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- PDB-7ea7: crystal structure of NAP1 LIR in complex with GABARAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ea7
タイトルcrystal structure of NAP1 LIR in complex with GABARAP
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
  • NAP1_LIR motif
キーワードPROTEIN BINDING / LIR / complex / gabarap
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / microtubule associated complex / Macroautophagy / beta-tubulin binding / axoneme ...positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / microtubule associated complex / Macroautophagy / beta-tubulin binding / axoneme / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / smooth endoplasmic reticulum / autophagosome / protein targeting / sperm midpiece / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein transport / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / Golgi membrane / ubiquitin protein ligase binding / synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Fu, T. / Pan, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21672253 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21621002 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical advances on the recruitment of the autophagy-initiating ULK and TBK1 complexes by autophagy receptor NDP52.
著者: Fu, T. / Zhang, M. / Zhou, Z. / Wu, P. / Peng, C. / Wang, Y. / Gong, X. / Li, Y. / Wang, Y. / Xu, X. / Li, M. / Shen, L. / Pan, L.
履歴
登録2021年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
C: NAP1_LIR motif


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2153
ポリマ－29,2153
非ポリマー00
水362
1
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9421
ポリマ－13,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6810 Å2
手法PISA
2
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
C: NAP1_LIR motif


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2732
ポリマ－15,2732
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.096, 73.584, 103.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 13942.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95166
#2: タンパク質・ペプチド NAP1_LIR motif


分子量: 1330.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine-tris pH 8.5, 25% v/v MPD, 25% PEG1000, 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→36.79 Å / Num. obs: 7940 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 82.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.69→2.82 Å / Num. unique obs: 1025 / CC1/2: 0.808

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BV4

7bv4


解像度: 2.69→25.84 Å / SU ML: 0.4586 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.9523
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 372 4.72 %
Rwork0.2113 7517 -
obs0.2141 7889 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→25.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1997 0 0 2 1999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00382050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69752759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0477286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.61381243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-3.080.37761350.31112422X-RAY DIFFRACTION99.88
3.08-3.880.32261080.25732501X-RAY DIFFRACTION99.85
3.88-25.840.23611290.17972594X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.87927511286-0.6155088219831.28665077270.6531390904551.290587649773.660456681830.620779186549-0.528531044031-1.6805235486-0.0895177653084-1.318714487561.046733369631.33311820328-0.5996781069850.06794416254621.06692284034-0.00427051911251-0.07400032891080.8300846129160.1795797305771.05979294312-7.80071726403-9.975514129144.37253410952
26.98921967284-0.3727053336980.1772173555965.95898675571-0.1019458666424.739644813790.0722611305260.462309065384-1.22317794679-0.4300704449080.0931522209979-0.4489806959331.097377213551.03917266377-0.06596132348160.7408235078940.0960344998712-0.0929737883330.776635578797-0.05953039617680.7542764092141.71506654139-5.14634339399-3.59525793479
38.5138403887-1.216689677090.3963333115820.6259097800750.02369195479370.467847606264-0.6361825639490.859344778221-1.379921892020.602004660197-0.1779878613360.4786294796881.10794456599-0.536942612431-0.01256008096860.767042590247-0.0409338680444-0.08997070547781.015404059620.005545238834670.935196433764-18.1390894196-1.15630117150.828505282003
45.40841484497-0.75145526848-2.084625993712.405248768790.7608200459432.456589303321.132452768720.1508638537080.584482662821-0.186748946808-0.2804836739770.400311991968-0.6388902681130.484981322923-0.5151519296941.294904003570.02904634713080.07144226682380.7106827315630.05809264084640.639625571345-8.967898503316.9342717521-6.47021604116
59.06321839908-2.97949643268-4.179159879764.256645103821.658504793495.383876967490.167620372915-1.001465100380.450875443236-0.126756065820.20485989742-0.163676524986-0.2654422730610.908209565932-0.3603578613050.656327030152-0.138960553005-0.07217451092650.648925437273-0.0362973648750.609139466222-6.706919636215.62986860992.6381987004
62.87792379098-2.53280291645-3.390818965334.01749120744.185770205334.794722634190.988251947669-1.47799578651-0.950406191781.798195416980.9711407778310.3383073537252.270232290520.95249290564-1.144496312531.27164045529-0.0983709639192-0.1977448335930.876142797765-0.008938864333671.24300340621-17.40218331915.9522157188810.5175390956
75.652045401690.554601458019-3.324893056162.50161239962-1.934694737815.181242772010.4959726244111.43452281021-0.0994379493311-0.08651483166810.00727267238494-0.20538608927-0.1731831000440.243450133717-0.5069335669810.647936261070.008459045829820.006125922682880.959983016954-0.124713786910.8054818306927.758261058616.8194258045-29.2826939469
84.532451095742.493638073070.8910932454085.771506750623.579413260196.64076649279-0.1664157042450.08013840411020.246133660948-0.265346715815-0.09090025909831.1928553801-0.728736841876-1.23184334310.1933486143790.7678735746850.0980878833223-0.01386266599090.826144752018-0.06430520869150.740677178646-3.8900179906418.9990055413-16.2793101435
97.570203987562.30644813892-1.969508526714.70417204385-0.03529244918219.852272103520.3642378030480.0158503168004-0.7647001883040.4172081750370.322426400831-0.945255875994-0.1551126736320.548342932098-0.3771603642220.624822741369-0.057585385174-0.001801813866260.689129827807-0.06868853227860.72730794920510.997233415712.4651411049-16.566973131
101.96787367258-0.8786156331852.160516614754.54594889811.516145847493.74070047206-0.646371188301-0.557276917751-0.38326025527-0.2895819252840.565892684248-0.1261443227710.2242076455840.555311661445-0.3288135902540.606805025280.0587766973628-0.03116286270750.872493881056-0.09075285912110.8326686705916.1664466835710.848135957-24.0224709617
112.59129880764-2.12930948813-3.327321300524.875206807224.511103425325.28314703645-1.18742803531-0.229892215518-0.203402890445-0.704510225054-0.668447102332-1.13376075868-0.534530367937-1.171183128780.08405742340871.64091575675-0.03237523456020.1108480427721.236132856130.08519341939341.155196932176.7283388543827.4542504467-27.4766733963
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 35 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 47 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 48 through 68 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 69 through 110 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 111 through 116 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 56 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 57 through 79 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 80 through 98 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 99 through 114 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 7 through 14 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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