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- PDB-7ean: immune complex of SARS-CoV-2 RBD and cross-neutralizing antibody 6D6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ean
タイトルimmune complex of SARS-CoV-2 RBD and cross-neutralizing antibody 6D6
要素
  • Heavy chain of SARS-CoV-2 cross-neutralizing mAb 6D6
  • Light chain of SARS-CoV-2 cross-neutralizing mAb 6D6
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Receptor binding domain / neutralizing antibody / immune complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Li, T.T. / Gu, Y. / Li, S.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82001756 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cross-neutralizing antibodies bind a SARS-CoV-2 cryptic site and resist circulating variants.
著者: Li, T. / Xue, W. / Zheng, Q. / Song, S. / Yang, C. / Xiong, H. / Zhang, S. / Hong, M. / Zhang, Y. / Yu, H. / Zhang, Y. / Sun, H. / Huang, Y. / Deng, T. / Chi, X. / Li, J. / Wang, S. / Zhou, L. ...著者: Li, T. / Xue, W. / Zheng, Q. / Song, S. / Yang, C. / Xiong, H. / Zhang, S. / Hong, M. / Zhang, Y. / Yu, H. / Zhang, Y. / Sun, H. / Huang, Y. / Deng, T. / Chi, X. / Li, J. / Wang, S. / Zhou, L. / Chen, T. / Wang, Y. / Cheng, T. / Zhang, T. / Yuan, Q. / Zhao, Q. / Zhang, J. / McLellan, J.S. / Zhou, Z.H. / Zhang, Z. / Li, S. / Gu, Y. / Xia, N.
履歴
登録2021年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: Heavy chain of SARS-CoV-2 cross-neutralizing mAb 6D6
L: Light chain of SARS-CoV-2 cross-neutralizing mAb 6D6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4134
ポリマ－72,1913
非ポリマー2211
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area27610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.280, 85.340, 160.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 25122.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 Heavy chain of SARS-CoV-2 cross-neutralizing mAb 6D6


分子量: 23743.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Light chain of SARS-CoV-2 cross-neutralizing mAb 6D6


分子量: 23325.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2M sodium sulfocyanate, 20%PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→30.08 Å / Num. obs: 119757 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 42.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 2.7 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Num. unique obs: 6201 / CC1/2: 0.402 / Rpim(I) all: 0.913

