PDB-7ea7: crystal structure of NAP1 LIR in complex with GABARAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ea7

タイトル

crystal structure of NAP1 LIR in complex with GABARAP

要素

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
NAP1_LIR motif

キーワード

PROTEIN BINDING / LIR / complex / gabarap

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / Macroautophagy / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / smooth endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Fu, T. / Pan, L.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21672253	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21822705	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21621002	中国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical advances on the recruitment of the autophagy-initiating ULK and TBK1 complexes by autophagy receptor NDP52.
著者: Fu, T. / Zhang, M. / Zhou, Z. / Wu, P. / Peng, C. / Wang, Y. / Gong, X. / Li, Y. / Wang, Y. / Xu, X. / Li, M. / Shen, L. / Pan, L.

履歴

登録	2021年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ea7.cif.gz	137 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ea7.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ea7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ea7_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ea7_full_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示
XML形式データ	7ea7_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	7ea7_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/7ea7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/7ea7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ea2C 7eaaC 7bv4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1py9-d 3m95-1 5uwg-2 3sbw-2 1kjt-d 5nml-1 2fnw-2 6oqm-d 7m41-2 6p17-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

C: NAP1_LIR motif

29.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

C: NAP1_LIR motif

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.096, 73.584, 103.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46 分子量: 13942.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95166
#2: タンパク質・ペプチド	NAP1_LIR motif 分子量: 1330.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine-tris pH 8.5, 25% v/v MPD, 25% PEG1000, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→36.79 Å / Num. obs: 7940 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 82.73 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 2.69→2.82 Å / Num. unique obs: 1025 / CC_1/2: 0.808

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BV4

7bv4

解像度: 2.69→25.84 Å / SU ML: 0.4586 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.9523

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2705	372	4.72 %
R_work	0.2113	7517	-
obs	0.2141	7889	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→25.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1997	0	0	2	1999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	2050
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6975	2759
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0477	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6138	1243

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.69-3.08	0.3776	135	0.3111	2422	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.08-3.88	0.3226	108	0.2573	2501	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.88-25.84	0.2361	129	0.1797	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.87927511286	-0.615508821983	1.2866507727	0.653139090455	1.29058764977	3.66045668183	0.620779186549	-0.528531044031	-1.6805235486	-0.0895177653084	-1.31871448756	1.04673336963	1.33311820328	-0.599678106985	0.0679441625462	1.06692284034	-0.00427051911251	-0.0740003289108	0.830084612916	0.179579730577	1.05979294312	-7.80071726403	-9.97551412914	4.37253410952
2	6.98921967284	-0.372705333698	0.177217355596	5.95898675571	-0.101945866642	4.73964481379	0.072261130526	0.462309065384	-1.22317794679	-0.430070444908	0.0931522209979	-0.448980695933	1.09737721355	1.03917266377	-0.0659613234816	0.740823507894	0.0960344998712	-0.092973788333	0.776635578797	-0.0595303961768	0.754276409214	1.71506654139	-5.14634339399	-3.59525793479
3	8.5138403887	-1.21668967709	0.396333311582	0.625909780075	0.0236919547937	0.467847606264	-0.636182563949	0.859344778221	-1.37992189202	0.602004660197	-0.177987861336	0.478629479688	1.10794456599	-0.536942612431	-0.0125600809686	0.767042590247	-0.0409338680444	-0.0899707054778	1.01540405962	0.00554523883467	0.935196433764	-18.1390894196	-1.1563011715	0.828505282003
4	5.40841484497	-0.75145526848	-2.08462599371	2.40524876879	0.760820045943	2.45658930332	1.13245276872	0.150863853708	0.584482662821	-0.186748946808	-0.280483673977	0.400311991968	-0.638890268113	0.484981322923	-0.515151929694	1.29490400357	0.0290463471308	0.0714422668238	0.710682731563	0.0580926408464	0.639625571345	-8.96789850331	6.9342717521	-6.47021604116
5	9.06321839908	-2.97949643268	-4.17915987976	4.25664510382	1.65850479349	5.38387696749	0.167620372915	-1.00146510038	0.450875443236	-0.12675606582	0.20485989742	-0.163676524986	-0.265442273061	0.908209565932	-0.360357861305	0.656327030152	-0.138960553005	-0.0721745109265	0.648925437273	-0.036297364875	0.609139466222	-6.70691963621	5.6298686099	2.6381987004
6	2.87792379098	-2.53280291645	-3.39081896533	4.0174912074	4.18577020533	4.79472263419	0.988251947669	-1.47799578651	-0.95040619178	1.79819541698	0.971140777831	0.338307353725	2.27023229052	0.95249290564	-1.14449631253	1.27164045529	-0.0983709639192	-0.197744833593	0.876142797765	-0.00893886433367	1.24300340621	-17.4021833191	5.95221571888	10.5175390956
7	5.65204540169	0.554601458019	-3.32489305616	2.50161239962	-1.93469473781	5.18124277201	0.495972624411	1.43452281021	-0.0994379493311	-0.0865148316681	0.00727267238494	-0.20538608927	-0.173183100044	0.243450133717	-0.506933566981	0.64793626107	0.00845904582982	0.00612592268288	0.959983016954	-0.12471378691	0.805481830692	7.7582610586	16.8194258045	-29.2826939469
8	4.53245109574	2.49363807307	0.891093245408	5.77150675062	3.57941326019	6.64076649279	-0.166415704245	0.0801384041102	0.246133660948	-0.265346715815	-0.0909002590983	1.1928553801	-0.728736841876	-1.2318433431	0.193348614379	0.767873574685	0.0980878833223	-0.0138626659909	0.826144752018	-0.0643052086915	0.740677178646	-3.89001799064	18.9990055413	-16.2793101435
9	7.57020398756	2.30644813892	-1.96950852671	4.70417204385	-0.0352924491821	9.85227210352	0.364237803048	0.0158503168004	-0.764700188304	0.417208175037	0.322426400831	-0.945255875994	-0.155112673632	0.548342932098	-0.377160364222	0.624822741369	-0.057585385174	-0.00180181386626	0.689129827807	-0.0686885322786	0.727307949205	10.9972334157	12.4651411049	-16.566973131
10	1.96787367258	-0.878615633185	2.16051661475	4.5459488981	1.51614584749	3.74070047206	-0.646371188301	-0.557276917751	-0.38326025527	-0.289581925284	0.565892684248	-0.126144322771	0.224207645584	0.555311661445	-0.328813590254	0.60680502528	0.0587766973628	-0.0311628627075	0.872493881056	-0.0907528591211	0.832668670591	6.16644668357	10.848135957	-24.0224709617
11	2.59129880764	-2.12930948813	-3.32732130052	4.87520680722	4.51110342532	5.28314703645	-1.18742803531	-0.229892215518	-0.203402890445	-0.704510225054	-0.668447102332	-1.13376075868	-0.534530367937	-1.17118312878	0.0840574234087	1.64091575675	-0.0323752345602	0.110848042772	1.23613285613	0.0851934193934	1.15519693217	6.72833885438	27.4542504467	-27.4766733963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 47 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 48 through 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 69 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 111 through 116 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 56 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 57 through 79 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 80 through 98 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 99 through 114 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 7 through 14 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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