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- PDB-7e9s: Archaeal oligosaccharyltransferase AglB from Archaeoglobus fulgid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e9s
タイトルArchaeal oligosaccharyltransferase AglB from Archaeoglobus fulgidus in complex with an inhibitory peptide and a dolichol-phosphate
要素
  • Dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase 3
  • a polypeptide linked to an inhibitory N-glycosylation sequon-containing peptide
キーワードTRANSFERASE / protein n-glycosylation / ternary complex / sequon-containing peptide / dolichol-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase / oligosaccharyl transferase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oligosaccharyl transferase, archaeal / Archaeal glycosylation protein B, peripheral domain / Archaeal glycosylation protein B long peripheral domain / : / AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE / Chem-J06 / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Taguchi, Y. / Hirata, K. / Kohda, D.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101070 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00405 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: The structure of an archaeal oligosaccharyltransferase provides insight into the strict exclusion of proline from the N-glycosylation sequon.
著者: Taguchi, Y. / Yamasaki, T. / Ishikawa, M. / Kawasaki, Y. / Yukimura, R. / Mitani, M. / Hirata, K. / Kohda, D.
履歴
登録2021年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase 3
B: a polypeptide linked to an inhibitory N-glycosylation sequon-containing peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,93913
ポリマ－100,2282
非ポリマー2,71111
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area35530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)345.740, 48.690, 63.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase 3 / Archaeal glycosylation protein B / AglB-L / AglB-Long / Oligosaccharyl transferase / OST / OTase


分子量: 99159.875 Da / 分子数: 1 / 変異: G617C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
株: DSM 4304 / 遺伝子: aglB3, AF_0380 / プラスミド: pET-52b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: O29867, dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#2: タンパク質・ペプチド a polypeptide linked to an inhibitory N-glycosylation sequon-containing peptide


分子量: 1068.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 27分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-J06 / [(3S,6Z,10Z,14Z,18Z,22Z,26Z,30Z,34Z,39S,43S)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43,47-dodecamethyloctatetraconta-6,10,14,18,22,26,30,34-octaenyl] dihydrogen phosphate


分子量: 923.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C60H107O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-7E8 / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE / 7.7 MAG


分子量: 300.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細We used TMR(CARBOXYTETRAMETHYLRHODAMINE) to stand for tetramethylrhodamine (RHO), which is a ...We used TMR(CARBOXYTETRAMETHYLRHODAMINE) to stand for tetramethylrhodamine (RHO), which is a fluorescent dye. DAB: L-2,4-diaminobutyrate

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
解説: The microcrystals were needle-shaped with a length greater than 100 micro m and a width/thickness less than 5 micro m.
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 50 mM NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 6.0, 18-22 % PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo N2 stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月20日
詳細: micro-focused beam of 10 micro m x 15 micro m (horizontal x vertical)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.4 Å / Num. obs: 30677 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 79.5 % / Biso Wilson estimate: 70.16 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.432 / Rrim(I) all: 0.435 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 76.9 % / Rmerge(I) obs: 8.718 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3054 / CC1/2: 0.756 / Rrim(I) all: 8.776 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GMY

5gmy


解像度: 2.7→24.84 Å / SU ML: 0.3262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.7132
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1485 4.85 %
Rwork0.2152 29115 -
obs0.2171 30599 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7032 0 185 16 7233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00287434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.591610097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04751081
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00471253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.44231072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.790.36581300.32556X-RAY DIFFRACTION99.67
2.79-2.890.32581310.27012628X-RAY DIFFRACTION99.86
2.89-30.30041390.26292549X-RAY DIFFRACTION100
3-3.140.29521100.25712621X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.30.32761360.23622622X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.510.25971320.22912649X-RAY DIFFRACTION99.89
3.51-3.780.25971330.20422635X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.160.20461260.1932638X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.760.19651300.18162674X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.980.26221530.21822695X-RAY DIFFRACTION99.93
5.98-24.840.24791650.21112848X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.65642887792-0.16818662171-0.4634246923821.02911265157-0.2288386417831.36192220352-0.08868684347440.178383943979-0.18820874235-0.1368386882440.0890878253578-0.07309024053490.1991324239560.024577166164-0.0004738714742840.423150552669-0.00709252777927-0.01306665667390.401234478178-0.08457154908950.485971559163-28.30995422947.0834378984916.336543526
20.8768067173-0.1143184607470.37391318040.593071506850.4330459910931.82071941083-0.0237812793045-0.0812156293144-0.1444418605980.06988393952340.1238221746910.06551464643080.21672085075-0.0522357349663-0.09209033230260.453387125495-0.02779610724960.01090877792740.4167291087650.05910709559440.642646313386-72.932446882410.066675080914.2598377012
35.163496012514.963454861154.11451653267.897931168686.43173703176.36365130358-2.133086783733.614727588622.65678712874-2.186246784580.1265949921692.15205772586-1.37651335364-0.3789847747112.016082283040.898191003185-0.0228573789378-0.1345703956581.547731505140.1240998525341.12073400939-52.07375231177.872485434569.6435436949
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 492 )AA6 - 4921 - 487
22chain 'A' and (resid 493 through 872 )AA493 - 872488 - 867
33chain 'B' and (resid 1 through 9 )BC1 - 91 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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