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M0J, 1WEJ

6m0j

1wej


解像度: 1.91→29.251 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 3809 3.18 %
Rwork0.1911 115948 -
obs0.1921 119757 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 220.1 Å2 / Biso mean: 64.0735 Å2 / Biso min: 30.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→29.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4853 0 28 165 5046
Biso mean--125.67 53.5 -
残基数----627
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.91-1.93420.41491360.3998427699
1.9342-1.95960.32931430.35564281100
1.9596-1.98650.36491430.32734370100
1.9865-2.01480.35231400.30784244100
2.0148-2.04490.29561390.34285100
2.0449-2.07690.37331350.3644425398
2.0769-2.11090.32061430.28424288100
2.1109-2.14730.23941450.26734322100
2.1473-2.18630.35391380.26074275100
2.1863-2.22840.27021440.2524303100
2.2284-2.27380.3511450.2771423799
2.2738-2.32320.3281420.23024338100
2.3232-2.37730.261430.21884298100
2.3773-2.43670.27951400.21054304100
2.4367-2.50250.20881450.20474278100
2.5025-2.57610.2431360.19654329100
2.5761-2.65920.191430.19424312100
2.6592-2.75420.20391420.19274281100
2.7542-2.86440.21631390.19354304100
2.8644-2.99460.27841440.19764279100
2.9946-3.15230.231400.18874339100
3.1523-3.34960.23471430.18884321100
3.3496-3.60780.2021420.17454309100
3.6078-3.970.171410.1654286100
3.97-4.54270.17761430.1414286100
4.5427-5.71630.19941380.1484320100
5.7163-29.2510.21671370.1943423098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2290.7126-0.17833.48970.63133.1186-0.37121.18070.05390.07590.1566-0.3497-0.2770.53690.2960.5074-0.0367-0.0270.5461-0.05990.590334.553734.292131.4496
29.11390.65041.27741.0871-0.50160.942-0.27710.41430.0024-0.0820.2036-0.3229-0.13410.37010.13120.41610.0114-0.01250.6471-0.13990.460132.870525.871930.6864
31.50030.71671.11693.88011.58583.1488-0.1614-0.60940.13040.58430.2847-0.6244-0.02260.3624-0.13450.5870.0496-0.08620.7461-0.10860.568337.324627.336344.9741
46.2475-1.89292.27575.927-0.3592.254-0.1174-0.61350.27970.38850.14340.1744-0.114-0.3920.02770.47170.0137-0.03710.6222-0.10830.397923.042327.647938.5235
54.38435.20121.44836.6591.31832.07840.5555-0.9522-0.3030.8311-0.3590.4990.7809-0.5272-0.04440.5340.00270.07320.79030.00660.459716.12821.108340.9414
65.44880.63921.89243.71231.52583.3038-0.2078-0.60390.47290.2512-0.01280.2127-0.3091-0.36860.20490.38650.06840.01160.5888-0.05710.347918.754329.930136.1166
78.16121.2534-0.19543.46130.88661.79750.0012-0.0717-0.1237-0.0489-0.07670.55020.093-0.79930.07510.4204-0.01120.010.70780.01980.40736.018721.488727.3502
84.21470.41420.18363.18831.1522.4978-0.3813-0.93170.46480.44650.3817-0.14270.01080.0960.05060.44850.0565-0.07290.5468-0.06420.344727.469829.307738.3931
91.8940.532-0.25831.3370.85144.2074-0.00680.0820.033-0.0937-0.02740.0055-0.1-0.20060.03260.38290.00730.01010.38120.01390.396922.529718.61456.9763
109.6451-5.4462-5.22978.36255.24377.2872-0.0286-0.17850.29540.2357-0.1239-0.1484-0.38170.2285-0.16670.4824-0.01550.00830.43390.02620.460332.42325.542110.1469
113.29932.14381.77743.6874-0.89314.7969-0.03670.21140.5324-0.05180.0725-0.0645-0.3135-0.1995-0.07640.49220.02650.0090.37860.02130.443524.355426.74995.0561
125.26130.0292-3.57663.3429-0.41712.7604-0.12410.0987-0.1733-0.25660.1193-0.38720.1110.17390.00770.3880.0157-0.00560.41540.00320.410727.635715.48970.2477
131.43490.64370.89341.40050.47032.09080.04780.0897-0.1065-0.12460.1139-0.05110.07080.1724-0.06320.35410.00470.00710.41570.01790.400118.921613.02213.8612
145.98962.7809-3.24144.2359-1.13764.4275-0.10030.0229-0.3383-0.00560.02250.2790.6314-0.35480.02190.5024-0.0328-0.05030.38020.04280.45515.8337-2.6264-3.1302
157.0515.1626-0.65356.6622-1.01530.69460.0866-0.1669-0.0708-0.17620.03020.85460.245-0.1887-0.10860.5282-0.0239-0.07620.48180.07540.7376-2.26162.496-4.8636
163.12140.07060.42571.03451.03092.7139-0.0827-0.2017-0.2184-0.20030.1475-0.25040.68650.3024-0.13250.51840.1051-0.06030.46960.05840.573629.6929-3.786317.9996
171.57350.2874-0.6032.9970.47592.16840.1129-0.3181-0.23540.0809-0.018-0.00010.25390.1231-0.10410.45150.0284-0.04160.5140.06610.450126.78335.220423.2565
183.13872.9723-1.63484.5224-1.49172.67110.05520.0044-0.57750.17120.14-0.22720.3758-0.0246-0.14560.4650.0429-0.05180.45290.05340.499721.6074-0.285718.8767
191.76340.88670.94541.40110.79051.4990.03940.0385-0.3035-0.21760.0767-0.00270.34110.0202-0.11050.62970.0285-0.01580.39120.00870.510214.4355-6.78012.4404
208.2122.38824.78525.18554.41634.8217-0.20220.38-1.1859-0.61120.64210.06111.46420.13-0.35251.0827-0.0246-0.12260.5457-0.17220.818411.048-21.2702-13.2506
212.00470.94581.53871.308-1.16456.96520.03420.052-0.1795-0.0144-0.1436-0.1534-0.24220.224-0.02880.66270.0202-0.09860.36420.00710.655614.32-10.19571.6924
225.37730.04571.53953.1224-0.19226.1955-0.0410.6906-0.202-1.05220.2976-0.01480.47980.2788-0.05971.1219-0.1214-0.11360.5058-0.07830.62267.507-11.8792-18.4327
230.817-1.4041.66283.0299-4.60587.6564-0.03370.3417-0.4876-0.48180.15490.00860.6956-0.21740.00281.0154-0.081-0.16890.4848-0.09670.78165.6685-21.8371-7.4876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 333 through 349 )A333 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 350 through 364 )A350 - 364
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 365 through 393 )A365 - 393
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 394 through 409 )A394 - 409
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 410 through 421 )A410 - 421
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 422 through 459 )A422 - 459
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 460 through 494 )A460 - 494
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 495 through 527 )A495 - 527
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 1 through 52 )H1 - 52
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 53 through 64 )H53 - 64
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 65 through 83 )H65 - 83
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 84 through 98 )H84 - 98
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 99 through 132 )H99 - 132
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 133 through 192 )H133 - 192
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 193 through 222 )H193 - 222
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 19 through 75 )L19 - 75
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 76 through 90 )L76 - 90
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 91 through 143 )L91 - 143
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 144 through 154 )L144 - 154
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resid 155 through 173 )L155 - 173
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'L' and (resid 174 through 187 )L174 - 187
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 188 through 210 )L188 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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