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- PDB-7e5n: crystal structure of cis assembled TROP-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e5n
タイトルcrystal structure of cis assembled TROP-2
要素Tumor-associated calcium signal transducer 2
キーワードANTITUMOR PROTEIN / TROP-2 / crystal / sacituzumab / assembly / tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / ureteric bud morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of cell motility / regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of stress fiber assembly / lateral plasma membrane ...negative regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / ureteric bud morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of cell motility / regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of stress fiber assembly / lateral plasma membrane / visual perception / basal plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Epithelial cell adhesion molecule N-terminal domain / Transmembrane glycoprotein EPCAM/Trop-2 / : / Epithelial cell adhesion molecule, N-terminal domain / EPCAM/Trop-2, C-terminal / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats.
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor-associated calcium signal transducer 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sun, M. / Zhang, H. / Chai, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. / Tan, S.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the cis and trans assembly of human trophoblast cell surface antigen 2.
著者: Sun, M. / Zhang, H. / Jiang, M. / Chai, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. / Tan, S.
履歴
登録2021年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor-associated calcium signal transducer 2
B: Tumor-associated calcium signal transducer 2
C: Tumor-associated calcium signal transducer 2
D: Tumor-associated calcium signal transducer 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,0584
ポリマ－143,0584
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.144, 145.144, 217.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質
Tumor-associated calcium signal transducer 2 / Cell surface glycoprotein Trop-2 / Membrane component chromosome 1 surface marker 1 / Pancreatic ...Cell surface glycoprotein Trop-2 / Membrane component chromosome 1 surface marker 1 / Pancreatic carcinoma marker protein GA733-1


分子量: 35764.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TACSTD2, GA733-1, M1S1, TROP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P09758
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 100 mM Tris base/ Hydrochloric acid pH 7.0, 200 mM Sodium chloride and 1000 mM Sodium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 38952 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Net I/σ(I): 13.677
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.851 / Num. unique obs: 38952

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MZV

4mzv


解像度: 3.2→49.947 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2758 1941 4.98 %
Rwork0.2415 --
obs0.2432 38952 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7399 0 0 0 7399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80710183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.7872964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.27910.31831390.27942554X-RAY DIFFRACTION98
3.2791-3.36770.30741270.28432600X-RAY DIFFRACTION99
3.3677-3.46680.45551400.3752543X-RAY DIFFRACTION98
3.4668-3.57870.33061330.28962615X-RAY DIFFRACTION100
3.5787-3.70660.38751570.35972574X-RAY DIFFRACTION99
3.7066-3.85490.28961410.25592615X-RAY DIFFRACTION100
3.8549-4.03030.29811320.29372646X-RAY DIFFRACTION99
4.0303-4.24270.22581410.20242595X-RAY DIFFRACTION100
4.2427-4.50830.21521300.17262655X-RAY DIFFRACTION100
4.5083-4.85610.17081410.17412653X-RAY DIFFRACTION100
4.8561-5.34430.21181310.18872677X-RAY DIFFRACTION100
5.3443-6.11650.25381410.22432686X-RAY DIFFRACTION100
6.1165-7.70160.28221390.24292728X-RAY DIFFRACTION100
7.7016-49.9470.29641490.23722870X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65840.0178-0.46461.2996-0.24681.49270.10470.0567-0.0702-0.00770.0040.1325-0.0303-0.31670.00090.22590.04470.06860.23510.01120.289855.681219.09963.2731
20.9443-0.04150.10971.1889-0.07881.31660.01740.06250.0390.09870.08090.158-0.0994-0.18770.00130.22570.15770.02970.3963-0.00290.321742.904238.42275.9457
30.19850.23230.46921.2855-0.55751.87720.03580.0316-0.0367-0.06080.07310.01970.2666-0.223600.3454-0.06850.05470.36330.10040.392857.2696-2.988933.8858
41.1353-0.138-0.04131.6753-0.97850.6522-0.23030.0874-0.0194-0.65580.4299-0.03440.5018-0.21980.14680.8772-0.40370.07790.5390.03050.502352.751-26.261330.5802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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