu, P. / Dyba, M. / Tarasov, S.G. / Weierstall, U. / Grant, T.D. / Schwieters, C.D. / Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R. / Fromme, P. / Draper, D.E. / Liang, M. / Hunter, M.S. / Boutet, S. / Tan, K. / Zuo, X. / Ji, X. / Barty, A. / Zatsepin, N.A. / Chapman, H.N. / Spence, J.C. / Woodson, S.A. / Wang, Y.X.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Data collection / Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_R_split / _reflns_shell.pdbx_R_split
改定 1.32018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52023年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vibrio vulnificus strain 93U204 chromosome II, adenine riboswitch aptamer domain
B: Vibrio vulnificus strain 93U204 chromosome II, adenine riboswitch aptamer domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5836
ポリマ－45,3752
非ポリマー2084
水27015
1
A: Vibrio vulnificus strain 93U204 chromosome II, adenine riboswitch aptamer domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8714
ポリマ－22,6871
非ポリマー1843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vibrio vulnificus strain 93U204 chromosome II, adenine riboswitch aptamer domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7122
ポリマ－22,6871
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.910, 46.720, 92.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: A / End label comp-ID: A / Refine code: _ / Auth seq-ID: 13 - 76 / Label seq-ID: 1 - 64

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: RNA鎖 Vibrio vulnificus strain 93U204 chromosome II, adenine riboswitch aptamer domain


分子量: 22687.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio vulnificus (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: 40 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 80 mM potassium chloride, 100 mM magnesium chloride, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 65% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月14日
放射モノクロメーター: KB mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→31.06 Å / Num. obs: 14357 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 346.8 % / Biso Wilson estimate: 80.9 Å2 / R split: 0.141 / Net I/σ(I): 3.49
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 188.3 % / Num. unique all: 1431 / R split: 0.8684 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
CrystFEL0.6.2データ削減
CrystFEL0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 5.0E+54 / 解像度: 2.5→30.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.2579 / WRfactor Rwork: 0.2176 / FOM work R set: 0.6535 / SU B: 38.407 / SU ML: 0.342 / SU R Cruickshank DPI: 0.6685 / SU Rfree: 0.2762 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 768 5.5 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.1969 13212 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 219.21 Å2 / Biso mean: 90.59 Å2 / Biso min: 46.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.73 Å20 Å2-0.58 Å2
2--2.41 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→30.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2826 13 15 2854
Biso mean--85.09 70.49 -
残基数----133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0113218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.2895012
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2727.0643218
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3441 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.735 44 -
Rwork0.548 735 -
all-779 -
obs--73.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0175-0.0517-0.61031.36550.41111.14230.08410.55860.4289-0.296-0.10550.104-0.2571-0.11250.02140.09410.0387-0.02690.14130.07570.1033-2.7437-0.012128.5524
23.3817-0.1576-0.27331.4932-0.33290.86620.00450.7867-0.4591-0.3224-0.01860.01520.0843-0.04180.01420.07460.0071-0.00780.2179-0.11530.08487.0972-21.249323.2953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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